Skuķu ezers atrodas Ilūkstes novada ziemeļrietumu daļā, Dvietes senlejā. Stipri eitrofs, sekls, caurtekošs makrofītu tipa Daugavas palieņu ezers.

Ezera hidroloģiskajā režīmā var izdalīt palieņu ezeriem tipiskās piepildīšanās, drenāžas un izolācijas fāzes. Pateicoties tām, ezera krasta līnija, platība un dziļums ir sezonāli mainīgi lielumi un atkarīgi no hidroloģiskās situācijas Daugavas palienē.

Ezerdobes morfometriskie radītāji vasarā: platība – 110 ha; ūdens līmenis – 86,5 m virs jūras līmeņa; lielākais garums – 1,9 km; lielākais platums – 0,8 km; vidējais dziļums – 0,5 m; lielākais dziļums – 1,1 m. Ziemeļu daļā trīs nelieli līči. Krasti lēzeni, staigni, kūdraini. Apkārtnes ainavā dominē palieņu pļavas.

Glaciālas cilmes ezerdobe, kas izveidojusies, kūstot aprimušā ledāja paliekām Dvietes senlejā pēdējā leduslaikmeta beigās. Sākotnēji ezers bijis vismaz par 12 m dziļāks nekā mūsdienās, par ko liecina nogulumu biezuma izpēte ezerdobes rietumu daļā.

Sateces baseina platība ~ 190 km². Ezeram cauri tek Dviete (Berezovkas satekupe). Ezeram raksturīgas ievērojamas ūdens līmeņa sezonālās svārstības: vidējos palos – 3,6 m; augstākajos novērotajos palos (1931. gadā) – ap 7 m. Tās ir saistītas ar ezera atrašanos Daugavas palienē, kas ietver arī daļu no Dvietes senlejas. Saskaņā ar Daugavas palieņu ezeru hidroloģisko klasifikāciju tas pieder pie atkārtoti applūstošajiem ezeriem (t. i., applūst 1–2 reizes gadā ne tikai pavasara palos, bet arī pie maksimālajiem novērotajiem plūdu līmeņiem vasaras–rudens periodā). Pateicoties regulārām ūdens līmeņa svārstībām, pavasaros notiek ezerdobes daļēja pašattīrīšanās no trūdošo ūdensaugu atliekām. Augstākais ūdens līmenis parasti tiek novērots aprīļa vidū.

Ūdens sastāvu un vielu apriti ezerā nosaka tā specifiskā hidroloģija – sezonāla applūšana un tai sekojoša izolācija, kā arī vielu notece no sateces baseina un atbrīvošanās no ezera nogulumiem ziemā, anaeorbos apstākļos.

Ūdens sastāva vidējie rādītāji vasaras mēnešos (jūnijs–augusts): caurredzamība – 1,1 m (līdz dibenam); pH – 7,7; mineralizācija – 0,3 g/l; izšķīdušais skābeklis – 2,3 mg/l; redokspoenciāls – 494 mV; duļķainība – 2,2 NTU; kopējais N – 1,1 mg/l; NO₃ – 0,1 mg/l; kopējais P – 0,1 mg/l; PO₄ – 0,08 mg/l. Pateicoties Daugavas palu ūdeņu ieplūšanai caur Dvietes upes izteku ezera austrumu galā, pavasara palu kulminācijas brīdī ezera ūdens sastāvs kļūst līdzīgs Daugavas ūdens sastāvam – tas kļūst duļķains, vāji mineralizēts un ar skābekli bagāts.

Vasarā ezers atrodas t. s. dzidrūdens stadijā, kurā barības vielu apriti kontrolē ūdensaugu veģetācija. Ezerdobes lielāko daļu (~80 %) vasarā sedz parastās niedres (Phragmites australis) un slaidā grīšļa (Carex acuta) audzes. Nelielās lāmās ezerdobes austrumu daļā dominē iegremdētie ūdensaugi: Kanādas elodeja (Elodea canadensis), parastais elsis (Stratiotes aloides), dzeltenā lēpe (Nuphar lutea) un ezera meldri (Scirpus lacustris). 2007. gada vasarā ezerā konstatētas kopumā 30 ūdensaugu sugas, tai skaitā vairākas retas un aizsargājamas: smailā nitella (Nitella mucronata), pušķu kamolīte (Tolypella prolifera), smaillapu glīvene (Potamogeton acutifolius), matveida glīvene (Potamogeton trichoides) un sakņojošais meldrs (Scirpus radicans).

