Augstskolas struktÅ«ra tika veidota uz DVSI bÄzes. Studijas tika nodroÅ”inÄtas gan dienas, gan vakara, gan neklÄtienes nodaļÄ. Studijas tika organizÄtas divÄs plÅ«smÄs ā ar latvieÅ”u un krievu mÄcÄ«bu valodu. DPI sÄkotnÄji tika organizÄtas divas fakultÄtes ā Fizikas un matemÄtikas fakultÄte un FiloloÄ£ijas fakultÄte ar LatvieÅ”u valodas un literatÅ«ras un Krievu valodas un literatÅ«ras nodaļu. DPI attÄ«stoties un pieaugot studentu skaitam, palielinÄjÄs fakultÄÅ”u un katedru skaits, kÄ arÄ« tika reorganizÄtas esoÅ”Äs. 1954. gadÄ tika atvÄrta DabaszinÄtÅu fakultÄte (1957. gadÄ pÄrdÄvÄta par BioloÄ£ijas un Ä·Ä«mijas fakultÄti) un VÄstures fakultÄte (slÄgta 1960. gadÄ), 1987. gadÄ ā MÅ«zikas pedagoÄ£ijas nodaļa. 70. gados visÄs PSRS augstskolÄs tika organizÄta Sabiedrisko profesiju fakultÄte, kuras mÄrÄ·is bija sniegt studentiem teorÄtiskÄs un praktiskÄs iemaÅas Ärpus darba organizÄÅ”anÄ. DPI Å”Äda fakultÄte tika izveidota 02.1973. FakultÄtes darbÄ«ba pakÄpeniski tika paplaÅ”inÄta, organizÄjot tajÄ jaunas nodaļas: BibliotekÄru vadÄ«tÄju, TÅ«risma instruktoru, Pionieru darba vadÄ«tÄju, Deju kolektÄ«vu vadÄ«tÄju un citas.
PÄc Latvijas neatkarÄ«bas atjaunoÅ”anas augstskolu mÄrÄ·tiecÄ«gi tika pÄrveidota par klasiska tipa universitÄti, apvienojot humanitÄrÄs, dabas, tehniskÄs un sociÄlÄs zinÄtnes. PÄc institÅ«ta reorganizÄcijas par universitÄti 1993. gadÄ DPU struktÅ«ru veidoja piecas fakultÄtes un divas nodaļas: BioloÄ£ijas un Ä·Ä«mijas fakultÄte, Fizikas un matemÄtikas fakultÄte, FiziskÄs audzinÄÅ”anas fakultÄte, HumanitÄrÄ fakultÄte, MÅ«zikas pedagoÄ£ijas fakultÄte, Ekonomikas un socioloÄ£ijas nodaļa un SÄkumskolas nodaļa. SÄkot ar 1996. gadu, kad tika Ä«stenotas izmaiÅas augstskolas struktÅ«rÄ, DPU darbojÄs trÄ«s fakultÄtes (DabaszinÄtÅu un matemÄtikas, HumanitÄrÄ un Pirmskolas un pamatskolas pedagoÄ£ijas) un trÄ«s nodaļas (Ekonomikas, MÅ«zikas pedagoÄ£ijas, Sporta pedagoÄ£ijas).
2022. gadÄ DU ir piecas fakultÄtes: DabaszinÄtÅu un matemÄtikas, HumanitÄrÄ, IzglÄ«tÄ«bas un vadÄ«bas (2003), SociÄlo zinÄtÅu (2001), MÅ«zikas un mÄkslu fakultÄte.
ZinÄtniskÄs darbÄ«bas Ä«stenoÅ”anai pie DU darbojuÅ”ies vairÄki zinÄtniskie institÅ«ti un centri, atbilstoÅ”i prioritÄrajiem zinÄtÅu virzieniem (matemÄtika, fizika, nanomateriÄli un materiÄlu inženierzinÄtnes; bioloÄ£ija; izglÄ«tÄ«bas zinÄtnes; reÄ£ionÄlistika, literatÅ«ra un mÄkslas): IlgtspÄjÄ«gas izglÄ«tÄ«bas institÅ«ts (2003), SociÄlo pÄtÄ«jumu institÅ«ts (2003), KomparatÄ«vistikas institÅ«ts (2003), MutvÄrdus vÄstures centrs (2003), Gunta Liberta InovatÄ«vÄs mikroskopijas centrs (2004), EkoloÄ£ijas institÅ«ts (2004), SistemÄtiskÄs bioloÄ£ijas institÅ«ts (2005).
Veicot strukturÄlÄs reformas, lai Ä«stenotu resursu koncentrÄciju un novÄrstu pÄtÄ«jumu virzienu sadrumstalotÄ«bu, kopÅ” 2014. gada pie DU darbojas divi zinÄtniskie institÅ«ti ā DzÄ«vÄ«bas zinÄtÅu un tehnoloÄ£iju institÅ«ts ar BiosistemÄtikas, BiotehnoloÄ£ijas, Dizaina, EkoloÄ£ijas, LietiŔķÄs Ä·Ä«mijas un TehnoloÄ£iju departamentiem un HumanitÄro un sociÄlo zinÄtÅu institÅ«ts ar ÄetrÄm struktÅ«rvienÄ«bÄm ā IlgtspÄjÄ«gas izglÄ«tÄ«bas centru, KultÅ«ras pÄtÄ«jumu centru, SociÄlo pÄtÄ«jumu centru un reÄ£ionÄlo studiju centru āLatgales pÄtniecÄ«bas institÅ«tsā.