Par Austrumeiropas strupastes izcelsmes centru tiek uzskatīti Āzijas dienvidrietumi, šaurā zona starp Kaukāzu, Kaspijas jūru un Melno jūru. Tās izturēja nelabvēlīga klimata periodus patvērumos un izplatījās, kad klimats uzlabojās. 1972. gadā pirmoreiz nodalīta no lauku strupastes kā patstāvīga suga. Pašlaik vispārzināmā diagnostikas pazīme ir diploīdo hromosomu skaits: Austrumeiropas strupastei ir 54, bet lauku strupastei – 46 hromosomas. Lielās līdzības dēļ lauku un Austrumeiropas strupastes uzskata par kriptiskām (dvīņu) sugām. To atdalīšanās acīmredzot notika pirms 0,49–0,41 miljoniem gadu. Latvijā šī suga pirmo reizi karioloģiski konstatēta 1984. gadā Bauskas, Dobeles, Ludzas un Talsu apkaimē, vēlāk arī Rīgā.