Jānis Palkavnieks starpkaru periodā bija viens no vadošajiem Latvijas armijas kara tieslietu sistēmas augstākajiem virsniekiem, ieņemot atbildīgus amatus. Pēdējos valsts pastāvēšanas gados bija Kara virstiesas pastāvīgais loceklis.

J. Palkavnieks dzimis māju saimnieka Friča un Katrīnas Palkavnieku ģimenē. Kristīts Lielauces evaņģēliski luteriskās draudzes Īles baznīcā. No 1903. gada pavasara līdz 1910. gada vasarai mācījās Bēnes pagasta skolā Bēnē, tad Jaunsesavā, 09.1910.–06.1914. mācījās un beidza Baltijas skolotāju semināru Kuldīgā. 28.05.–28.08.1915. mācījās un beidza 7. Maskavas kājnieku praporščiku sagatavošanas skolu (7-я Московская школа подготовки прапорщиков пехоты), 17.12.1920.–29.10.1921. ar I šķiru – Latvijas armijas Kara juridiskos kursus. 09.1925.–26.02.1931. studēja un beidza Latvijas Universitātes (LU) Tieslietu zinātņu nodaļu.

Precējies 04.1934. ar Mariju Matildi Krūmiņu (dzimusi Ūdre), dēls Andrejs. Ģimene no 20. gs. 50. gadiem Kanādā. 

Pēc skolotāju semināra beigšanas no 08.1914. bija skolotājs Bēnes pagasta skolā. Pirmā pasaules kara laikā 29.01.1915. Tukumā mobilizēts Krievijas armijā, 20.02. iedalīts 28. kājnieku rezerves bataljonā Harkivā. Pēc praporščiku sagatavošanas skolas beigšanas no 18.08. virsnieks (praporščiks) 237. kājnieku rezerves bataljonā Šujā, Maskavas kara apgabalā, rotas jaunākais virsnieks. 11.09. komandēts no Šujas uz Ziemeļu fronti, 01.10. nosūtīts Daugavgrīvas cietokšņa komandanta rīcībā iedalīšanai latviešu strēlnieku bataljonos, 10.10.1916. iedalīts 4. Vidzemes latviešu strēlnieku bataljonā (no 11.1916. pulks), 1. rotas jaunākais virsnieks. 06.06.–04.07. bija 1. rotas komandiera vietas izpildītājs. Podporučiks (01.10.), poručiks (13.10.). No 06.10. jaunākais virsnieks 7. rotā, no 22.10. – kājnieku izlūku komandā. Pēc bataljona izvēršanas par pulku no 10.11. – 5., no 21.11. – 1. rotas komandieris. Ziemassvētku kauju pirmajā dienā 05.01.1917. ievainots ar artilērijas lādiņa šķembu labās kājas celī, evakuēts ārstēšanai uz aizmuguri. Štābkapteinis (26.03.). 30.03. pēc izveseļošanās atgriezās pulkā frontē, iepriekšējā 1. rotas komandiera amatā. 27.04. ievēlēts par pulka virsnieku komitejas locekli. No 21.05. bija 1. bataljona komandiera vietas izpildītājs, no 01.09. – 1. rotas komandieris un no 03.09. – atkal 1. bataljona komandiera vietas izpildītājs. 28.10. atkārtoti ievēlēts pulka virsnieku komitejā. 28.11. saslimšanas dēļ evakuēts uz slimnīcu Ribinskā, Krievijā. 02.07.1918. izveseļojies un izrakstīts no slimnīcas Ribinskā, 03.07. devās uz Krievijas Brīvprātīgo armiju. 30.07. brīvprātīgi iestājās Krievijas Brīvprātīgo armijā, Korņilova triecienpulka (no 25.07.1919. pulks pārdēvēts par 1. Korņilova triecienpulku) 1. rotas jaunākais virsnieks. 29.09. kaujā ar Sarkano armiju Kubaņas apgabalā pie Jekaterinodaras (tagad Krasnodara) ievainots, evakuēts uz aizmuguri. 27.04.1919. pēc izārstēšanās atgriezās savā pulkā un 1. virsnieku rotas jaunākā virsnieka amatā. No 12.05. bija 4. rotas komandieris. 03.–14.06. un 16.06.–04.08. saslimšanas dēļ evakuācijā ārstēšanai aizmugurē. Kaujās 28.10. un 23.11. (pie Ternovkas sādžas) viegli ievainots, palika ierindā. 09.11.–12.12. bija 1. bataljona komandiera vietas izpildītājs. 08.03.1920. atvaļināts kā Latvijas pilsonis, devās uz Latviju, cauri Centrāleiropas valstīm 07.1920. atgriezās dzimtenē.

