Jānis Gobnieks starpkaru periodā bija viens no vadošajiem militārajiem juristiem un ieņēma augstus amatus Latvijas Kara tiesā un Kara tiesu pārvaldē. Latvijas Neatkarības kara laikā 1919.–1920. gadā J. Gobnieks bija Francijas Militārās misijas loceklis Latvijā un kā Francijas armijas virsnieks atbalstīja Latvijas armiju cīņā pret Bermonta armiju un Sarkano armiju.

Dzimis bijušā un vēlākā Rundāles pagasta zemnieka Pētera Gobnieka ģimenē. Mācījies Rundāles pagasta skolā, 1906. gadā beidzis Bauskas pilsētas skolu, 04.–05.1913. beidzis Pētera I reālskolu Rīgā (Рижское русское реальное училище императора Петра I), kā eksternis nokārtojot gala pārbaudījumus. No 17.01.1916. mācījās Aleksandra kara skolā (Александровское военное училище) Maskavā, 14.05.1916. beidza saīsināto kara laika kursu. 15.06.1918.–09.12.1918. mācījās Francijas armijas virsnieku ložmetēju, sakaru un taktikas kursos Sabldolonnā. 07.–24.08.1920. Latvijas Izglītības ministrijas eksterņa pārbaudījumos apliecinājis zināšanas vidusskolas reālā tipa kursa apmērā. No 1920. gada studēja Latvijas Augstskolas (mūsdienās Latvijas Universitāte, LU) Tautsaimniecības, no 1922. gada – Tiesību nodaļā, 01.1929. beidzis LU Tiesību nodaļu.

Precējies ar Emmu Malvīni Neilandi (mirusi bēgļu gaitās Krievijā), dēls Valentīns Gobnieks – LU filozofijas students; otrreiz precējies ar Almu Balss – skolotāja, tulkotāja (pēc Otrā pasaules kara Vācijā), meita Margrieta Marija – Universitātes Rīgā medicīnas studente.

Bērnībā ģimene atgriezās Rundāles pagastā, no 1906. gada palīdzēja tēvam saimniecībā, epizodiski strādāja par pagasta valdes darbveža palīgu. No 1909. gada strādāja par ierēdni Zemnieku zemes bankas (Крестьянский поземельный банк) Rīgas nodaļā. Pirmā pasaules kara priekšvakara gatavojās iestāšanās pārbaudījumiem Rīgas Politehniskajā institūtā, ko izjauca kara izcelšanās. Pirmā pasaules kara laikā 07.1915. iestāžu evakuācijas gaitā no Rīgas izbrauca uz Krieviju. 11.1915. mobilizēts armijā Orlā, iedalīts 185. kājnieku rezerves bataljonā Smoļenskā. Pēc karaskolas beigšanas no 05.1916. praporščiks 189. kājnieku pulkā Kalugā, rotas jaunākais virsnieks. 10.1916. komandēts uz Tulu, 77. kājnieku rezerves pulka komandiera rīcībā Krievijas ekspedīcijas korpusa 4. atsevišķās brigādes papildināšanai, tās vienību sastāvā no Tulas nosūtīts uz Arhangeļsku, pa jūras ceļu – uz Franciju, Brestas ostu (ieradās 13.11.), no turienes 17.12. uz franču spēkiem Salonikos, Grieķijā (ieradās 23.12.). No 13.01.1917. virsnieks 8. atsevišķajā kājnieku pulkā. Brigādes 2., no 09.1917. – 3. ložmetēju rotas jaunākais virsnieks. No 03.01.1917. piedalījās pozīciju aizstāvēšanā Staravinas-Čerarekas rajonā, 21.07. savas vienības sastāvā pārgāja autonomā Korčas apgabala (mūsdienās Albānijā) robežu, 23.07.–31.12.1917. piedalījās pozīciju aizstāvēšanā Ohridas ezera apkārtnē. 1917. gada gaitā sakarā ar izdienas nosacījumiem priekšniecības izvirzīts paaugstināšanai par podporučiku, poručiku, štābkapteini, oficiāla apstiprināšana tajās nav notikusi sakarā ar politisko situāciju Krievijā. 27.02.1918. kā leitnants, Francijas armijas brīvprātīgais ar ārzemnieka tiesībām komandēts Maķedonijas frontes dežūrējošā ģenerāļa Fransuā Žuino-Gambetas (François Jouinot-Gambetta) rīcībā, iedalīts Maķedonijas brīvprātīgo bataljonā, tā sastāvā nosūtīts uz Franciju, ložmetēju rotas virsnieks frontē pret Vācijas armiju Nansī pilsētas apkārtnē (līdz 15.06.1918.). Pēc mācību kursu beigšanas 09.12.1918. komandēts uz Francijas ziemeļaustrumiem, Raonletapā esošajām krievu karavīru nometnēm ar uzdevumu apzināt latviešu, lietuviešu un igauņu karavīrus rotas izveidošanai. No 02.1919. uzturēja sakarus ar Latvijas delegāciju Parīzes miera konferencē. 15.04.1919. pēc Latvijas delegācijas Miera konferencē lūguma komandēts Francijas Kara ministrijas rīcībā Parīzē, iecelts par Emanuela Diparkē (Emmanuel du Parquet) vadītās Militārās misijas locekli Baltijas valstīs, 15.05. misijas sastāvā izbrauca no Francijas, 21.05. ieradās Liepājā, kopš vasaras misijas sastāvā darbojās Rīgā. Kauju laikā ar Bermonta spēkiem 10.11.1919. Rīgā, uzturēja Francijas militārās misijas un kara flotes kuģu sakarus ar Latvijas armijas virspavēlnieka štābu, cita starpā kopā ar citiem misijas locekļiem kauju laikā apmeklējot Latvijas armijas pirmās līnijas (par to vēlāk apbalvots ar Lāčplēša Kara ordeni). No 12.1919. līdz 04.1920. arī ložmetēju instruktors ar Francijas misijas atbalstu Liepājā formējamajā Latvijas armijas Zemgales divīzijā. 01.06.1920. atbrīvots no Francijas misijas locekļa amata.

