Embrioloģijas agrīnie pētījumi un priekšmeta studijas Latvijā tika aizsākti 20. gs. 20. gados. Vispirms tie notika Latvijas Universitātes (LU) Medicīnas fakultātes Histoloģijas institūtā, kad Latvijas pirmā histoloģe Ausma Bebre sagatavoja embrioloģijas mācību līdzekli studentiem un pētīja zīdītāju centrālās nervu sistēmas struktūru attīstību. Embrioloģijas skolas aizsācējs ir profesors Pēteris Gērke, kurš sarakstīja vairākas grāmatas embrioloģijā. Pēc P. Gērkes pensionēšanās Padomju okupācijas laikā embrioloģiju mācīja ļoti maz. Embrioloģiju kā mācību priekšmetu atjaunoja 1998. gadā, un mācību līdzekļus bija sarakstījuši profesori Māra Pilmane, Aina Dālmane un Jurijs Markovs. Mūsdienās galvenos pētījumus embrioloģijas jomā veic Rīgas Stradiņa universitātē (RSU), un tie ir saistīti ar kompleksu anomāliju skartu audu izpēti.

LU medicīnas fakultātes pirmsākumos, 20. gs. 20. gados, embrioloģijai bija tikai sporādiska nozīme. No 1928. gada līdz 1930. gadam embrioloģijas priekšmetu lasīja privātdocents Maksis Brants. Savukārt histoloģe A. Bebre 20. gs. 30. gados sagatavoja grāmatu “Embrioloģijas konspekts” (1926), un viņas doktora disertācijas tēma, kas netika aizstāvēta, bija veltīta embrioloģijai – “Zīdītāju smadzenīšu garozas histoģenēze”. 1940. gadā tika izveidota Anatomijas katedra, kurā bija Histoloģijas un embrioloģijas nodaļa un kuru vadīja (tolaik vēl lektors) Jānis Arnolds Eglītis. Viņa habilitācijas darbs 1942. gadā bija veltīts embrioloģijas tēmai “Muguras smadzeņu kaudālās daļas attīstība. Neuroporus secundarius”.

Latvijas embrioloģijas skolas pamatlicējs ir akadēmiķis P. Gērke, kurš Latvijā no Baltkrievijas ieradās 1951. gadā. Profesors savu disertāciju embrioloģijā “Zīdītāju hipofīzes attīstība un tās morfoloģiskā nozīme” aizstāvēja 1936. gadā. Strādājot Latvijā, P. Gērke ir sarakstījis vairākas embrioloģijas mācību grāmatas krievu un latviešu valodā. Profesors arī bija savācis pirmo embriju kolekciju Latvijā, kuru neviena institūcija nevēlējās paturēt, tāpēc pēc aiziešanas pensijā P. Gērke to kādu laiku glabāja pie sevis mājās, bet vēlāk tā tika aprakta mežā. Padomju okupācijas laikā embrioloģijas studijas bija apmēram 6–10 stundas histoloģijas kursā, ietverot vispārējās embrioloģijas pamatpriekšstata jēdzienus, bet speciālo embrioloģiju atstājot galvenokārt anatomijas kursam.

Viens no pirmo kontracepcijas tablešu – “baby pills” – radītājiem bija Amerikas Savienoto Valstu (ASV) biologs Gregorijs Gudvins Pinkass (Gregory Goodwin Pincus); viņa māte Elizabete Lipmane (Elizabeth Lipman) bija ieceļojusi ASV no Latvijas teritorijas. Savukārt viens no pirmajiem intrauterīno operāciju uzsācējiem 1963. gadā bija Oskars Kārlis Ādamsons jaunākais (Oscar Karliss Adamsons, latviešu imigranta pēctecis ASV) Kolumbijas Universitātes (Columbia University) slimnīcā, kur veica pirmo intrauterīno operāciju, pārlejot 27 nedēļas vecam auglim asinis Rh konflikta gadījumā.

LU atjaunotajā Anatomijas un histoloģijas katedrā embrioloģijas kursu 1998. gadā atjaunoja profesore M. Pilmane. Tajā pašā gadā šāds kurss tika atjaunots arī RSU (toreizējā Latvijas Medicīnas akadēmijā). 2001. gadā, pārejot darbā uz RSU, M. Pilmane kopā ar Gertu Horstu Šūmaheru (Gert-Horst Schumacher) uzsāka mācību grāmatas “Medicīniskā embrioloģija” (2006) sagatavošanu. 2006. gadā LU autoru kolektīvs A. Dālmanes vadībā izdeva grāmatu “Cilvēka embrioģenēze”.

2002. gadā RSU izveidoja Anatomijas un antropoloģijas institūta (AAI) Embrioloģijas studiju nodaļu, kura pastāvēja līdz 2008. gadam, kad tika izveidota Histoloģijas un embrioloģijas katedra, bet no 2009. gada tajā integrēja arī anatomiju, izveidojot vienotu Morfoloģijas katedru, kurā māca šūnu bioloģiju, anatomiju, histoloģiju, antropoloģiju un embrioloģiju. No 2001. gada LU tika izveidots Anatomijas un embrioloģijas muzejs (izveidotāja un pirmā vadītāja ir M. Pilmane), bet no 2003. gada RSU AAI M. Pilmanes uzraudzībā tika izveidota AAI vēsturiskā mācību un zinātnes līdzekļu kolekcija (tā iekļauj Paula Stradiņa savulaik vāktos eksponātus, profesora Anatolija Ameļina (Анатолий Захарович Амелин) un ārsta Viļa Deruma kolekcijas, Bērnu klīniskās universitātes slimnīcas (BKUS) un RSU Patoloģijas biroja ekspozīcijas, Rīgas Doma dārza un pilsētas antropoloģisko ekspedīciju/izrakumu skeletus) ar vairāk nekā 8000 eksponātiem, no kuriem ap 100 ir embrioloģijas sadaļas uzskates materiāli. ’

