Mūža otrajā pusē Kubilaja dzīvē bija daudz rūgtuma – 1281. gadā taifūns iznīcināja tā armādu pie Japānas krastiem un mira viņa mīļākā sieva Čabi (mongoļu Чаби хатан, Čabui qatun), bet 1286. gadā – otrais dēls un troņmantnieks Čingims (mongoļu Чингим, Chingim; ķīniešu 真金, Zhenjinm). Kubilaja interese par valsts lietām mazinājās, viņš aizvien vairāk sāka lietot alkoholu, pievērsās dzīrēm, rakstīja dzeju, valsts pārvaldi atstājot ierēdņu un padomdevēju ziņā. Vairāku rietumu provinču vietvalži, no kuriem ievērojamākais bija lielā hana Ugedeja (mongoļu Өгэдэй хаан, Ögedei) mazdēls Kaidu (mongoļu Хайду, Qaidu), kura uluss atradās Centrālāzijā, tā arī neatzina Kubilaja tiesības uz augstāko varu, uzskatot to par uzurpatoru. Kaidu vadībā dumpinieki vairākkārt izpostīja apgabalus, kuros atzina Kubilaja varu, bet 1275. gadā pat devās karagājienā uz Mongoliju, lai ieņemtu Karakorumu, kur 1277. gadā tika sakauti, taču līdz 1301. gadam Kaidu organizēja vēl vairākus karagājienus pret lielo hanu, kurus tam ar lielām grūtībām izdevās atvairīt. Juridiski Mongoļu Impērija turpināja pastāvēt, bet faktiski bija sašķēlusies suverēnos valstiskos veidojumos, un lielā hana vara reāla bija vien valsts austrumdaļā, mūsdienu Ķīnas un Mongolijas zemēs, ko literatūrā pieņemts apzīmēt kā Juaņu Impēriju.