Ezera fitoplanktona un zooplanktona cenozes mainās gan sezonāli, gan reaģējot uz ūdens līmeņa izmaiņām: pavasarī ezerā dominē kramaļģes, zilaļģes un zaļaļģes, vasarā – purvainām vietām raksturīgās eiglēnaļģes, kriptofītaļģes un hloromonādaļģes. Zooplanktona sastāvā visu gadu dominē virpotāji (Synchaeta oblonga, Polyarthra sp. un citi).

No zivīm ezerā atrodams asaris (Perca fluviatilis), līdaka (Esox lucius), karpa (Cyprinus carpio), līnis (Tinca tinca), rauda (Rutilus rutilus) un vēdzele (Lota lota). Organisko atlieku pūšanas dēļ ezera ūdeņi gan ziemas, gan vasaras mazūdens periodā ir ar skābekli ļoti nabadzīgi un nav piemēroti zivju eksistencei.

Pavasarī Skuķu ezers un tā apkārtne kalpo kā Daugavas zivju nārsta vieta un migrējošo ūdensputnu pulcēšanās vieta, vasarā – kā ligzdošanas vai barošanās vieta dažādām retām un aizsargājamām putnu sugām: melnajam zīriņam (Sterna albifrons), upes zīriņam (Sterna hirundo), niedru lijai (Circus aeruginosus), pļavu lijai (Circus pygargus), mazajam ērglim (Clanga pomarina) un citiem.

Ezera krastos apdzīvotu vietu nav, izņemot viensētu ezera dienvidaustruma krastā (Pilskalnes pagasta “Krastiņi”). Apmēram 250 m uz ziemeļrietumiem no Dvietes ietekas ezerā atrodas valsts nozīmes aizsargājams arheoloģijas piemineklis – Grīvas ezera apmetne (vidējais neolīts) ar neizpostītu kultūrslāni.

Ezeram nav īpašas ekonomiskas vai rekreācijas nozīmes, taču tas ir nozīmīgs zinātniskās izpētes, dabas aizsardzības un vides izglītības objekts. Ezera rietumos un ziemeļaustrumu krastā atrodas divi putnu vērošanas torņi, dienvidrietumos un ziemeļrietumos piekrastē ierīkotas nožogotas savvaļas govju un zirgu ganības. No Dvietes senlejas Vides informācijas centra “Gulbji” (atrodas Bebrenes pagasta Putnu salā) uz ezeru tiek rīkotas ekskursijas vides gida vadībā.

1999. gadā tika uzsākti pirmie sezonālie hidroloģiskie un hidrobioloģiskie novērojumi, lai noskaidrotu Daugavas ietekmi uz ezera ekosistēmu. Vienlaicīgi uzsākti arī ornitoloģiskie pētījumi Dvietes palienē. 2004. gada jūlijā noskaidroti ezera galvenie morfometriskie parametri, applūšanas biežums un bioloģiskās daudzveidības rādītāji. 2005.–2008. gadā veikts regulārs fitoplanktona un zooplanktona cenožu sezonālo izmaiņu monitorings. 2007. gadā veikts līdz šim visdetalizētākais ezera ūdensaugu veģetācijas pētījums. 2010. gada janvārī veikti pirmie ezera nogulumu biezuma un ķīmiskā sastāva pētījumi un pirmais ūdens sastāva un kvalitātes pētījums ziemas periodā.

19. gs. beigās lietots cits nosaukums – Grīvas ezers. 20. gs. 30. gados vasaras ūdens līmenis pazemināts par ~ 1 m, izrokot ezeram cauri kanālu. 2004. gadā ezers iekļauts dabas parkā “Dvietes paliene”.