J. Neikena literāro darbu centrā ir ētiskas problēmas, kas saistītas ar cilvēka personības veidošanos, indivīda vietu un lomu sabiedrībā. Izvēlētos sižetus rosinājuši konkrēti sadzīves vērojumi, un arī šī iemesla dēļ rakstnieks savā prozā ietvēris audzinošus vērtējumus un vispārinājumus, ko parasti izsaka kāda no stāsta personām, nereti izmantojot Bībeles līdzības. Raksturīgs arī retorisku jautājumu izmantojums, tādējādi tieši uzrunājot lasītāju. Realitātes un literārā teksta saikni atklāj autora komentāri viņa darbu pirmpublikācijām laikrakstā “Ceļa Biedris”, kur iespiesti visi nozīmīgākie stāsti. J. Neikena prozas dzīvotspēju noteikusi psiholoģisko tēlojuma niansētība un tautā noklausītās valodas izmantojums. Literāro darbu stils ir kodolīgs, kompozīcija koncentrēta, pievēršoties atsevišķām veiksmīgi izvēlētām situācijām. Autora vēstījums ir dinamisks, izcelti personu dialogi, kuros visspilgtāk atklātas viņu rakstura iezīmes. Stāstu centrā galvenokārt ir latviešu lauku ļaudis, kuru labklājības stāvoklis ir visai dažāds. Pirmajā iespiestajā stāstā “Vai pamātei nav grūti?” (1863) J. Neikens pievērsies jaunas kalpones izvēlei labāk nodrošinātas dzīves dēļ iziet par sievu pie vecāka saimnieka, atraitņa, kā arī problēmām, ko šis solis rada saskarsmē ar vīru un viņa pieaugušajiem bērniem. Stāstā “Vai devītais bauslis vēl spēkā?” (1863), kur pretstatīti divi zemnieki, godprātīgais Kalniņš un viltīgais Puriņš, kā īpaša vērtība izcelta tikumīgā zemnieka piederība savām mājām un laukiem, kas kļūst par neatņemamu dzīves sastāvdaļu, ievadot nozīmīgu latviešu rakstniecības tradīciju. Pievēršot uzmanību klaušu un rentes saimniecības veida atšķirībām, rakstnieks aktualizējis zemnieku un muižnieku attiecību tiesiskos aspektus. 1863. gadā publicēts arī J. Neikena stāsts “Kam taisnība?”, tas veidots kā vairāki savstarpēji saistīti dialogi, kuru dalībnieki izsaka savu viedokli par svarīgiem latviešu tautas pastāvēšanas un attīstības priekšnoteikumiem. Stāstā “Par Oliņiem” (1865) ievīti populārās literatūras elementi, bagātīgi izmantoti sarežģījumi un pārpratumi, izcelta godīgas dzīves un paaudžu saiknes nozīme. Plašāko ievērību izpelnījies J. Neikena stāsts “Bāris” (1866). Tajā tēlots, kā pēc tēva nāves mātes aplamas audzināšanas rezultātā, nonākot sliktu iespaidu varā, kalēja dēls Pēcis izaug izlutināts, dzīves pārbaudījumiem nesagatavots un tādējādi nokļūst neceļos. Vecāsmātes tēlā iezīmējas sirdsšķīsto ļaužu motīvs, kas vēlāk izvērsts Apsīšu Jēkaba daiļradē. J. Neikens rakstījis arī garīgas dziesmas un laicīga satura liriskus dzejoļus, populāra bijusi aforistiskā četrrinde “Vai tavs mūžs kam lieti der”.