Otrā pasaules kara laikā, 16.05.1944., Maskavā dibināja Latvijas PSR brīvprātīgās arodbiedrību fizkultūras un sporta biedrību “Daugava”. Jau 29.10.1944. Rīgā, īsi pēc tam, kad pilsētu ieņēma Sarkanā armija, tika sarīkota pirmā futbola spēle starp sporta biedrībām “Daugava” un “Dinamo” (5:1). 1946. gadā “Daugavas” futbola komanda spēlēja republikas čempionātā, bet PSRS meistarsacīkstēs par pirmo Latvijas PSR futbola komandu kļuva “Dinamo”. Tomēr 1948. gadā PSRS čempionātā Latvijai tika piešķirtas divas vietas, un kopā ar “Dinamo” PSRS meistarsacīkšu 2. grupā jeb pēc spēka otrajā līgā startēja arī sporta biedrības “Daugava” kolektīvs VEF. Pirms 1949. gada sezonas PSRS meistarsacīkstēs notika reorganizācija, iedalot vienu vietu augstākajā līgā arī Latvijas PSR. Republikas Fiziskās kultūras un sporta komiteja nolēma apvienot abas Rīgas komandas vienā, uzdodot “Dinamo” labākajiem spēlētājiem pāriet uz “Daugavu” (VEF). Sākot ar 1950. gadu, komandas nosaukums bija tikai “Daugava”.

PSRS čempionāta A klasē jeb augstākajā līgā “Daugava” noturējās četras sezonas (1949–1952). Šajā laikā, pēc preses ziņām, Rīgas “Daugavas” stadionā uz futbola spēlēm regulāri pulcējās 20 tūkstoši skatītāju. 1951. gadā PSRS čempionātā ieņemtā 11. vieta tā arī palika “Daugavas” augstākais sasniegums. Pēc 1952. gada sezonas “Daugava” izkrita no augstākās līgas, 14 komandu konkurencē finišējot 12. vietā, bet šī bija ļoti īpatnēja sezona, jo visu komandu spēles risinājās Maskavā, sacenšoties saīsinātā turnīra variantā – vienā aplī. Tas darīts tādēļ, ka PSRS sporta funkcionāriem šķita –  šāds formāts PSRS izlasei palīdzēs labāk sagatavoties Helsinku olimpiskajām spēlēm.

PSRS meistarsacīkšu augstākajā līgā “Daugava” atgriezās 1960. gadā, kad atkal šāda iespēja radās pēc čempionāta rekonstrukcijas, jo PSRS sporta vadība vēlējās, lai augstākajā līgā būtu pārstāvētas pēc iespējas vairāk padomju republiku. “Daugavas” atgriešanās izdevās pārliecinoša – Rīgas komanda divreiz pieveica tā gada PSRS čempionus Maskavas “Torpedo” (2:1 Maskavā un 1:0 Rīgā). Pēc pirmā posma “Daugavai” pietrūka divu punktu, lai iekļūtu finālsešiniekā. Rezultātā tā ieguva 12. vietu. Šoreiz “Daugava” augstākajā līgā noturējās trīs sezonas, neveiksmīgi nospēlējot 1962. gadā.

Vēl viens vērā ņemams panākums “Daugavai” izdevās 1967. gadā, kad komandai pietrūka tikai viena punkta, lai izcīnītu pirmo vietu A klases otrajā grupā un ceļazīmi uz augstāko līgu. Tiem laikiem neierasti, ka šajā sezonā komandu trenēja ārzemju speciālists – ungārs Reže Šomlai (Somlai Rezső). Pēc tam “Daugavai” sākās neveiksmju periods – 1972. gadā Rīgas komanda izkrita uz PSRS čempionāta otro līgu jeb pēc skaita trešo meistarsacīkšu līmeni, kur ar vienas sezonas izņēmumu (1976) spēlēja līdz pat 1982. gadam, kad “Daugava” atgriezās pirmajā līgā.

1985. gadā “Daugava” pārliecinoši uzvarēja PSRS čempionāta pirmajā līgā, taču tieši šī bija izņēmuma sezona, kad ar to nepietika, lai tiktu augstākajā līgā, jo ziemā vēl bija jāaizvada pārejas turnīrs Maskavā, kur “Daugava” nospēlēja neveiksmīgi. Arī 1986. gadā “Daugava” ilgu laiku bija PSRS pirmās līgas čempionāta līderpozīcijās, taču beigās noslīdēja uz trešo vietu, paliekot uzreiz aiz svītras. Šoreiz “Daugavai” līdz augstākajai līgai pietrūka viena punkta, ko atņēma cita padomju sporta sezonas īpatnība – neizšķirtu limits, kad punktus piešķīra tikai par 12 neizšķirtiem, tāpēc neizšķirti pēdējās divās sezonas spēlēs “Daugavai” bija kā zaudējums. 1987. gadā “Daugava” vēlreiz finišēja trešajā vietā, bet tad sākās lejupslīde – pēc 1989. gada sezonas “Daugava” pat izkrita no PSRS čempionāta pirmās līgas (jau pēc vienas sezonas atgriežoties šajā līmenī). Pirms 1991. gada pēdējā PSRS čempionāta komandu pārdēvēja par “Pārdaugavu”, bet tā palika pēdējā vietā pirmajā līgā.

