Ligzdošanas areāls sniedzas no Pireneju pussalas un Britu salām pāri Eirāzijai līdz Mongolijai un Ķīnas ziemeļaustrumu daļai. Ziemo Rietumeiropā, Vidusjūras reģionā, Austrumāfrikā un no Indijas līdz Japānai. Pasaules populācija sarūk.
Kopš 20. gs. 80. gadiem ligzdošanas izplatība Eiropā nav būtiski mainījusies, taču pēdējās desmitgadēs gan ligzdojošās, gan ziemojošās populācijas lielums Eiropā samazinās.
Latvijā 20. gs. sākumā brūnkaklis bija samērā bieži sastopams ligzdotājs un caurceļotājs. 70. gados vērtēts, ka Latvijā ligzdojošā brūnkakļu populācija ir ap 1500 pāru, taču 80. gadu sākumā norādīts, ka vērtējums varētu būt par mazu, un norādīts uz kopējās populācijas pieaugumu. Arī 90. gadu sākumā skaits turpinājis pieaugt, vērtēts, ka ligzdojošā populācija ir 2500–3000 pāru liela. Turpmākajās desmitgadēs sekoja skaita kritums, un 21. gs. sākumā ligzdojošās populācijas vērtējums bija 1500–2000 pāru. Populācija ir turpinājusi samazināties, un 2024. gadā vērtēts, ka tā bija 380–500 pāru.
Brūnkaklis ir sastopams visā Latvijā, taču izplatība ir nevienmērīga – galvenās dzīvotnes ir lielie piejūras ezeri un Lubāna apkārtne. Starp 1980.–1984. un 2000.–2004. gadu izplatība samazinājās, un sarukums turpinājās arī starp 2000.–2004. un 2013.–2017. gadu. Starp 2013.–2017. un 2020.–2024. gadu izplatība šķietami saglabājusies stabila, taču jāņem vērā ievērojami labāka Latvijas apsekotība pēdējā periodā.
Lielā skaitā brūnkakļi var būt novērojami caurceļošanas laikā, it īpaši ziemas beigās un pavasarī, piemēram, 2020. gada 8. februārī 1100 brūnkakļi (tikai tēviņi) novēroti Babītes ezera centrālajā–austrumu daļā (Aleksejs Kuročkins, Edgars Smislovs, Vladimirs Smislovs), bet 2024. gada 19. februārī 2000 putni novēroti Liepājas ezerā iepretī Dorupei (E. Smislovs).
20. gs. 90. gadu sākumā vērtēts, ka Latvijā ziemo 0–30 brūnkakļu. Ziemojošās populācijas ilgtermiņa un īstermiņa tendences ir neskaidras. 2019.–2024. gadā ziemojošā populācija vērtēta kā 0–27 indivīdus liela, taču 2025. gada 31. decembrī E. Smislovs Liepājas ezera ziemeļu daļā uzskaitīja 200 brūnkakļus.
Gan pasaulē, gan Eiropā (arī Latvijā) suga atzīta par apdraudētu.
Latvijā sugu apdraud mieturaļģu (Chara sp.) un glīveņu (Potamogeton sp.) izzušana, samazināta bentosa biomasa un ligzdošanas vietu aizaugšana, ko izraisa veģetācijas sukcesija eitrofos ezeros un ezeru piekrastes zālāju neapsaimniekošana. Nozīmīgi draudi ir arī lielo ķīru koloniju izzušana un palielināta Amerikas ūdeles (Neogale vison) un jenotsuņa (Nyctereutes procyonoides) plēsonība. Pētījumos Engures ezerā konstatēts, ka brūnkaklis ir viena no sugām, kam svina skrošu sastopamība kuņģos pārsniedz 5 %, ko uzskata par populācijas iespējamas saindēšanās kritēriju. Eiropā kopumā kā draudi minēta arī medību ietekme, rekreācijas slodze uz ūdeņiem un pilsētu attīstības radītais traucējums. Arī ziemošanas vietās to apdraud ūdeņu eitrofikācija, ko daļēji izraisa barības vielu notece no lauksaimniecības zemēm. Suga ir jutīga pret putnu gripu, tāpēc to var apdraudēt slimības uzliesmojumi nākotnē. Kopējais populācijas sarukums Eiropā var būt daļēji skaidrojams arī ar to, ka īpaši sarūk mātīšu īpatsvars populācijā.