Vēsture Senākās liecības par cilvēka klātbūtni Bebrenes pagastā un tā tuvākajā apkārtnē (galvenokārt krama un akmens rīku savrupatradumi) attiecas uz akmens laikmetu. Dvietes upes (Slobodas) krastos Dvietes pagasta teritorijā pie robežas ar Bebrenes pagastu 2002. gadā atklātas divas vidējā un vēlā neolīta zvejnieku–mednieku apmetnes (Grīvas un Slobodas apmetnes) ar neizpostītu kultūrslāni.
Par teritorijas apdzīvotību un seno baltu cilšu klātbūtni bronzas un agrajā dzelzs laikmetā liecina tā laika senkapi (Bebrenes Zesercelmu senkapi) un Rubenes Kaldabruņas pilskalns.
Plašāka apdzīvotība Bebrenes pagastā pastāvēja kopš vēlā dzelzs laikmeta, par ko liecina Valaiņu pilskalnā, Atālu, Valaiņu un Daģu apmetnēs un daudzviet citur atrodamās bezripas un ripas keramikas trauku lauskas, kā arī dzelzs cirvju, bronzas rotu u. c. senlietu atradumi Daģu un Ezeru senkapu teritorijā.
Iespējams, ka līdz 13. gs. vidum Bebrenes apkārtni apdzīvoja sēļi un tā ietilpa senās Sēlijas teritorijā, Nīcgales pilsnovadā ar centru Pilskalnes Melnajā kalnā. Lietuvas karaļa Mindauga (Mindaugas) veikto dāvinājumu rezultātā 13. gs. vidū Bebrenes apkārtne nonāca Vācu ordeņa valdījumā, Sēlpils virspilskunga tiesā, vēlāk – Dinaburgas komturejā (pilsnovadā).
1557. gadā rakstos pirmo reizi pieminēts pie Bebrenes muižas zemēm piederošās Kaldabruņas vārds.
Bebrenes (Bewern) nosaukums pirmo reizi rakstos parādās 1562. gadā saistībā ar Kurzemes hercogistes dibināšanu un Bebrenes un Pilskalnes muižu dāvināšanu Kasparam Zībergam fon Višlingenam (Caspar Sieberg von Wischlingen). Grāfu Plāteru-Zībergu dzimtas īpašumā Bebrenes muiža atradās līdz pat Pirmajam pasaules karam.
1636. gadā Bebrenes luterāņu baznīcu muižnieks Zībergs atdeva katoļiem. 17. gs. beigās Bebrenes muižas zemēs pie Ilzes ezera apmetās vecticībnieki – bēgļi no Krievijas. 1795. gadā Bebrenes muiža tiek iekļauta Krievijas Impērijas Kurzemes guberņas Sēlpils virspilskunga tiesā, vēlāk (no 1864. gada) – Ilūkstes apriņķī. 1797. gadā uzcelta Sv. Jāņa Kristītāja Romas katoļu baznīca, kas saglabājusies līdz mūsdienām.
1820. gadā dibināts Bebrenes muižas pagasts, kurā ietilpst arī Ilzes, Kaldabruņas un Kaminčas muižas.
1864.–1867. gadā pagastu pārvaldes kļūst neatkarīgas no muižām un bijušie Bebrenes, Kaldabruņas un Kaminčas muižu pagasti tiek apvienoti vienā – Bebrenes pagastā. 1866. gadā uzcelts pirmais pagastnams. 19. gs. otrajā pusē Bebrenes pagastā beidzas klaušu laiki un sākas zemnieku sētu izpirkšana dzimtas īpašumā. 1896. gadā uzcelta Bebrenes muižas pils. 1897. gadā dibināta Bebrenes pagasta skola, kas kopš 1922. gada atrodas Bebrenes muižas pilī.
1915. gada augustā un septembrī vācu karaspēks okupēja Bebreni. Pirmā pasaules kara laikā Bebrenes apkārtnē atrodas frontes līnija, notiek iedzīvotāju evakuācija. 1916. gadā vācu okupācijas pārvalde caur Bebrenes pagastu izvelk vairākas šaursliežu dzelzceļa līnijas armijas apgādes vajadzībām. 1918. gada decembrī Ilūkstes apriņķi ieņem lielinieku karaspēks un sākas īss padomju diktatūras periods. 1919. gada maijā Bebrenē un jūnijā Rubenē tika organizētas vietējo partizānu grupas (izveidots Augškurzemes partizānu pulks virsleitnanta Jāņa Indāna vadībā), kas sākumā iekļāvās Lietuvas armijas, bet vēlāk – Latvijas armijas 3. Jelgavas kājnieku pulka sastāvā. Vasarā lielinieki no pagasta teritorijas tika padzīti un atjaunota pašvaldības darbība. 1919.–1920. gadā pēc Sarkanās armijas izdzīšanas ievērojama daļa Ilūkstes apriņķa, t. sk. Bebrenes apkārtne, atradās Lietuvas karaspēka kontrolētajā teritorijā.
Pēc Pirmā pasaules kara beigām Bebrenes pagastā atsākas aktīva saimnieciskā rosība; darbojas šaursliežu dzelzceļa līnija; tiek dibinātas aizsargu, piensaimnieku, mednieku, meliorācijas, brīvpratīgo ugunsdzēsēju u. c. biedrības.
1927. gadā uz Bebreni pārcelta bijusī Asares lauksaimniecības skola; atklāta Bebrenes pasta nodaļa. 1932. gadā Bebrenei tiek piešķirts ciema statuss. 1936. gadā likts pamatakmens Bebrenes lauksaimniecības skolas (tehnikuma) galvenajai ēkai. 1939. gadā sāk darboties Bebrenes vidusskola. 1940. gada vasarā Ilūkstes apriņķi, t. sk. Bebreni, ieņem Sarkanā armija; rudenī tiek organizētas pagastu izpildkomitejas un veikta zemes īpašumu nacionalizācija. Sākoties Otrajam pasaules karam, 1941. gada vasarā Ilūkstes novadu okupē nacistiskās Vācijas karaspēks (nacistiskās Vācijas okupācija), bet 1944. gada jūlijā no jauna okupē Sarkanā armija un tiek atjaunota padomju vara (padomju otrreizējā okupācija). 1945. gadā nodibina Bebrenes, Ilzes un Kaldabruņas ciema padomes.
Pēc Otrā pasaules kara Bebrenes pagastā vienlaicīgi notiek gan masveida kolektivizācija un kolhozu dibināšana, gan Latvijas nacionālo partizānu aktīva darbība. 1949. gada martā no Bebrenes pagasta tiek veikta iedzīvotāju masveida deportācija (izsūta 52 ģimenes).
1949. gadā Bebrenes pagastu likvidē.
Līdz 1962. gadam Bebrenes ciema padomes teritorija ietilpst Ilūkstes rajonā, bet no 1962. līdz 1990. gadam – Daugavpils rajonā. Latvijai atgūstot neatkarību, Bebrenes pagastu atjauno 1990. gadā un kādu laiku tas turpina darboties Daugavpils rajona sastāvā, bet 2003. gadā tas iekļauts jaunizveidotajā Ilūkstes novadā.