Jēkabs Arājs bija viens no Latvijas armijas augstākajiem virsniekiem, Latvijas Neatkarības kara laikā un 1925.–1926. gadā kā Galvenā štāba Apmācības daļas priekšnieks bija tieši atbildīgs par karavīru un virsnieku apmācības kārtību un procesiem.

Dzimis pareizticīga saimnieka Pētera un Almas Arāju četru bērnu ģimenē (brālis, divas māsas). Beidzis pagasta skolu. 08.1899. iestājās Odesas kājnieku junkurskolā (Одесское пехотное юнкерское училище), 08.1901. to beidza ar I šķiru.

Bija precējies ar Annu, dzimušu fon Keršenu.

09.1891. brīvprātīgi iestājās karadienestā Krievijas armijā, Unteroficieru mācību bataljonā Rīgā. Pēc bataljona apmācību kursa beigšanas no 08.1893. bija 192. (01.1998. pārdēvēts par 191.) Drogičinas kājnieku rezerves pulka jaunākais unteroficieris Jablonnā, Varšavas guberņā, mūsdienu Polijas teritorijā. 04.1894. paaugstināts par vecāko unteroficeri, 07.1894. – par feldfēbeli. 09.1895. ieskaitīts virsdienestā. Pēc junkurskolas beigšanas no 08.1901. podpraporščiks 188. Krasnostavas kājnieku rezerves pulkā Sedļecā, Polijā. Podporučiks (11.1901.), poručiks (10.1905.), štābkapteinis (10.1909.), kapteinis (01.1915.), apakšpulkvedis (07.1916.). No 11.1904. bataljona adjutanta amatā. Sakarā ar Krievijas–Japānas kara norisēm 1905. gadā pulks ieskaitīts aktīvajā armijā (līdz 03.1906.), 06.1905.–03.1906. rotas komandieris. 10.1906.–10.1907. komandējumā 186. Lukovas kājnieku rezerves pulkā formējamajā armijas 2. disciplinārajā komandā, pēc tam atgriezās savā pulkā. No 04.1908. mācību komandas priekšnieks. 07.1910. sakarā ar pulka izformēšanu pārvietots uz 39. Tomskas kājnieku pulku Kozlovā (tagad Mičurinska), Tambovas guberņā, rotas komandiera vietas izpildītājs, janiesaukto komandas pārzinis, no 12.1913. rotas komandieris. Sākoties Pirmajam pasaules karam, no 08.1914. pulka sastāvā no Kozlovas devās uz Koveļu, iesaistīts kaujās pret Austroungārijas armiju Dienvidrietumu un Vācijas armiju Rietumu frontē Polijā. 06.03.1915. Lomžas guberņā kaujā ievainots ar šautenes lodi plecā un evakuēts ārstēšanai uz aizmuguri, 13.05. atgriezās pulkā, taču 16.05. atkal evakuēts slimības dēļ, atgriezās frontē 24.07.1915. 02.09. kaujā Viļņas guberņā kontuzēts mugurā un krūtīs, ierakumā sprāgstot ienaidnieka artilērijas lādiņam, 07.09. ievainots ar šautenes lodi kājā un evakuēts uz hospitāli aizmugurē, Maskavā, pēc tam Petrogradā. 02.11.1915. pēc ārstēšanās atgriezās pulkā, bataljona komandieris. 27.03.1916. slimības dēļ atkal evakuēts, ārstējās Maskavā. 01.06.1916. pārcelts uz 62. kājnieku rezerves pulku Ņižņijnovgorodā, no 07.1916. bataljona komandieris, no 11.1916. karavīru veikala pārzinis, no 03.1917. mācību komandas pārzinis. Pēc lielinieku režīma izveidošanās 01.1918. nosūtīts atpakaļ uz 39. kājnieku pulku, taču 02.1918. Kozlovā pulku neatrada (nebija atgriezies no frontes), stājās Kozlovas apriņķa kara priekšnieka rīcībā. 09.03.1918. atlaists atvaļinājumā uz nenoteiktu laiku, līdz 29.03. dzīvoja Kozlovā bez nodarbošanās, no 05.04. līdz 21.05. Opočkā, Pleskavas guberņā, pēc tam 10.06.1918. atgriezās vācu karaspēka okupētajā Latvijā, dzīvoja vecāku mājās Grostonas pagastā, nodarbojās ar lauksaimniecību.

01.01.1920. brīvprātīgi iestājās Latvijas armijā (pulkvedis-leitnants), Armijas virspavēlnieka štāba Organizācijas daļas Karaspēka apmācīšanas nodaļas priekšnieks. No 01.04.1921. Galvenā štāba Apmācības daļas priekšnieka palīgs. Pulkvedis (19.04.1924.). No 07.03.1925. Apmācības daļas priekšnieks. 01.11.1926. pārvietots uz Kara ministrijas sekretariātu, iecelts par kara ministra Eduarda Kalniņa, no 19.12. Rūdolfa Bangerska sevišķu uzdevumu virsnieku. 31.12.1926. atvaļināts sakarā ar štatu samazināšanu. Dienesta laikā trīs gadus bija arī Vecāko virsnieku goda tiesas priekšsēdētājs. Dzīvoja Rīgā un piešķirtajā jaunsaimniecībā Grostonas pagasta Arājos. Piešķirta pensija.

Pēc valsts okupācijas 1940. gadā atņemta pensija. Vācu okupācijas noslēguma posmā 1944. gadā devās bēgļu gaitās uz Vāciju. Pēc Otrā pasaules kara ar sievu un meitu bēgļu nometnēs Detmoldā, vēlāk Augustdorfā. 1954. gadā ar ģimeni izceļoja uz ASV. Dzīvoja meitas Mariannas Konradi-Kondrašovas aprūpē Vilimantikā.

J. Arājs bija viens no bagātīgu ierindas dienesta pieredzi Krievijas dienestā guvušajiem vecākās paaudzes Latvijas armijas augstākajiem virsniekiem, saskaņā ar priekšniecības rakstītajām atestācijām izcēlās ar ļoti labām latviešu valodas zināšanām, kas minētās kategorijas virsniekiem nebija ierasta parādība, un nacionālu nostāju. Nebūdams ar akadēmisku militāru izglītību, sekmīgi vadīja karavīru un virsnieku apmācības kārtību un procesus.

Par nopelniem miera laika dienestā un kaujas nopelniem Pirmā pasaules kara laikā J. Arājs apbalvots ar Krievijas Svētā Staņislava ordeni (II šķira; III šķira, abi ar šķēpiem), Svētās Annas ordeni (II šķira; III šķira, abi ar šķēpiem; IV šķira), par dienesta nopelniem Latvijas armijā apbalvots ar Triju Zvaigžņu ordeni (IV šķira).