20.07.1920. Rīgā mobilizēts Latvijas armijā (kapteinis), Galvenās apgādības pārvaldes adjutants un jaunākais sevišķu uzdevumu virsnieks, no 01.09. – vecākais sevišķu uzdevumu virsnieks. 12.1920. saistībā ar pārvaldes izformēšanu komandēts Armijas virspavēlnieka štāba Inspekcijas daļas rīcībā nosūtīšanai uz Kara juridiskajiem kursiem. Pēc nosūtīšanas uz tiem 19.12. formāli iedalīts 2. Ventspils kājnieku pulkā. Pēc kursu nobeigšanas 31.12.1921. pārvietots dienestā uz Kara tiesu pārvaldi, Kara tiesas sekretārs, no 01.01.1922. kandidāts uz kara tiesu amatiem. 11.02.1926. iecelts par 2. Iecirkņa kara izmeklēšanas tiesnesi Liepājā, 11.04.1927. pārcelts uz Rīgu, kandidāts uz kara tiesu amatiem Kara tiesā. Pulkvedis-leitnants (17.11.). No 22.05.1928. kara prokurora palīga vietas izpildītājs, no 04.06.1931. – Kara tiesas pastāvīgais loceklis. 01.05.1933. Kara tiesu pārvalde izformēta. 20.05.1935. iecelts par Kara virstiesas (no 01.02.1939. – Armijas virstiesa) pastāvīgo locekli (no 01.02.1939. – armijas virstiesnesis). Pulkvedis (18.11.1935.).

Pēc valsts okupācijas 20.07.1940. atvaļināts “pēc paša vēlēšanās” ar tiesībām valkāt karavīra ietērpu. Dzīvoja savā mantotajā saimniecībā Bēnes pagasta Mazaros. Nacistiskās Vācijas okupācijas laikā no 12.02.1944. latviešu leģiona sevišķās Kara tiesas priekšsēdētājs. 10.1944. atkāpās no Rīgas uz Liepāju, 27.–30.11. darbojās Štuthofas koncentrācijas nometnē, šķirojot tur ieslodzīto Jāņa Kureļa vienības karavīru lietas (vairāki simti atbrīvoti no nometnes). Otrā pasaules kara beigās un pēc kara ar ģimeni bēgļu gaitās Vācijā, dzīvoja bēgļu nometnē Vircburgā. Noslīcis, peldoties Mainas upē piepilsētā.

J. Palkavnieks – bijušais kājnieku virsnieks ar ievērojamu Pirmā pasaules kara latviešu strēlnieku un Krievijas pilsoņu kara kaujas pieredzi vienā no pazīstamākajām un kaujasspējīgākajām pretlieliniecisko spēku karaspēka daļām (Korņilova triecienpulkā) starpkaru periodā bija viens no vadošajiem Latvijas armijas kara tieslietu sistēmas augstākajiem virsniekiem. Ieņēma atbildīgus amatus. Vārds pazīstams arī no tiešas piedalīšanās svarīgās prāvās, starp tām – Latvijas Sociāldemokrātiskās strādnieku partijas vadības tiesas prāvā pēc autoritārā apvērsuma (būtībā attaisnojošs spriedums) u. c. Pēdējos valsts pastāvēšanas gados bija Kara virstiesas pastāvīgais loceklis.

Par kaujas nopelniem Krievijas armijas latviešu strēlnieku vienībās J. Palkavnieks apbalvots ar Svētā Vladimira ordeni (IV šķira, ar šķēpiem), Svētā Staņislava ordeni (III šķira, ar šķēpiem), Svētās Annas ordeni (II šķira, ar šķēpiem; III šķira, ar šķēpiem; IV šķira, ar uzrakstu “Par drošsirdību”); par dienesta nopelniem Latvijas armijā – ar Triju Zvaigžņu ordeni (III šķira; IV šķira). 

Rakstnieka un virsnieka Edvīna Medņa romānā “Dvēsles dumpo” J. Palkavnieks attēlots kā jauns 4. Vidzemes latviešu strēlnieku pulka rotas komandieris, kuru pēc smagajiem strēlnieku ciestajiem zaudējumiem un tautai nodarītajiem pāridarījumiem māc šaubas par cīņas jēgu Ziemassvētku kauju priekšvakarā.