“Daugava” regulāri piedalījās arī PSRS kausa izcīņā, kur četras reizes iekļuva ceturtdaļfinālā – 1951., 1953., 1962. un 1986. gadā. Atsevišķos gadījumos PSRS kausa spēles izraisīja milzīgu ažiotāžu Rīgā – piemēram, 13.09.1985. rīdzinieki astotdaļfinālā pārpildītu “Daugavas” stadiona tribīņu klātbūtnē (15 620 skatītāju) ar 2:1 pārspēja augstākās līgas pārstāvjus Viļņas “Žalgiris”. Kad 18.07.1987. Rīgā viesojās Maskavas “Spartak”, spēles rīkotāji saņēma 30 tūkstošus biļešu pieteikumu – šoreiz notika divas spēles savā un pretinieka laukumā, bet Maskavā “Daugava” zaudēja tikai ar 0:1, saglabājot izredzes pirms atbildes mača (otrās spēles rezultāts – 1:2).

Pēc neatkarības atjaunošanas Latvijas virslīgas čempionātā vēl vairākkārt uz īsu brīdi parādījās Rīgas futbola klubi ar nosaukumu “Daugava”, taču tiem nebija nekā kopīga ar PSRS laika meistarkomandu.  

Latvijas PSR galvenajā futbola komandā “Daugava” parasti tika pulcēti visi labākie republikas futbolisti. Lielākoties tie bija rīdzinieki, bet, piemēram, viens no visu laiku spilgtākajiem komandas spēlētājiem Aleksandrs Starkovs bija no Madonas. Tikai nedaudzi Latvijas futbolisti no “Daugavas” devās turpināt karjeru uz citām augstāka līmeņa PSRS komandām, parasti tur aizvadot tikai atsevišķas sezonas. Izņēmums bija rīdzinieks Leonīds Ostrovskis, kurš 1956. gadā no “Daugavas” pārcēlās uz Maskavas “Torpedo”, vēlāk – Kijivas “Dinamo”, bet PSRS izlases rindās spēlēja 1966. gada Pasaules kausa finālturnīrā.

Rīgas “Daugava” aktīvi pieaicināja viesspēlētājus no citām padomju republikām. Daudzi no viņiem ne ar ko īpašu neizcēlās, bet gadījās arī ļoti spilgti spēlētāji – piemēram, 1960. gadā “Daugavā” labu sezonu aizvadīja lietuviešu vārtsargs Vlads Tučkus (Vladas Tučkus), kurš iepriekš bija kļuvis par PSRS čempionu Maskavas “Spartak” sastāvā. Viens no visu laiku izcilākajiem “Daugavas” uzbrucējiem Georgijs Smirnovs 21 gada vecumā ieradās Latvijā no Ļeņingradas, aizvadot Rīgā visu futbolista karjeru. 

Pirmais nopietnākais viesspēlētāju pieplūdums “Daugavā” notika jau 1960. gadā, kad komanda otro reizi ieguva iespēju spēlēt PSRS augstākajā līgā un puse pamatsastāva spēlētāju bija piesaistīti no citām PSRS republikām. Pāris nākamajās sezonās šie procesi turpinājās, bet pēc “Daugavas” izkrišanas no augstākās līgas atkal vairāk bija vietējo spēlētāju. 80. gadu vidū komandas nozīmīgākie spēlētāji bija Latvijas futbola audzēkņi (A. Starkovs, Genādijs Šitiks, Jevgeņijs Miļevskis), bet būtiska loma bija arī vairākiem spēlētājiem, kas pieaicināti no citām PSRS republikām: Aleksandram Kulakovam, Jurijam Popkovam, Aleksandram Kaniščevam. 

Daži no pieaicinātajiem futbolistiem jau pēc valstiskās neatkarības atjaunošanas kļuva par Latvijas valstsvienības spēlētājiem – Jurijs Ševļakovs no Maskavas un Oļegs Karavajevs no Kirgīzijas PSR vairākus gadus ļoti veiksmīgi spēlēja Latvijas valstsvienībā.

PSRS okupācijas laikā Latvijas PSR futbola komandām nebija iespēja piedalīties oficiālajās starptautiskās sacensībās, taču Rīgas “Daugava” aizvadīja vairāk nekā 100 draudzības spēļu ar divdesmit citu valstu vienībām. Ievērojamākā PSRS laika starptautiskā futbola spēle Rīgā norisinājās 1961. gadā, kad “Daugava” uzņēma Brazīlijas klubu “Gremio” no Portualegri (1:3). Daudz biežāk “Daugava” aizvadīja draudzības spēles ar citu sociālistisko valstu komandām, piemēram, Bulgārijas, Polijas, Vācijas Demokrātiskās Republikas u. c. Padomju laika pēdējā desmitgadē “Daugava” regulāri devās turnejās uz Āfrikas un Āzijas valstīm, aizvadot vairākas spēles ar vietējām komandām – Tanzānijā (1981), Birmā (1983, mūsdienās Mjanma), Sjerraleonē (1984), Gabonā (1986) un Laosā (1987).

