Augstskolas struktūra tika organizēta uz LU Lauksaimniecības fakultātes bāzes, izveidojot divas patstāvīgas fakultātes – Lauksaimniecības un Mežsaimniecības fakultāti.
Padomju okupācijas periodā LLA darbība un studiju virzieni tika ievērojami pārkārtoti un paplašināti. 11.1944. LLA atjaunoja darbību ar piecām fakultātēm – Lauksaimniecības, Lauksaimniecības tehnoloģijas un mājturības (likvidēta 1948. gadā), Lauksaimniecības mehanizācijas, Mežsaimniecības un Veterinārmedicīnas fakultāti, kura tika izdalīta no Latvijas Valsts universitātes. Turpmākajos gados tika izveidotas Zemes ierīcības (1947), Hidromeliorācijas (1948), Pārtikas rūpniecības tehnoloģijas (1948), Mežtehnikas (1949), Lauksaimniecības ekonomikas (1968) un Lauksaimniecības celtniecības (1984) fakultātes. 1949. gadā uz Lauksaimniecības fakultātes bāzes tika izveidotas Agronomijas un Zootehnikas fakultātes. 1966. gadā tika izveidota arī Kolhozu un padomju saimniecību vadošo kadru un lauksaimiecības speciālistu kvalifikācijas celšanas fakultāte, kuras galvenais mērķis bija lauksaimniecības uzņēmumu speciālistu pieredzes papildināšana un zināšanu padziļināšana. 1963. gadā tika izveidota Sabiedrisko profesiju fakultāte, kurā studenti paralēli izvēlētajai specializācijai varēja apgūt prasmes un iemaņas dažādu kultūras un sporta pasākumu un kolektīvu organizēšanā un vadīšanā.
LLU tika izveidotas arī vispārējās un speciālās katedras, kas nebija pakļautas fakultātēm un bija atbildīgas par studentu ideoloģisko apmācību un sagatavošanu – Politiskās ekonomijas, Marksisma-ļeņinisma filozofijas, Zinātniskā komunisma, Padomju Savienības Komunistiskās partijas vēstures, Militārās apmācības un fiziskās audzināšanas, Valodu-pedagoģijas katedra. Mācību plāni un programmas kopumā tika pielāgotas PSRS noteiktajām prasībām.
Pēc 1991. gada LLU tika sākta mērķtiecīga un radikāla struktūras reorganizācija un modernizācija atbilstoši neatkarību atguvušās Latvijas augstākās izglītības un tautsaimniecības prioritātēm, vienlaicīgi iekļaujoties Eiropas augstākās izglītības telpā. 2022. gadā LBTU veido astoņas fakultātes – Lauksaimniecības, Meža, Veterinārmedicīnas, Tehniskā, Pārtikas tehnoloģijas, Vides un būvzinātņu, Informācijas tehnoloģiju, Ekonomikas un sabiedrības attīstības fakultāte.
Jau kopš augstskolas izveides kā nozīmīga augstskolas darbības un studiju procesa sastāvdaļa tika nostiprināta studentu praktiskā apmācība un zinātniskās pētniecības īstenošana izmēģinājumu un praktisko darbu saimniecībās. Augstskolas vajadzībām 06.1940. tika nodotas mācību saimniecības, kas iepriekš atradās LU Lauksaimniecības fakultātes īpašumā ‒ mācību ferma “Rāmava”, Vecauces mācību saimniecība, Lielauces mācību un izmēģinājuma saimniecība un Auces mācību un izmēģinājumu virsmežniecība. Padomju okupācijas periodā augstskolas pārvaldībā esošās mācību un pētījumu izmēģinājumu saimniecības tika paplašinātas, kā arī izveidotas jaunas (pētījumu un izmēģinājumu saimniecība Platonē, pētījumu mežsaimniecības Jelgavā un Šķēdē).
Lai nodrošinātu pilnvērtīgu mācību un pētniecības procesu, mācību saimniecību darbs turpinās arī pēc neatkarības atjaunošanas (pētījumu saimniecība “Pēterlauki”, Meža pētīšanas stacija, Latvijas Augu aizsardzības pētniecības centrs). Pētījumu projektu realizēšanai izveidoti arī zinātniskie institūti un laboratorijas, piemēram, Agroresursu un ekonomikas institūts, Dārzkopības institūts, Zemkopības institūts, Augu aizsardzības zinātniskais institūts. LBTU zinātniskie pētījumi un studiju programmu specializācija tiek īstenota atbilstoši LBTU prioritārajiem pētniecības virzieniem – biozinātnes (lauksaimniecība, mežasaimniecība un veterinārmedicīna), inženierzinātnes (pārtikas tehnoloģijas, enerģētika, viedās mašīnas un tehnoloģijas, ģeodēzija, kokapstrāde, ūdenssaimniecība u. c.) un sociālās zinātnes (ekonomika un uzņēmējdarbība, ainavu arhitektūra, zemes pārvaldība, socioloģija u. c.).

Jaunlopu un teļu novietnes LLU Mācību un pētījumu saimniecībā "Vecauce". 31.10.2019.
Avots: Latvijas Lauksaimniecības universitāte.