Aizsargu Nopelnu krustu piešķīra Apbalvošanas komisija, kas sākotnēji sastāvēja no Latvijas Aizsargu organizācijas priekšnieka un pa vienam vēlētam priekšstāvim no Vidzemes, Kurzemes un Latgales aizsargiem. Pēc jaunajiem statūtiem Apbalvošanas komisijas sastāvs nedaudz mainījās: tajā ietilpa sabiedrisko lietu ministrs kā priekšsēdētājs, aizsargu priekšnieks kā priekšsēdētāja biedrs un četri pulku komandieri, kurus iecēla Valsts prezidents.
Apbalvojumu sarakstus līdz 1938. gadam apstiprināja iekšlietu ministrs, bet vēlāk Apbalvošanas komisijas lēmumus apstiprināja Valsts prezidents.
Saskaņā ar Apbalvošanas komisijas ieteikumu, apbalvošanas kandidātam bija jābūt Latvijas Aizsargu organizācijā ne mazāk kā piecus gadus. Tie, kuri bija apbalvoti ar Latvijas Aizsargu organizācijas medaļu “Par centību”, Aizsargu Nopelnu krustu varēja saņemt pēc četriem gadiem. Parasti komisijai iesūtīja kandidātu sarakstus, ievērojot, ka vienu Aizsargu Nopelnu krustu un divas medaļas piešķīra uz katru vienu tūkstoti aizsargu. Vairāk apbalvoto bija aizsargu pulku jubilejās. Ar Aizsargu Nopelnu krustu par nopelniem vēl bez Latvijas Aizsargu organizācijas dalībniekiem varēja apbalvot arī valsts amatpersonas, privātpersonas un ārzemniekus, kā arī karavīrus.
Kopā ar Aizsargu Nopelnu krustu apbalvotais saņēma arī dokumentu. Sākumā tas bija salīdzinoši vienkāršs, bet 20. gs. 30. gadu beigās jau visai krāšņs, grafiski detalizēti izstrādāts, ar tekstu “Latvijas Valsts prezidenta uzdevumā par nopelniem Aizsargu labā apbalvo...”. To parakstīja sabiedrisko lietu ministrs, aizsargu priekšnieks un apbalvošanas komisijas sekretārs.
Par piešķirto apbalvojumu tā saņēmējam vajadzēja maksāt izgatavošanas izdevumus, valsts sedza tikai mazturīgo aizsargu samaksu par Aizsargu Nopelnu krustu izgatavošanu, izņēmums bija arī ārvalstu pilsoņiem piešķirtie apbalvojumi. Dažādu iemeslu dēļ neizņemtos vai neapmaksātos Aizsargu Nopelnu krustus uzglabāja tikai sešus mēnešus, pēc tam tos uzskatīja par anulētiem. Sabojāto vai nozaudēto Aizsargu Nopelnu krustu zīmju vietā pret samaksu varēja saņemt dublikātu.
1938. gada 12. jūlijā pieņemtais Likums par ordeņiem un goda zīmēm noteica, ka Aizsargu Nopelnu krusta un medaļas piešķiršanu jāizbeidz 1939. gada 20. martā. Bija nolemts par nopelniem aizsargus turpmāk apbalvot ar Viestura ordeni.