Visilgāk “Daugavā” spēlēja uzbrucējs A. Starkovs, aizvadot komandā 15 sezonas (1975–1989). Viņš ir arī visu laiku rezultatīvākais komandas spēlētājs, PSRS čempionātos gūstot 189 vārtus. Otrais “Daugavā” gan aizvadīto sezonu skaita ziņā, gan arī visu laiku komandas rezultatīvāko sarakstā ir uzbrucējs G. Smirnovs – 14 sezonas (1957–1969 un 1971); 115 vārti PSRS čempionātos. 1960. gadā pēc sezonas viņš tika iekļauts PSRS čempionāta 33 labāko futbolistu sarakstā (pa trim spēlētājiem katrā pozīcijā). Šajā sezonā, 31.05.1960., G. Smirnovs Maskavā 80 tūkstošu skatītāju klātbūtnē divreiz raidīja bumbu vietējā “Dinamo” vārtos (2:2), ko sargāja Ļevs Jašins (Лев Иванович Яшин), kuru joprojām uzskata par vienu no visu laiku labākajiem pasaules vārtsargiem.

Trešais rezultatīvākais “Daugavas” spēlētājs PSRS čempionātos ir uzbrucējs J. Miļevskis (108 vārti, 1981–1988), nedaudz apsteidzot pussargu G. Šitiku (104). Pēc komandā aizvadīto sezonu skaita trešais ir uzbrucējs Gunārs Ulmanis (13; 1957–1969), 12 sezonas “Daugavā” spēlēja vārtsargs Aleksandrs Kulakovs (1977–1987; 1989) un pussargs G. Šitiks (1978–1989; 1991), bet pa 11 sezonām – pussargs Ilmārs Liepiņš (1969–1979), aizsargi Vilnis Straume (1956–1966) un Reinis Zālītis (1964–1973; 1975). Ilggadējais “Daugavas” pussargs Oļegs Aleksejenko (ar pārtraukumiem 10 sezonas; 1979–1991) kļuva par pirmo atjaunotās Latvijas valstsvienības kapteini.

“Daugavas” pirmsākumu ievērojamākais spēlētājs bija uzbrucējs Alfons Jēgers, kurš pirmais un arī vienīgais no “Daugavas” futbolistiem pēc 1950. gada sezonas saņēma PSRS Nopelniem bagātā sporta meistara nosaukumu.

Pēdējie “Daugavas” panākumi saistījās ar galveno treneri Jāni Skredeli (1981–1988), kurš veiksmīgi strādāja kopa ar asistentu Georgu Gusarenko. Kad “Daugava” spēlēja PSRS čempionāta augstākajā līgā, komandu vadīja no Krievijas pieaicinātie galvenie treneri.

Jau 1947. gadā nodibināja “Daugavas” Bērnu sporta skolu, kur pēc diviem gadiem arī izveidoja futbola nodaļu, kas vēlāk tika saukta par “Daugavas” meistarkomandas sagatavošanas grupu. “Daugavas” sporta skola darbojās līdz pat 1990. gadam. Tur dažādos gados par treneriem strādāja vairāki atzīti Latvijas futbola speciālisti: Vadims Ulbergs, Maksis Levitanuss, Oļģerts Birzgalis, Jurijs Andrejevs. “Daugavas” sporta skolā futbola pamatus apguva daudzi augstas klases spēlētāji – PSRS izlases dalībnieks L. Ostrovskis, ilggadējie meistarkomandas līderi G. Ulmanis, R. Zālītis, atjaunotās Latvijas izlases ilggadējie spēlētāji Vitālijs Astafjevs, Imants Bleidelis, Aleksandrs Koliņko, Marians Pahars, Andrejs Štolcers.  

Savos veiksmīgākajos gados “Daugava” izpelnījās lielu popularitāti, īpaši tad, kad spēlēja PSRS čempionāta augstākajā līgā, tāpat arī 1967. gadā, kad pietrūka pavisam nedaudz, lai uzvarētu pirmajā līgā. 1967. gadā leģendām apvīta ir spēle ar Krasnodaras “Kubaņ” sezonas izskaņā, pēc kuras skatītāji pārpildītajā “Daugavas” stadionā dedzināja avīzes un sarīkoja improvizētu gājienu pa Tallinas ielu, skandējot tolaik divdomīgo saukli “Lai dzīvo Ulmanis un viņa aizsargi!”. 80. gadu vidū “Daugavai” izveidojās krāsains fanu sektors ar paštaisītiem karogiem. Padomju laikos vēl nebija ierasta viesu komandu līdzjutēju braukāšana uz izbraukuma spēlēm, tāpēc šajā ziņā 80. gados īpašas bija spēles Rīgā ar Viļņas “Žalgiri”, Maskavas “CSKA” un “Spartak”, ko pavadīja viesu līdzjutēju grupas.

1987. gadā latviešu grupa “Eolika” laida klajā Borisa Rezņika un Daiņa Dobelnieka radīto dziesmu “Daugava”, kas veltīta futbola komandai.