No 01.06.1920. Latvijas armijā (kapteinis), dienēja Armijas virspavēlnieka štābā, Inspekcijas daļas sevišķu uzdevumu virsnieks. 02.03.1921. pārvietots uz Kara tiesu, no 09.05. Kara tiesu amatu kandidāts, no 31.05.1921. – 1. aizmugures iecirkņa kara izmeklēšanas tiesnesis, no 01.09.1924. – kara prokurora palīgs. 09.03.1926. iecelts par Kara tiesas locekļa vietas izpildītāju, 20.03.–16.08.1928. kara virsprokurora palīga vietas izpildītājs, pēc tam atkal kara prokurora palīgs. Pulkvedis-leitnants (18.11.1927.), pulkvedis (28.01.1930). no 15.08.1929. Kara tiesas loceklis. 14.05.–01.10.1930. kara prokurora vietas izpildītājs, no 01.10.1930. Kara tiesu pārvaldes priekšnieka un virsprokurora palīga vietas izpildītājs. Latvijas Tiesnešu biedrības līdzdibinātājs, tās Revīzijas komisijas loceklis.

Miris no sirdstriekas. Uz Rīgas Brāļu kapiem ar militāru godu izvadīts no luterāņu arhibīskapa katedrāles – Māras baznīcas (mūsdienās Rīgas Doma baznīca), piedaloties Latvijas armijas vadības un Francijas sūtniecības pārstāvjiem. Pēc J. Gobnieka nāves viņam piederošo Burzmu saimniecību Rundāles pagastā apsaimniekoja tēvs ar brāli Kārli.

J. Gobnieks starpkaru periodā bija viens no vadošajiem Latvijas militārajiem juristiem, kurš ieņēma augstus amatus Latvijas Kara tiesā un Kara tiesu pārvaldē. Neatkarības kara laikā 1919.–1920. gadā J. Gobnieka stāvoklis kā Francijas militārās misijas loceklim bija īpašs kā vienīgajam latvietim, kurš ieņēma pilnvērtīga pārstāvniecības darbinieka amatu Rietumu Sabiedroto pārstāvniecībās Latvijā, turklāt kā Francijas armijas virsnieks J. Gobnieks atbalstīja Latvijas armiju cīņā pret Bermonta armiju un Sarkano armiju.

Par kaujas nopelniem kara laika dienestā Latvijas un Francijas armijā apbalvots ar Lāčplēša Kara ordeni (III šķira), Triju Zvaigžņu ordeni (IV šķira), Francijas Melnās zvaigznes virsnieka ordeni.