No 1500. lÄ«dz 1508. gadam Leonardo dzÄ«voja FlorencÄ (ar pÄrtraukumu 1502. gadÄ, kad viÅÅ” bija ÄezÄres Bordžijas (Cesare Borgia) dienestÄ kÄ militÄrs inženieris un arhitektÅ«ras darbu konsultants). FlorencÄ Leonardo bija iesaistÄ«ts atseviŔķu inženiertehnisku darbu veikÅ”anÄ, bet Å”is periods ir nozÄ«mÄ«gÄkais Leonardo kÄ gleznotÄja darbÄ«bÄ.
IevÄrojamÄko perioda darbu vidÅ« ir āMadonna ar vÄrpstiÅuā (Madonna dei fusi, ap 1499; izmÄros nelielais darbs zudis, zinÄmas vairÄkas tÄ kopijas), kÄ arÄ« āSv. Anna ar DievmÄti un bÄrnuā (SantāAnna con la Vergine e il Bambino, arÄ« SantāAnna Metterza, 1503ā1519, Luvras muzejs), kuru Leonardo bija aizsÄcis vÄl MilÄnÄ (visticamÄk pÄc Luija XII, Louis XII, pasÅ«tÄ«juma, pie kura turpinÄja strÄdÄt lÄ«dz pat mūža beigÄm). Ar Å”o gleznu saistÄ«ts arÄ« vienÄ«gais zinÄmais Leonardo lielizmÄra zÄ«mÄjums (tÄ dÄvÄtais Burlingtonas nama kartons, The Burlington House Cartoon) āDievmÄte ar bÄrnu, Sv. Annu un mazuli Sv. JÄni KristÄ«tÄjuā (The Virgin and Child with Saint Anne and the Infant Saint John the Baptist, 1499ā1500, NacionÄlÄ galerija, LondonÄ). IzsmalcinÄti niansÄtÄ zÄ«mÄjuma kompozÄ«cija atŔķiras no gala versijas gleznÄ, kurÄ piramidÄli kÄrtotÄ figurÄlÄ kompozÄ«cija gleznota uz fantastiskas, bezgalÄ«gas kalnu ainavas fona, radot gandrÄ«z trÄ«sdimensionÄlu efektu. TÄlu psiholoÄ£iskÄ raksturojuma dziļums, tÄmas simbolika, lÄ«dz pilnÄ«bai izkoptÄ sfumato tehnika padara Å”o darbu par vienu no augstÄs renesanses ietekmÄ«gÄkajiem sasniegumiem.
OtrÄ Florences periodÄ sÄkts arÄ« pazÄ«stamÄkais un visvairÄk interpretÄtais portrets pasaules mÄkslas vÄsturÄ Lizas GerardÄ«ni (Lisa Gherardini), FranÄesko del Džokondo (Francesco del Giocondo) sievas, portrets, kas pazÄ«stams ar nosaukumu āMona Lizaā (Mona Lisa, arÄ« āDžokondaā, itÄļu La Gioconda, franÄu La Joconde, ap 1501ā1519, Luvras muzejs). Å ajÄ portretÄ mÄksliniekam izdevÄs panÄkt tÄdu sfumato tehnikas perfekciju, tÄla un fona ainavas telpisko vienotÄ«bu un lÄ«dzsvarotu majestÄtiskumu, kas individuÄlajam portretam pieŔķir arhetipisku nozÄ«mi. NoslÄpumainais smaids sievietes sejÄ, iespÄjams, ir itÄļu vÄrda gioconda ājautrs, dzÄ«vespriecÄ«gsā vizuÄla reprezentÄcija. Darbs netika atdots pasÅ«tÄ«tÄjam, un tika pilnveidots lÄ«dz pat mÄkslinieka dzÄ«ves beigÄm. IespÄjams, ka otrajÄ Florences periodÄ Leonardo aizsÄka Å”Ädus darbus (kurus turpinÄja vÄlÄk): āSvÄtais JÄnis KristÄ«tÄjsā (San Giovanni Battista, 1508ā1519, AbÅ« DabÄ« Luvras muzejs, Ų§ŁŁŁŁŲ± Ų£ŲØŁŲøŲØŁ, Louvre Abu Dhabi), hipotÄtiski tiek minÄtas arÄ« divas kompozÄ«cijas āLeda ar gulbiā (Leda col cigno, zinÄmas tikai skices, kas darinÄtas no 1503 lÄ«dz 1510 un kopijas), āPasaules glÄbÄjsā (Salvator Mundi, ap 1500, autorÄ«ba tiek apÅ”aubÄ«ta, privÄtkolekcijÄ AbÅ« DabÄ«).
Laika posmÄ no 1503. lÄ«dz 1506. gadam kuru Leonardo strÄdÄja pie monumentÄla gleznojuma pÄc Florences pilsÄtas valdÄ«bas pasÅ«tÄ«juma āKauja pie Angiariā (Battaglia di Anghiari) vienÄ no Palaco Vekio (Palazzo Vecchio) centrÄlajÄm zÄlÄm. Gleznojums palika nepabeigts, vÄlÄk tas zudis. KompozÄ«cijas centrÄlÄ daļa zinÄma pÄc kopijÄm, saglabÄjuÅ”ies atseviŔķi zÄ«mÄjumi un skices.
KopÅ” 1506. gada Leonardo ar Florences pilsÄtas valdÄ«bas atļauju pÄc MilÄnas franÄu pÄrvaldnieka uzaicinÄjuma epizodiski uzturÄjÄs MilÄnÄ kÄ militÄrais inženieris arhitekts, bet 1508. gadÄ pÄrcÄlÄs uz MilÄnu.