Ķīmiskās aizsardzības vienībām ir divi galvenie uzdevumi: radioaktīvā, bioloģiskā un ķīmiskā saindējuma atklāšana un identifikācija un minētā saindējuma neitralizācija (bruņoto spēku vienību dekontaminācija jeb attīrīšana no saindējuma).

Atkarībā no bruņoto spēku kopējās organizācijas ķīmiskās aizsardzības vienībām var būt arī papildu uzdevumi. Pirmais uzdevums ir radioaktīvā, bioloģiskā un ķīmiskā saindējuma izplatības prognozēšana. Lai sagatavotu minētās prognozes, ķīmiskās aizsardzības vienības nodarbojas arī ar meteoroloģisko datu sagatavošanu. Otrais uzdevums ir dzeramā ūdens sagatavošana: situācijā, kad loģistika neļauj nepieciešamajā apjomā nodrošināt bruņoto spēku vienības ar dzeramo ūdeni, ķīmiskās aizsardzības vienības šo uzdevumu izpilda tieši militāro operāciju rajonā, attīrot no saindējuma uz vietas pieejamo ūdeni no atklātām ūdens tilpnēm. Trešais uzdevums ir aizdedzinošo ieroču lietošana. Ceturtais uzdevums ir ķīmiskās munīcijas (arī bioloģiskās munīcijas un kodolmunīcijas) neitralizācija. Piektais uzdevums ir dūmu aizsegu veidošana.

Ķīmiskās aizsardzības vienības ir kaujas atbalsta vienības un ir lietderīgas tikai tad, ja bruņoto spēku kaujas vienības veic aizsardzības pret MII pasākumus savā līmenī. Ķīmiskās aizsardzības vienību efektivitāte ir tieši atkarīga no kaujas vienību gatavības aizsardzībai pret MII un sadarbības.

Ķīmiskās aizsardzības vienību darbība rada galvenokārt taktiskā līmeņa efektus, nodrošinot savlaicīgu saindējuma atklāšanu, kā arī veicot bruņoto spēku vienību dekontamināciju. Radioaktīvā, bioloģiskā un ķīmiskā saindējuma zonu prognozēšana rada operacionālā līmeņa efektus; bruņoto spēku vienību vadība, izmantojot minēto informāciju, var plānot savlaicīgus aizsardzības un izvairīšanās pasākumus savām vienībām. Stratēģiskās ietekmes ķīmiskās aizsardzības vienībām nav, t. i., to esamība nenodrošina pretinieka atturēšanu no masu iznīcināšanas ieroču lietošanas, jo ķīmiskās aizsardzības vienības nespēj aizsargāt bruņotos spēkus, bet tikai savu resursu robežās samazināt MII lietošanas sekas.

Ķīmiskās aizsardzības vienības sāka veidoties Pirmā pasaules kara laikā paralēli ar MII attīstību un lietošanu. Pirmo ķīmisko uzbrukumu 1915. gadā Beļģijā pie Ipras nodrošināja, t. i., hlora balonus apkalpoja, sapieri. Sākotnēji ķīmiskās aizsardzības vienību uzdevums bija gan ķīmisko ieroču lietošana, gan aizsardzība pret tiem. 1917. gadā saistībā ar Amerikas Savienoto Valstu (ASV) iesaistīšanos karā Eiropā ASV armijā tika izveidots Armijas ķīmiskais korpuss (Army Chemical Corps). Pirmā pasaules kara beigu posmā valstis sāka vairāk domāt par aizsardzības pasākumiem un veidot vienības, kuru galvenais uzdevums bija aizsargāt pārējās vienības no ķīmiskajiem ieročiem. Ķīmisko, bioloģisko un kodolieroču lietošanas funkcijas sāka pāriet uz artilēriju, aviāciju, kara floti un stratēģisko raķešu vienībām. Padomju Sociālistisko Republiku Savienībā (PSRS) papildu ķīmiskās aizsardzības vienībām pastāvēja arī ļoti liels funkciju ziņā radniecīgs civilās aizsardzības karaspēks (войска гражданской обороны), kura uzdevumos ietilpa kodolsprādzienu radīto postījumu seku novēršana, ķīmisko avāriju likvidācija un tamlīdzīgas darbības. Šis karaspēks piedalījās arī avārijas seku likvidācijas pasākumos Černobiļas atomelektrostacijā 1986. gadā.

Pēc Otrā pasaules kara ķīmiskās aizsardzības vienības ieguva funkcijas, kas saglabājušās arī mūsdienās. Aukstā kara laikā, attīstoties kodolieročiem, ķīmiskajiem un bioloģiskajiem ieročiem, notika arī spēcīga ķīmiskās aizsardzības vienību attīstība.

Ķīmiskās aizsardzības vienību lielākā organizatoriskā vienība parasti ir rota, kurā ir apvienotas divas galvenās funkcijas: saindējuma atklāšana un neitralizācija. Rota sastāv no viena izlūku vada un viena vai diviem dekontaminācijas vadiem. Ja pastāv ķīmiskās aizsardzības bataljons, tas parasti ir vairāku rotu apkopojums.

Ķīmiskās aizsardzības vienības ir mazas salīdzinājumā ar citām bruņoto spēku vienībām un parasti veido 1–2 % no bruņoto spēku karavīru kopskaita. Ķīmiskās aizsardzības vienības nav visu valstu bruņoto spēku sastāvā.

Aukstā kara laikā tika izstrādāts ekipējums un procedūras. Ekipējuma attīstība notika divās galvenajās jomās: atklāšanas un identifikācijas, kā arī dekontaminācijas jomā.

