Jūras zirnekļi ir no 1 mm–90 cm lieli dzīvnieki. Dažu sugu pārstāvji ir tik mazi, ka katrs to muskulis sastāv no vienas šūnas. Dziļūdens sugas bieži vien ir lielas izmēros.
Jūras zirnekļu ķermeni iedala galvas (snuķa), krūšu un rudimentārā vēdera nodalījumā. Jūras zirnekļiem ir četri līdz astoņi ekstremitāšu pāri. To skaits dažādām sugām ir atšķirīgs. Krūtis sastāv no četriem līdz sešiem segmentiem, un katram no tiem ir savs kāju pāris. Vēdera nodalījums ir neposmots. Helifori, pedipalpas, kājas olu pārnēsāšanai un viens ejkāju pāris ir pievienoti galvas nodalījumam. Helifori beidzas ar nelielām spīlēm un noder medījuma satveršanai. Pedipalpām ir taustes funkcijas. Ejkājas piestiprinātas pie gara ķermeņa izauguma, sastāv no astoņiem posmiem un beidzas ar nadziņiem. Ar tiem jūras zirnekļi ieķeras substrātā. Nolauztās kājas spēj reģenerēties. Ekstremitātes ir garas un spēcīgas. Vairākas orgānu sistēmas no ķermeņa ir pārvietojušās uz ekstremitātēm. Jūras zirnekļi var pārvietoties uz priekšu, atpakaļ un uz sāniem, nepagriežot ķermeni.
Jūras zirnekļu nervu sistēmu veido ventrālā ķēdīte ar četriem līdz pieciem nervu mezgliem. Klases robežās novēro tendenci nervu mezgliem koncentrēties un veidot kopīgu gangliozu masu. Jūras zirnekļiem ir četras mazas, vienkāršas acis, kas atrodas ķermeņa priekšējā nodalījuma mugurpusē uz kopīga pauguriņa. Daļa ķermeņa matiņu arī veic maņu orgānu funkcijas.
Mute ved snuķa dobumā, kas izklāts ar kutikulu. To klāj daudzi matiņi, un tie pilda filtrācijas funkcijas. Tālāk atrodas viduszarna ar gariem izaugumiem, kas iestiepjas ekstremitātēs. Rudimentārajā vēderā atrodas galazarna, kas beidzas ar ānusu. Speciālu izvadorgānu jūras zirnekļiem nav. Izvadfunkcijas veic īpašas šūnas, kas atrodas ķermeņa dobumā. No vielmaiņas galaproduktiem jūras zirnekļi atbrīvojas apvalku nomaiņas laikā. Jūras zirnekļu ķermeņa dobums ir sadalīts ar starpsienu muguras un vēdera daļā. Tajos hemolimfa plūst pretējos virzienos. Jūras zirnekļiem ir savdabīgs gremošanas trakts. Zarnas atrodas visā ķermenī, ieskaitot kājas. Zarnu kustības, saraušanās nodrošina ne tikai gremošanu, bet arī gāzu apmaiņu. Pētījumos pierādīts, ka, samazinoties skābekļa daudzumam jūras zirnekļu hemolimfā, pastiprinās to zarnu kustības. Jūras zirnekļu sirds ir ar diviem ostiju pāriem un vāji attīstīta. Tā nodrošina hemolimfas kustību stumbrā un blakus esošajos kāju segmentos. Asinsvadu un elpošanas orgānu sistēmas jūras zirnekļiem nav. Skābekli no ūdens difūzijas ceļā uzņem caur kutikulu, kas veido ārējo skeletu.
Jūras zirnekļi ir šķirtdzimuma dzīvnieki; zināma tikai viena suga Ascorhynchus corderoi, kuras pārstāvji ir hermafrodīti. Pāra gonādas atrodas sānos un virs zarnu trakta. Tām ir garas caurules veids, un tās iesniedzas ekstremitātēs. Kājās nobriest dzimumprodukti, kurus izvada pa kāju otrā posma atverēm. Daudzām sugām raksturīgs dzimumu dimorfisms. Mātītēm olu pārnēsāšanas kājas ir īsākas nekā tēviņiem vai to nav vispār. Apaugļotās olas tēviņš aptin ap trešo ekstremitāšu pāri un ar īpašu sekrētu salipina kamolos. Tā tēviņi iznēsā pēcnācējus, līdz izšķiļas kāpuri vai pat notiek metamorfoze. Jūras zirnekļu attīstība ir saistīta ar metamorfozi un īslaicīgu parazītismu. No olas iznāk kāpurs protonimfons, kura ķermenis vēl nav segmentēts, un tam ir provizorisks kāpura orgānu komplekts. Kāpuriem ir tīmekļdziedzeri, kuru izvadi atrodas dzelkņa galā. Ūdenī izdalītais pavedienveida sekrēts sacietē, un kāpurs ar to piestiprinās pie olu kamola vai hidropolipu kolonijas. Kāpuru heliforos atrodas indes dziedzeri. Protonimfons ar snuķi pārdur hidropolipu kolonijas apvalku un izsūc tās saturu. Augot kāpurs vairākkārt maina apvalku. Dažām sugām protonimfons ielien polipu kolonijas gastrālajā dobumā, veido paplašinājumu un turpina attīstību. Kā saimniekdzīvniekus kāpurs izmanto arī gliemjus; tas apmetas gliemju mantijas dobumā vai uz ķermeņa virsmas. Jūras zirnekļi lielākoties ir brīvi dzīvojoši, bet sastopamas arī parazītiskas sugas. Jūras zirnekļi ar heliforiem norauj hidropolipu hidrantus vai gonoforus un ievada snuķi, kas izdara sūkšanas kustības. Jūras zirnekļi pārsvarā ir plēsēji vai maitēdāji un pārtiek arī no aktīnijām, gliemjiem, adatādaiņiem un citiem bezmugurkaulniekiem.