Viens no romāna “Mērnieku laiki” autoriem (kopā ar brāli Reini Kaudzīti).

M. Kaudzīte no 1866. gada līdz 1868. gadam mācījās Vecpiebalgas draudzes skolā.

1868. gadā, nokārtojot skolotāja eksāmenu, M. Kaudzīte kļuva par skolotāju Kalna Kaibēnu pagastskolā (vēlāk Ogrēnu skolā). Šajā gadā M. Kaudzīte arī iestājās Rīgas Latviešu biedrībā, savukārt 1869. gadā, kad tika dibināta Vecpiebalgas dziedāšanas (vēlāk – labdarības) biedrība, aktīvi iesaistījās tās darbā, bija valdes loceklis un vadītājs. 1894. gadā M. Kaudzīte piedalījās Vecpiebalgas patērētāju biedrības un krājaizdevu sabiedrības nodibināšanā, bija tās priekšsēdētājs. Viņš aktīvi piedalījās arī citu biedrību aktivitātēs, Vecpiebalgas amatieru teātra izveidē un teātra izrāžu iestudēšanā, iesaistījās Vecpiebalgas literātu pulciņā “Ķirps”.

No 1915. līdz 1917. gadam uzturējās Pēterburgā, kur strādāja par skolotāju Pētera Dzeņa sieviešu ģimnāzijā.

M. Kaudzīte sāka publicēties 1867. gadā laikrakstā “Mājas Viesis”. Daiļrades sākumā sacerēja dzejoļus, kā arī vairākas lugas – “Rekrūšu atvadīšanās” (1871), “Divi varas” (1872, kopā ar R. Kaudzīti), “Ķeza ķezas galā” (1873, kopā ar R. Kaudzīti), “Miers mājās” (1880). M. Kaudzītes dzejoļi apkopoti krājumos “Dziesmiņas” (1872) un “Dzejoļi” (1877). Tajos dominē reliģisks pārdzīvojums, sentimentāli mīlas un dabas lirikas motīvi, vietumis arī satīra un sociālā kritika. Vērtīga M. Kaudzītes dzejas daļa ir apceres lirika, kas pievēršas cilvēka dzīves īslaicīguma un iznīcības motīviem, nereti iegūst pesimistisku noskaņu. M. Kaudzītes dzejoļu forma ir vienkārša. Daļēji Andreja Pumpura iespaidā tapuši tie M. Kaudzītes dzejoļi, kas saistīti ar tautiskā romantisma tematiku un tēlainību (nacionālo patriotismu, senatnes un senču dievību apdzejošanu, tautasdziesmu stilizāciju), taču pakāpeniski M. Kaudzītes attieksme pret tautisko kustību kļuva skeptiskāka. Pazīstamākie M. Kaudzītes dzejoļi ir “Brūklenājs” (1874), “Rindā dzērves” (1875), “Tautas mīlestība” (1879).

1873. gadā laikrakstā “Baltijas Vēstnesis” publicēts fragments no topošā R. un M. Kaudzīšu romāna “Mērnieku laiki” (“Mūsu lūdzēji” – Ķenča lūgšana), savukārt romāns izdots 1879. gadā. Tas ir pirmais reālistiskais romāns latviešu literatūrā, kurā, attēlojot zemes mērīšanas darbus Vidzemē 19. gs. 60. gadu beigās un 70. gadu sākumā, sniegts kultūrvēsturiski nozīmīgs latviešu lauku sabiedrības portretējums, atklāti konflikti un problēmas pārejas laikmetā no tradicionāli patriarhālās uz moderno sabiedrību, nostiprināti mākslinieciski un psiholoģiski spilgti literārie tipi. Romāns izpelnījās plašu rezonansi, izraisot gan atzinīgus, gan kritiskus vērtējumus, tika apbalvots ar Latviešu literārās biedrības godalgu, tā fragmenti drīz pēc romāna iznākšanas tika tulkoti krievu un vācu valodā.

Mūža nogalē M. Kaudzīte sarakstīja romānu “Jaunie “Mērnieku laiki”” (1924–1927, nepabeigts), kurā attēloti notikumi Pirmā pasaules kara gados, arī lielinieku varas laiks Latvijā 1919. gadā.

