Ideja par dabas sniegto labumu (sākotnēji – vides pakalpojumu) klasifikāciju un uzskaiti nav jauna. Par to tiek diskutēts kopš 20. gs. 70. gadiem, un kopš tā laika šī koncepcija ir kļuvusi arvien plašāk pieņemta un populāra. Jau sengrieķu filozofs Platons (Πλάτων) ap 400. gadu p. m. ē. savos darbos pieminējis saistību starp mežu izciršanu un ūdens pieejamību. Ekonomisti, piemēram, Kārlis Markss (Karl Marx), dabas resursus un zemi pieskaitīja ražošanas līdzekļiem un piešķīra tiem attiecīgu nozīmību. Vairāki rakstnieki, piemēram, Džons Mjūirs (John Muir) un Aldo Leopolds (Aldo Leopold), savos darbos uzsvēruši dabas aizsardzības nozīmi pašas sabiedrības interesēs. Pēc 2006. gadā publicētā “Tūkstošgades ekosistēmu novērtējuma” ekosistēmu pakalpojumu koncepts ieguva ne tikai zinātnisku leģitimitāti, bet arī parādījās politikas veidošanas procesos. Šajā dokumetā bija ietverts dalījums apgādes, atbalsta, regulējošajos un kulturālajos ekosistēmu pakalpojumos. Apvienoto Nāciju Organizācijas (ANO) vides programmas paspārnē 2007. gadā sākās Ekosistēmu un bioloģiskās daudzveidības ekonomikas pētījums (Economics of Ecosystems and Biodiversity, TEEB), kurā tika uzskaitīts dabas kapitāls un pētīts ekonomiskais ieguvums no bioloģiskās daudzveidības.
Metodiskās pieejas, lai izveidotu ekosistēmu pakalpojumu nomeklatūras, ir balstītas uz ekosistēmu izpēti, ko veikuši dabas zinātnieki gadu desmitu garumā. Līdz ar ekoloģijas zinātnes attīstību tika precizēti ekosistēmu funcionēšanas konceptuālie modeļi, izmantoti mērījumi no satelītiem, lai precīzāk noteiktu ekosistēmu produktivitāti, kā arī piesaistīta ekonomikas nozare, kas palīdzēja precīzāk noteikt šo pakalpojumu relatīvo vērtību. Tā kā pastāv ļoti sarežģītas funkcionālās saites starp ekoloģiskajām un sociālajām sistēmām, šis darbs turpinās arī mūsdienās.
Mūsdienās pastāv vairākas nozīmīgas ekosistēmu pakalpojumu klasifikācijas shēmas. Eiropas Savienības politikas veidošanā tiek izmantota Kopējā ekosistēmu pakalpojumu klasifikācija (Common Classification of Ecosystem Services, CICES). Tā ir ļoti detalizēta un strukturēta ekosistēmu pakalpojumu nomenklatūra, kas aptver visus ekosistēmu veidus. Ekosistēmu pakalpojumu klasifikācijas tiek veidotas ne tikai zinātniskas intereses dēļ, bet arī kā praktiski rīki, lai veidotu valsts un privāto organizāciju rīcībpolitiku. Viena no iniciatīvām, kas praksē pielieto ekosistēmu pakalpojumu koncepciju, ir maksājumi par ekosistēmu pakalpojumiem. Vairākās valstīs, piemēram, Ķīnā un Kostarikā, ir izveidotas nacionālās programmas, kas balstās uz maksājumiem par ekosistēmu pakalpojumiem – monetāras shēmas kompensācijām vietējo resursu lietotājiem.