Dzimis Daugavpilī, vecāki – Vilis Vilhelms un Marija, māsa – Marija. Jau agrā bērnībā pārcēlās dzīvot uz Cēsīm, pēc tam uz Valmieru, kur arī sāka skolas gaitas, 1953. gadā absolvējot Valmieras 11 varoņu komjauniešu vidusskolu. Divas reizes precējies, no katras laulības ir meitas – Evita un Eva. 

Bērnībā Valmierā spēlējis futbolu, basketbolu un hokeju, nodarbojies ar ātrslidošanu. Jau 16 gadu vecumā pirmo reizi vadīja futbola spēli kā tiesnesis, bet pirmo oficiālo maču M. Rubenis tiesāja 1951. gadā, kad tikās Valmieras un Pērnavas (Igaunijas PSR) komandas. Tiesneša karjeras pirmsākumos M. Rubeņa audzinātājs bija ievērojamais futbola tiesnesis Edgars Klāvs, kam viņš vairākas sezonas asistēja kā līnijtiesnesis. 22 gadu vecumā M. Rubeni pirmo reizi norīkoja par līnijtiesnesi Padomju Sociālistisko Republiku Savienības (PSRS) meistarsacīkšu augstākās līgas komandu Kijivas “Dinamo” un Ļeņingradas “Zenit” mačā. 1963. gadā jau kā galvenais tiesnesis sāka vadīt PSRS meistarsacīkšu augstākās līgas spēles, bet 1964. gadā M. Rubeni kopā ar līnijtiesnešiem Hugo Trenci un Matveju Titarenko nozīmēja vadīt izšķirošo pārspēli par PSRS čempionu titulu, kurā Taškentā 70 tūkstošu skatītāju klātbūtnē tikās Tbilisi “Dinamo” un Maskavas “Torpedo” (4:1, papildlaikā).

Sākot ar 1965. gadu, M. Rubenis disciplināru iemeslu dēļ astoņus gadus bija atstādināts no PSRS mēroga spēļu tiesāšanas. 1964. un 1975. gadā M. Rubenis tika iekļauts PSRS 10 labāko futbola tiesnešu skaitā, bet no 1975. līdz 1977. gadam viņš bija Starptautiskās Futbola asociāciju federācijas (Fédération Internationale de Football Association, FIFA) starptautiskās kategorijas tiesnešu sarakstā. PSRS čempionātā tiesneša gaitas beidza 1977. gadā, bet no 1981. līdz 1991. gadam M. Rubenis PSRS meistarsacīkšu mačos pildīja spēļu inspektora pienākumus.

No 1956. līdz 1965. gadam M. Rubenis strādāja arī par žurnālistu laikrakstā “Sports”, bet no 1977. gada līdz 1990. gadam regulāri publicējās laikrakstā “Padomju Jaunatne”, izpelnoties popularitāti ar rubriku “Kas jauns futbolā”. Ilgus gadus viņš arī strādāja sporta biedrībās “Daugava” (1972–1976) un “Vārpa” (1977–1991). No 1972. līdz 2001. gada beigām M. Rubenis bija Latvijas PSR futbola Tiesnešu komitejas priekšsēdētājs. 19.08.1990. M. Rubenis piedalījās Latvijas Futbola federācijas (LFF) izveidošanas konferencē, un līdz 2002. gadam viņš bija ievēlēts LFF valdē. 20 gadus M. Rubenis bija LFF apmācības daļas speciālists, līdz pat 2012. gadam regulāri vadot tiesnešu sagatavošanas seminārus.

M. Rubenis uzrakstījis vairāk nekā 10 grāmatu. 1972. gadā tika izdota M. Rubeņa sarakstītā grāmata “Futbola tiesāšana”, kas kopā ar vairākiem citiem viņa darbiem kļuva par tiesāšanas metodoloģijas pamatu pašmāju futbola tiesnešiem. Pēc tam futbola tiesāšanai veltītas grāmatas viņš sagatavoja arī 1996., 2006. un 2012. gadā. 1975. gadā iznāca M. Rubeņa grāmata “Sešas sezonas” par hokeja komandas Rīgas “Dinamo” ceļu no PSRS meistarsacīkšu otrās līdz augstākajai līgai, bet 1980. gadā – grāmata “Būt virsotnē” par “Dinamo” hokeja komandas līderi Helmutu Balderi. 20. gs. 90. gados uzrakstīja aprakstus par trīs futbola Pasaules kausa finālturnīriem: “Itālijas karstā vasara”, “Amerikas futbola atklāšana” un “Parīzes futbola noslēpumi”. 2000. gadā M. Rubenis sagatavoja vērienīgu darbu “Latvijas futbola vēsture”, bet 2006. gadā tās turpinājumu “Latvijas futbolam – 100”. 2013. gadā tika publicēta M. Rubeņa autobiogrāfiskā grāmata “Kompensācijas laiks”.

04.05.2008. M. Rubenis saņēma Triju Zvaigžņu ordeni (V šķira). 23.12.2014. “Latvijas Gada balvas sportā” ceremonijā M. Rubenim pasniedza balvu par mūža ieguldījumu Latvijas sportā. 2006. gadā LFF rīkotajā futbola speciālistu un žurnālistu aptaujā M. Rubenis tika atzīts par “Latvijas futbola 100 gadu labāko tiesnesi”. 14.01.2022. M. Rubenis kopā ar futbola vecmeistaru Georgiju Smirnovu kļuva par pirmajiem LFF Zelta Godas zīmes saņēmējiem, kas ir augstākais apbalvojums Latvijas futbolā.