Studentu apmācībā no 2017. gada RSU kā pirmā ievieš virtuālo embrioloģiju ar plašu skanēto mikropreparātu e-studiju vidi un AAI vēsturiskās kolekcijas eksponātu fotogrāfiju un to saistošo aprakstu izvietošanu augstskolas repozitorijā, pilnībā atļaujot arī distancēto priekšmeta apmācību. Galvenie pētījumu projekti ir saistīti ar veselu/patoloģiski izmainītu embriju, tostarp preimplantācijas embriju, kompleksiem audu pētījumiem ar mūsdienīgām pētnieciskām metodēm. Pētījumu virzieni ir nervu sistēmas, kuņģa un zarnu trakta, elpošanas sistēmas attīstība; salīdzinošie embrioloģiskie pētījumi, veterinārmedicīnas morfoloģiskie pētījumi par dzīvnieku reproduktīvo, gastroenteroloģisko, imūno un nervu sistēmu; cilmes šūnas.

2006. gadā 1. vietu X Turcijas starptautiskajā anatomu kongresā par cilmes šūnu pētījumiem saņēma M. Pilmane; 2014. gadā viņa saņēma arī Jēkaba Prīmaņa balvu par zinātnisko veikumu, anatomisko AAI eksponātu saglabāšanu un embrioloģijas ekspozīcijas izveidošanu. Daudzi pētnieki zinātnisko pētījumu atzinības saņēmuši ārvalstu zinātniskajos kongresos par pētījumiem embrioloģijas jomā: 2008. gadā: Anna Kukanova par augšanas faktoru pētījumiem olvada grūtniecības gadījumā, starptautiskajā Baltijas dzemdniecības un ginekoloģijas konferencē (The Baltic International Conference in Obstetrics and Gynecology) Rīgā – 1. vieta; 2009. gadā: Benita Krivicka-Užkurele par audu faktoru izpēti sejas šķeltņu skartos audos saņēma 3. vietu Baltijas morfologu zinātniskajā konferencē (Baltic Morphology 2009 scientific conference) Kauņā; 2015. gadā: Liene Smane par pētījumiem šķeltņu skartos audos saņēma labākā doktoranta balvu VIII Baltijas Morfologu zinātniskajā konferencē (Baltic Morphology VIII scientific conference) Viļņā.

Galvenie pētījumi saistās ar RSU AAI, kurā tiek plaši izmantotas histoķīmiskās un imūnhistoķīmiskās metodes: fluorescences, biotīna avidīna, biotīna streptavidīna; in situ hibridizācija; TUNEL tehnika; veikti arī šūnu kultūras pētījumi.

Galvenie pētījumu virzieni ir dažādu audu faktoru, ieskaitot gēnus, kompleksi pētījumi embrioloģijas jomā. Pētīti dažādi audu molekulārie notikumi, kā deģenerācija, reģenerācija, remodelācija, programmētā šūnu nāve, proliferācija, dabīgo antimikrobo faktoru aizsardzības sistēma, gēnu un to proteīnu/transkripcijas faktoru sadalījums audos. Doktora grādu medicīnā par pētījumiem anomāliju jomā, proti, šķeltnēm, ieguvusi Benita Krivicka-Užkurele (2010) un Liene Smane (2016), par I trimestra cilvēka dažādas implantācijas gadījumu embriju audu pētījumiem – Anna Miskova (2012), bet par jaundzimušo saauguma slimības skartu audu pētījumiem – Anna Junga (2019). Būtiski pētījumi par kraniofaciālajām anomālijām tiek veikti Latvijas lūpu, aukslēju un sejas šķeltņu centrā profesores Ilzes Akotas vadībā, kur sadarbībā ar RSU aizstāvēti pētījumi par kraniofaciālā skeleta morfoloģiju vecākiem, kuriem ir bērni ar šķeltni (Ieva Mauliņa, Dr. med., 2011), zobu anomāliju veidiem un to saikni ar mutes veselības stāvokli bērniem ar iedzimtām nesindromālām šķeltnēm Latvijā un to saistību ar noteiktiem ģenētiskajiem marķieriem (Kristīne Kadiķe, Dr. med., 2017), par deguna elpošanas funkciju un estētiku bērniem ar caurejošu šķeltni (Ieva Bāgante, Dr. med., 2018).

Arī RSU Dzemdniecības un ginekoloģijas katedrā veikti nozīmīgi pētījumi par augļa intrauterīno augšanas aizturi (Natālija Vedmedovska, Dr. med., 2011), bet RSU Sabiedrības veselības un epidemioloģijas katedrā izstrādāts darbs par iedzimto anomāliju biežumu un ar to saistīto faktoru epidemioloģisko analīzi Latvijā (Irisa Zīle, Dr. med., 2013).

Latvijas Lauksaimniecības universitātē sadarbībā ar RSU veikti nozīmīgi pētījumi embrioloģijas jomā. Tā, liellopu dzeltenuma ķermeņa (corpus luteum) hormonu ekspresiju cikla un grūsnības laikā pētījusi Regīna Tamane (Dr. med. vet., 2004), bet Ilga Šematoviča pētījusi govs dzemdes morfofunkcionālās pārmaiņas dažādos laika periodos pēc atnešanās (Dr. med. vet., 2010).

Nozīmīgākās organizācijas ir Klīniski integrētās morfoloģijas asociācija (KIMA), kas dibināta 2000. gadā, Latvijas anatomu, histologu un embriologu biedrība (LAHEB), kas dibināta 1997. gadā, un Reproduktologu un embriologu asociācija (REA), kas dibināta 2005. gadā.