Perma izmiršanas laikā bioloģiskā daudzveidība sasniedza vēsturisku minimumu. Izmira 90–96 % jūras sugu un 70 % sauszemes mugurkaulnieku. Tā bija vienīgā zināmā izmiršana, kas ietekmēja kukaiņus, jo izzuda aptuveni 83 % ģinšu. Dažas sugas turpināja izmirt vēl triasa perioda sākumā. Līdz triasa perioda vidum gandrīz pilnībā bija izmiruši koraļļu rifi. Pēc perma izmiršanas dominēja vienkāršas ekosistēmas ar īsām barības ķēdēm. Izdzīvoja augumā nelieli, pielāgoties spējīgi visēdāji organismi ar zemām prasībām pēc skābekļa. Zīdītāju priekšteči izdzīvoja tikai nedaudzās ekoloģiskajās nišās. Iespējams, ja šādas katastrofas nebūtu, dinozauri neattīstītos kā dominējošā grupa. Pēc izmiršanas dominēja vienkārši, ātri augoši augi, bet meži atjaunojās ļoti lēnām. Dažos reģionos veģetācija neatjaunojās miljoniem gadu. Beidza pastāvēt paleozoja veida ekosistēmas, un veidojās jauns evolūcijas virziens, kas noteica dzīvības attīstību nākamajos 200 miljonos gadu. Atbrīvojās daudzas ekoloģiskās nišas, un attīstījās jaunas organismu grupas, piemēram, jaunas rāpuļu sugas un dinozauru priekšteči – arhozauri (Archosauromorpha). Dzīvības atjaunošanās ilga 5–10 miljonus gadu, bet sauszemes mugurkaulnieku atjaunošanās – 30 miljonus gadu. Perma izmiršanas laikā un tūlīt pēc tās novēroja t. s. pundura efektu, kad izdzīvojušās sugas bija maza izmēra (daļa pleckāju, gliemju, gliemeņvēžu jeb Ostracoda).