Jānis Kleperis Latvijā ieņēma vadošus amatus Jātnieku pulkā un Kara skolas Jātnieku nodaļā, tieši piedaloties arī jātnieku dienesta normu noregulēšanā. Viens no pirmajiem Latvijā augstāko militāro izglītību ieguvušajiem virsniekiem, tālāko dienesta karjeru sekmīgi veidoja Armijas komandiera štābā, Armijas štābā, Kara ministrijas Padomē, kā arī kājnieku divīziju štābos, to noslēdzot ar divīzijas štāba priekšnieka amatu.

Dzimis lauku galdnieka Pētera un Mares, dzimušas Teteres, ģimenē. Kristīts Raunas evaņģēliski luteriskajā draudzē. Dokumentos Latvijā nepamatoti kā dzimšanas datums uzrādīts 27.03.1893. (mainīts gads, no vecā stila nepārrēķināts datums). Nokārtoja savvaļnieka pārbaudījumu Polockas kadetu korpusā (Полоцкий кадетский корпус). 14.09.1912.–12.1913. mācījās Irkutskas karaskolā (Иркутское военное училище), bet nebeidza. 01.1915. kā eksternis nokārtoja gala pārbaudījumu Orānienbaumas kājnieku praporščiku sagatavošanas skolā (Ораниенбаумская школа подготовки прапорщиков пехоты). 15.10.1923. kā eksternis ar I šķiru beidza Latvijas armijas virsnieku kursus. 05.11.1924.–08.11.1926. mācījās un ar I šķiru beidza Virsnieku akadēmiskos kursus.

03.1921. precējies ar Elzu Kreišmani.

27.05.1910. kā savvaļnieks iestājās obligātajā karadienestā Krievijas armijā, 16. huzāru Irkutskas pulkā Daugavgrīvas cietoksnī. 21.08.1910. pārvietots uz 29. Sibīrijas strēlnieku pulku Ačinskā, Irkutskas kara apgabalā. Mācību laikā Irkutskas karaskolā saslima ar tuberkulozi. 16.10.1913. ievietots slimnīcā, 29.12.1913. ārstu komisija atbrīvoja no karadienesta, nosūtot ārstēties uz Kaukāza reģionu. Sākoties Pirmajam pasaules karam, 22.08.1914. brīvprātīgi iestājās armijā 206. kājnieku Saļānu pulkā Baku, tajā pašā dienā tā sastāvā devās uz fronti Polijā, ieradās Ļubļinā. 05.09.–01.10.1914. piedalījās kaujās ar Austroungārijas armiju Galīcijā. 10.1914. komandēts uz 1. kājnieku rezerves bataljonu Petrogradā. Pēc pārbaudījuma nokārtošanas praporščiku sagatavošanas skolā no 23.01.1915. virsnieks (praporščiks) 83. kājnieku rezerves bataljonā Vladimirā. 11.02.1915. pārvietots uz 50. Sibīrijas strēlnieku pulku frontē Polijā, ieradās 17.03., izlūku komandas priekšnieks kaujās pie Varšavas, no 22.04.1915. – rotas komandieris kaujās pie Sanas upes. 15.08.1915. kaujās Ziemeļu frontē pie Bauskas ievainots un evakuēts ārstēšanai uz aizmuguri. 14.11.1915. pēc izveseļošanās atgriezās pulkā, izlūku komandas priekšnieks kaujās pie Rīgas. 29.05.–15.07.1916. piekomandēts 13. Sibīrijas strēlnieku divīzijas atsevišķajam jātnieku simtam turpat frontē Rīgas iecirknī. 19.07. kaujās ievainots un kontuzēts, līdz 24.08.1916. ārstējās divīzijas lazaretē, pēc tam atgriezās pulkā, bet 18.09. kaujās Galīcijā atkal smagi ievainots (ar šrapneli galvā) un kontuzēts, vēlreiz evakuēts ārstēšanai uz aizmuguri, četras nedēļas pavadīja bezsamaņā. Podporučiks (11.12.1916.). 25.01.1917. no lazaretes komandēts uz Latviešu strēlnieku rezerves pulku Vidzemē, iecelts par 5. rotas komandieri. No 02.02.1917. bija 2. Rīgas latviešu strēlnieku pulka 1. rotas komandieris frontē. Poručiks (18.03.1917.). 16.09.1917. slimības dēļ atcelts no rotas komandiera amata. 28.09.1917. pēc paša vēlēšanās pārvietots uz 17. kavalērijas divīzijas 1. Omskas “nāvinieku” nodaļu, nodaļas priekšnieka vietnieks, vienība līdz 28.09.1917. atradās frontē Vidzemē, no 20.10. piedalījās Igaunijas salu un Pērnavas aizstāvēšanas kaujās Vācijas armijas desanta operāciju laikā. 19.12.1917. piešķirts divu mēnešu atvaļinājums, devās uz Vladivostoku. 28.01.1918. Harbinā iestājās atamana Grigorija Semjonova (Григорий Михайлович Семёнов) bruņoto vienību jātnieku jēgeru pulkā, jaunākais virsnieks. Piedalījās kaujās ar sarkangvardu vienībām, Sarkano armiju Tālajos Austrumos.