Atklāšanas un identifikācijas (jeb izlūku) jomā ķīmiskās aizsardzības vienībās bruņojumā tika ieviestas izlūkošanas mašīnas, ko veidoja galvenokārt uz bruņutransportieru bāzes, aprīkojot ar pieejamo radioaktīvās un ķīmiskās izlūkošanas aparatūru, meteoiekārtām, paraugu ņemšanas iekārtām un citu ekipējumu. 20. gs. 80. gados tika uzsākts darbs pie mobilo lauka laboratoriju izveides, kurās tika izvietota kvalitatīvāka aparatūra, ko apkalpoja karavīri ar inženieru kvalifikāciju. Gan Ziemeļatlantijas līguma organizācijas (North Atlantic Treaty Organization, NATO), gan PSRS pusē pastāvēja problēma ar tādas aparatūras izgatavošanu, kas dotu iespēju lauka apstākļos ātri noteikt bioloģisko aģentu klātbūtni.

Dekontaminācijas jomā tika izveidotas dekontaminācijas mašīnas, ko veidoja uz kravas automašīnu šasijām, tās aprīkojot ar sūkņiem, ūdens un ķimikāliju cisternām, dušām un citām iekārtām. Dekontaminācijas mašīnas tika izmantotas, lai lauka apstākļos būtu iespējams ātri neitralizēt (noskalot, iznīcināt) radioaktīvo, bioloģisko un ķīmisko saindējumu, kas ir nokļuvis uz bruņoto spēku karavīriem un kara tehnikas. Personāla dekontaminācijai tika izmantotas dušu iekārtas, savukārt kara tehniku un citu militāro ekipējumu dekontaminēja ar ķimikālijām vai karstu gaisu.

Saistībā ar MII draudu samazināšanos Aukstā kara beigās samazinājās arī ķīmiskās aizsardzības vienību nozīme. 20. gs. beigās tika izformētas daudzas ķīmiskās aizsardzības vienības, kā arī samazinājās investīcijas jauna ekipējuma izpētē un ražošanā. Nepieciešamība pēc ķīmiskās aizsardzības vienībām atjaunojās pēc 2001. gada 11. septembra notikumiem, kam sekoja bioloģiskā terorisma gadījumi ASV, kā arī palielinājās MII apdraudējums pasaulē.

21. gs. ķīmiskās aizsardzības vienības nevar eksistēt tādā veidā un kvalitātē, kā tas bija Aukstā kara laikā. Ir mainījies MII apdraudējuma raksturojums, kā arī ir cēlusies cilvēka veselības un dzīvības vērtība. Aukstā kara laikā bija tikai daži apdraudējuma veidi, ar ko bruņoto spēku vienības rēķinājās kaujas operāciju rajonos: spēcīgs radioaktīvais piesārņojums pēc kodolsprādzieniem vai ķīmiskā saindējuma zonas, ko veido iprīts un zarīns. Mūsdienās kā apdraudējums tiek vērtēts arī neliels, lokāls radioaktīvais piesārņojums, ko var radīt rūpnieciskie radioloģiskie avoti vai noplicinātā urāna munīcija. Iprīta un zarīna izmantošana ir maz iespējama, taču ir jārēķinās ar daudzveidīgu rūpniecisko ķimikāliju klāstu. Lai noteiktu šo apdraudējumu, ir nepieciešama moderna, precīza aparatūra, kas savukārt prasa ilgāku personāla apmācību.

Radioaktīvo, bioloģisko un ķīmisko vielu identifikācijā tiek iesaistīti ne tikai bruņoto spēku speciālisti, bet arī civilie zinātniskie institūti ar kvalificētu zinātnisko personālu. Tā rezultātā no izlūku specializācijas ir atdalīta vēl viena joma: radioaktīvo, bioloģisko un ķīmisko vielu paraugu ņemšana. Lai prastu paraugus pareizi paņemt, saglabāt un transportēt, kā arī juridiski kā pierādījumus noformēt, ir jāiziet speciāla apmācība.

Mūsdienās MII lietošana var tikt vērsta arī pret civiliedzīvotājiem un pastāv nepieciešamība izmantot ķīmiskās aizsardzības vienības arī civiliedzīvotāju atbalstam. Tas ir iespējams tikai apdraudējuma atklāšanas un prognozēšanas jomā. Dekontaminācijas jomā ķīmiskās aizsardzības vienības ir aprīkotas un apmācītas, lai atbalstītu citas bruņoto spēku vienības, kas jau ir veikušas aizsardzības pasākumus pret MII, līdz ar to civiliedzīvotāju aizsardzība ir problemātiska. Sniedzot atbalstu civiliedzīvotājiem, ķīmiskās aizsardzības vienības sadarbojas ar ugunsdzēsības un glābšanas dienestiem, medicīnas iestādēm, kā arī drošības un pretterorisma dienestiem.

No 1918. līdz 1940. gadam Latvijas armijā nebija speciālu ķīmiskās aizsardzības vienību. 1993. gada sākumā Aizsardzības spēku mācību centra pakļautībā bija arī Atsevišķā ķīmiskās aizsardzības rota. Pēc diviem gadiem rota tika izformēta sakarā ar zemo MII apdraudējumu. Pēc 2001. gada 11. septembra notikumiem Nacionālajos bruņotajos spēkos tika uzsākts darbs pie Aizsardzības pret MII rotas izveides. AMII rota tika izveidota 2004. gada 26. janvārī Alūksnē. 2016. gadā rotu pārvietoja uz Rīgu.