M. Kaudzītes rakstiem par latviešu dzeju bija būtiska nozīme latviešu literatūrkritikas attīstībā. 1874. gadā viņš publicēja rakstu “Dzejas nodaļa mūsu laika rakstos 1873. gadā”, kurā, aplūkojot aizvadītajā gadā publicēto oriģināldzeju un atdzejojumus, izraisīja polemiku ar Ausekli par literatūras kritikas un dzejas teorijas jautājumiem. 19. gs. 80. gados M. Kaudzīte publicēja vairākus apcerējumus, kuros polemizēja ar Jēkabu Lautenbahu-Jūsmiņu un vērsās pret tautasdziesmu stilizāciju. Līdzās M. Kaudzītes rakstam “Zalkša līgava. Latviešu teika no Lautenbaha-Jūsmiņa” (1880) un citām publikācijām periodiskos izdevumos par šo tēmu minamas divas M. Kaudzītes brošūras – “Pārstrauta Jānis un viņa “domas par tautiskās dzejas nodibināšanu”” (1882) un “Vēlreiz Pārstrauta Jānis ar savām “domām” un Montanus ar tādām pašām domām” (1883). M. Kaudzīte publicējis arī apcerējumus par cittautu rakstniekiem, t. sk. pirmo plašāko apceri latviešu valodā par Heinrihu Heini (Heinrich Heine) 1878. gadā. Atsevišķos rakstos viņš apcerējis latviešu literātus Juri Neikenu, Ansi Līventālu, Jēkabu Pilsātnieku, Ati Kronvaldu, A. Pumpuru u. c., nereti iekļaujot šajos apcerējumos arī atmiņu materiālus. Rīgas Latviešu biedrības Zinību komisijas vasaras sapulcēs M. Kaudzīte uzstājās ar ikgadējiem pārskatiem par latviešu presi un rakstniecību.

M. Kaudzīte sastādījis pirmo plašāko latviešu dzejas antoloģiju “Smaidi un asaras jeb Dzejnieku labdienas”, kas sabiedrībā ieguva popularitāti un laikā no 1880. līdz 1904. gadam izdota trīs reizes. Kopā ar Andreju Stērsti, piedaloties R. Kaudzītem, M. Kaudzīte sastādīja skolu lasāmgrāmatu “Sēta un skola” (1882–1884).

Kopā ar R. Kaudzīti publicējis ceļojumu aprakstus, kas balstīti abu pieredzējumos ceļojumos Eiropā un Krievijā laikā no 1879. līdz 1903. gadam. Ceļojumu apraksti publicēti 19. gs. 80. gados laikrakstā “Baltijas Vēstnesis”, tajos vēstīts par braucieniem Krievijas Impērijā (t. sk. Igaunijā un Somijā), kā arī Vācijā, Austrijā, Šveicē, Nīderlandē, Beļģijā, Francijā un Itālijā.

Ievērojama kultūrvēsturiska vērtība ir M. Kaudzītes apcerējumam “Brāļu draudze Vidzemē” (1877), kurā aplūkoti Vidzemes brāļu draudzes pirmsākumi un attīstība Latvijā 18. un 19. gs., kā arī viņa “Atmiņām no “tautiskā laikmeta” un viņa lielākiem aizgājušiem darbiniekiem” (1924).

M. Kaudzīte tulkojis latviešu valodā izcilus cittautu daiļliteratūras darbus, piemēram, Mihaila Ļermontova (Михаил Юрьевич Лермонтов) “Dēmons” un “Kadži Abreks” (abi 1874), Aleksandra Puškina (Александр Сергеевич Пушкин) “Gūstītais Kaukāzā” (1877), Frīdriha Šillera (Friedrich Schiller) “Zvana dziesma” (1893) un Garlība Merķeļa (Garlieb Merkel) “Vidzemes senatne” (1906).

1929. gadā Vecpiebalgas Kalna Kaibēnos ierīkots brāļu Kaudzīšu memoriālais muzejs. 1934. gadā Vecpiebalgā atklāts tēlnieka Burkarda Dzeņa veidots piemineklis brāļiem Kaudzītēm, savukārt 1987. gadā pie Vecpiebalgas Kultūras nama atklāts tēlnieces Marijas Eņģeles veidots piemineklis brāļiem Kaudzītēm. 1998. gadā brāļiem Kaudzītēm veltīts piemiņas akmens atklāts Saulesdārzā Rīgā.