29.11.1918. Vladivostokā brīvprātīgi iestājās latviešu Imantas pulkā (virsleitnants). No 11.12.1918. bija 1. rotas vada komandieris. No 16.03.1919. – 2. rotas komandieris, no 13.06. – 2. bataljona komandieris. 08.09. sakarā ar pulka štata izmaiņām (nav apstiprināta pāreja uz trim bataljoniem) atcelts no bataljona komandiera amata, 01.10. pārvietots uz 4. rotu, pēc konflikta ar pulka komandieri Jāni Ozolu 25.11. izslēgts no pulka bez tiesībām iestāties latviešu vienībās Sibīrijā. Pēc Latvijas valdības pārstāvja Sibīrijā un Tālajos Austrumos Jāņa Mazpoļa iejaukšanās (17.02.1920. raksts) 25.02.1920. atkal ieskaitīts pulkā. 23.03.1920. pulka sastāvā no Vladivostokas izbrauca uz Latviju, 06.1920. britu tvaikonī “Dania” atgriezās Latvijā. 03.07.1920. komandēts Vidzemes divīzijas štāba rīcībā, no 07.07. vada komandieris 2. Vidzemes atsevišķajā jātnieku eskadronā. 13.10.1920. iecelts par jaunāko virsnieku Kara skolas Jātnieku nodaļā. No 01.10.1921. grupas vadītājs. Kapteinis (17.11.1922.). 14.12.1923. pārcelts uz Jātnieku pulku Daugavpilī, 3. eskadrona komandieris. Pēc akadēmisko kursu beigšanas no 15.11.1926. Latgales divīzijas štāba Operatīvās nodaļas adjutanta vietas izpildītājs (skaitoties Jātnieku pulka sarakstos). 1927. gadā Virsnieku Akadēmiskie kursi izdeva J. Klepera no krievu valodas tulkoto Rīgā dzīvojošā krievu ģenerālmajora, rakstnieka un žurnālista Jurija Gaļiča (Юрий Иванович Галич (Гончаренко)) grāmatu “Zirgs”. 28.12.1927. pārvietots uz Armijas komandiera štābu, Operatīvās daļas 1. nodaļas priekšnieka palīgs. No 19.09.1929. Kara ministrijas Padomes sekretārs. Pulkvedis-leitnants (11.11.1929.). 01.–14.07.1929. dienesta komandējumā Polijā. No 06.06.1930. Armijas štāba Operatīvās daļas Informācijas nodaļas ārējās informācijas pārzinis, 12.–19.10.1930. dienesta komandējumā Somijā. 1931. gadā apstiprināts par kandidātu uz laikraksta “Latvijas Kareivis” redaktora amatu. 28.07.1931. iecelts par Jātnieku pulka 2. diviziona komandieri, 02.10.1933. – par pulka saimniecības priekšnieku. No 05.04.1934. Virsnieku kursu grupas vadītājs. 27.08.1934. iecelts par Zemgales divīzijas štāba priekšnieku Daugavpilī (pienākumus uzņēmās 09.10.1934.) un paaugstināts par pulkvedi. 17.09.1935. atvaļināts slimības dēļ (smaga neiroze) ar tiesībām valkāt karavīra ietērpu. Dzīvoja Rīgā. Miris ar sirdstrieku Rīgas Kara slimnīcā. Apbedīts ar militāru godu.

Par kaujas nopelniem Krievijas armijā Pirmā pasaules kara laikā J. Kleperis apbalvots ar Svētā Jura krustu (III, IV šķira), Svētā Staņislava ordeni (II, III šķira, abi ar šķēpiem), Svētās Annas ordeni (II, III šķira, abi ar šķēpiem, IV šķira, ar uzrakstu “Par drošsirdību”); par nopelniem Latvijas armijas dienestā apbalvots ar Triju Zvaigžņu ordeni (III, V šķira), Aizsargu Nopelnu krustu, Igaunijas Ērgļa ordeni (IV šķira), Zviedrijas Šķēpa ordeni (IV šķira), Lietuvas neatkarības 10 gadu jubilejas piemiņas medaļu.

10.09.1936. Meža kapos apbedījuma vietā atklāts tēlnieka Nikolaja Maulica darināts piemineklis.