Ūdens sastāvu un vielu apriti ezerā nosaka tā specifiskā hidroloģija – sezonāla applūšana un tai sekojoša izolācija, kā arī vielu notece no sateces baseina un atbrīvošanās no ezera nogulumiem ziemā, anaeorbos apstākļos.
Ūdens sastāva vidējie rādītāji vasaras mēnešos (jūnijs–augusts): caurredzamība – 1,1 m (līdz dibenam); pH – 7,7; mineralizācija – 0,3 g/l; izšķīdušais skābeklis – 2,3 mg/l; redokspoenciāls – 494 mV; duļķainība – 2,2 NTU; kopējais N – 1,1 mg/l; NO3 – 0,1 mg/l; kopējais P – 0,1 mg/l; PO4 – 0,08 mg/l. Pateicoties Daugavas palu ūdeņu ieplūšanai caur Dvietes upes izteku ezera austrumu galā, pavasara palu kulminācijas brīdī ezera ūdens sastāvs kļūst līdzīgs Daugavas ūdens sastāvam – tas kļūst duļķains, vāji mineralizēts un ar skābekli bagāts.
Vasarā ezers atrodas t. s. dzidrūdens stadijā, kurā barības vielu apriti kontrolē ūdensaugu veģetācija. Ezerdobes lielāko daļu (~80 %) vasarā sedz parastās niedres (Phragmites australis) un slaidā grīšļa (Carex acuta) audzes. Nelielās lāmās ezerdobes austrumu daļā dominē iegremdētie ūdensaugi: Kanādas elodeja (Elodea canadensis), parastais elsis (Stratiotes aloides), dzeltenā lēpe (Nuphar lutea) un ezera meldri (Scirpus lacustris). 2007. gada vasarā ezerā konstatētas kopumā 30 ūdensaugu sugas, tai skaitā vairākas retas un aizsargājamas: smailā nitella (Nitella mucronata), pušķu kamolīte (Tolypella prolifera), smaillapu glīvene (Potamogeton acutifolius), matveida glīvene (Potamogeton trichoides) un sakņojošais meldrs (Scirpus radicans).
Ezera fitoplanktona un zooplanktona cenozes mainās gan sezonāli, gan reaģējot uz ūdens līmeņa izmaiņām: pavasarī ezerā dominē kramaļģes, zilaļģes un zaļaļģes, vasarā – purvainām vietām raksturīgās eiglēnaļģes, kriptofītaļģes un hloromonādaļģes. Zooplanktona sastāvā visu gadu dominē virpotāji (Synchaeta oblonga, Polyarthra sp. un citi).
No zivīm ezerā atrodams asaris (Perca fluviatilis), līdaka (Esox lucius), karpa (Cyprinus carpio), līnis (Tinca tinca), rauda (Rutilus rutilus) un vēdzele (Lota lota). Organisko atlieku pūšanas dēļ ezera ūdeņi gan ziemas, gan vasaras mazūdens periodā ir ar skābekli ļoti nabadzīgi un nav piemēroti zivju eksistencei.
Pavasarī Skuķu ezers un tā apkārtne kalpo kā Daugavas zivju nārsta vieta un migrējošo ūdensputnu pulcēšanās vieta, vasarā – kā ligzdošanas vai barošanās vieta dažādām retām un aizsargājamām putnu sugām: melnajam zīriņam (Sterna albifrons), upes zīriņam (Sterna hirundo), niedru lijai (Circus aeruginosus), pļavu lijai (Circus pygargus), mazajam ērglim (Aquila pomarina) un citiem.
