Ierīces raksturojums un darbības principi Mikroskops ir instruments smalku detaļu aplūkošanai pētāmā objektā, un tas veic vairākas funkcijas: nodrošina objekta palielināta attēla veidošanos (raksturlielums – palielinājums), telpiski atdala detaļas attēlā (raksturlielums – izšķirtspēja) un padara detaļas atšķiramas cilvēka redzei vai sensoram (raksturlielums – kontrasts). Optiskā mikroskopa galvenais elements ir lēca – caurspīdīgs ķermenis ar liektām virsmām gaismas staru gaitas izmainīšanai. Lēcu darbības pamatā ir gaismas staru laušanas parādība, tiem pārejot starp vidēm ar atšķirīgiem gaismas izplatīšanās ātrumiem. Gaismas staru fokusēšanai mikroskopos izmanto savācējlēcas (tās sauc arī par izliektām vai pozitīvām lēcām), kas paralēlu staru kūli sakopo vienā punktā – lēcas fokusā.
Vienkāršos mikroskopos tiek izmantota viena savācējlēca ar īsu fokusa attālumu. Ja starp savācējlēcu un tās fokusu novieto priekšmetu, tad lēcas tajā pašā pusē izveidojas šķietams, tiešs un palielināts priekšmeta attēls. Šķietamo attēlu nevar projicēt uz ekrāna, taču tas ir detektējams ar aci, kameru vai citu optisko sensoru.
Salikta tipa mikroskops vienkāršākajā realizācijas variantā sastāv no divām virknē izkārtotām savācējlēcām. Lēcu, kas atrodas tuvāk paraugam, sauc par objektīvu. Objektīvs projicē apgrieztu reālu un palielinātu attēlu mikroskopa cilindriskajā tubusā. Lēcu, pa kuru skatās novērotājs, sauc par okulāru. Tā uzdevums ir nodrošināt papildu palielinājumu objektīvā projicētajam attēlam. Tādējādi divpakāpju palielināšanas rezultātā tiek iegūts šķietams un apgriezts sākotnējā priekšmeta attēls.
Mikroskopa sastāvdaļas var iedalīt optiskajās un mehāniskajās komponentēs. Svarīgākās optiskās komponentes ir objektīvs, okulārs un kondensors. Objektīva pamatfunkcija ir savākt gaismu, kas nāk no parauga, un projicēt tā attēlu mikroskopa tubusā. Objektīvs ir galvenā mikroskopa komponente, kas nosaka tā veiktspēju, tādēļ to nereti veido sarežģīta daudzu lēcu sistēma. Tās uzdevums ir novērst tādus optiskus defektus kā, piemēram, hromatiskas un sfēriskas aberācijas. Pieaugošas sarežģītības secībā sīkāk iedala ahromatiskus (achromatic), fluorīda (fluorite) un apohromatiskus (apochromatic) objektīvus. Objektīvus var klasificēt arī sausā tipa un imersijas objektīvos. Pirmajā gadījumā starp objektīvu un segstikliņu atrodas gaiss, bet otrajā – vide ar lielāku gaismas laušanas koeficientu. Svarīgākie objektīvu raksturlielumi ir palielinājums un skaitliskā apertūra (numerical aperture, NA). Objektīva palielinājums ir skaitlisks lielums, kas raksturo, cik reižu objektīva projicētais attēls ir palielināts attiecībā pret priekšmetu. Kopējo mikroskopa palielinājumu nosaka, sareizinot objektīva un okulāra norādītās palielinājumu vērtības. Skaitliskā apertūra ir bezdimensionāls lielums, kas raksturo optiskas sistēmas spēju savākt gaismu un nosaka tās izšķirtspēju d.

Releja kritērijs.
Mikroskopa izšķirtspēja raksturo mazāko attālumu, kādā var izšķirt divus punktus. Izteiksmē parādās fundamentāls ierobežojums maksimālajai izšķirtspējai, ko var sasniegt optiska sistēma gaismas viļņējādās dabas dēļ. Ņemot vērā, ka redzamās gaismas viļņa garums ir 400‒700 nm robežās, bet tipiskas skaitliskās apertūras vērtības ir ap 1, augstākā izšķirtspēja, ko var nodrošināt standarta gaismas mikroskops, ir aptuveni 200 nm.
Labas kvalitātes attēla iegūšanai ir nepieciešams spožs un vienmērīgs parauga apgaismojums. Vienkāršākajos mikroskopos par gaismas avotu var kalpot dabīgā gaisma, kamēr modernos mikroskopos tiek izmantotas mikroskopā iebūvētas apgaismošanas ierīces. Zem pētāmā objekta atrodas kondensors – lēcu sistēma, kas savāc starojumu no gaismas avota un vienmērīgi koncentrē parauga plaknē. Visas mikroskopa optiskās, elektriskās un mehāniskās komponentes tiek izvietotas stabilā statīva konstrukcijā. Pētāmais paraugs jānovieto uz priekšmetgaldiņa, kura pozīciju var kontrolēt ar fokusēšanas mehānisma skrūvēm. Statīva augšdaļā ir pievienots tubuss – cilindriska caurule, kas atdala objektīva un okulāra lēcu sistēmas, nodrošinot nemainīgu attālumu starp tām. Optiskie mikroskopi var būt aprīkoti ar mehānisku revolverierīci ātrai objektīvu nomaiņai mikroskopēšanas laikā. Digitālos mikroskopos svarīga komponente ir gaismas detektori, piemēram, lādiņa saites matricas (charge coupled device, CCD) vai komplementārie metālu oksīdu pusvadītāju (complementary metal-oxide semiconductor, CMOS) sensori.
Viens no problēmjautājumiem mikroskopijas pētījumos ir strukturālu nianšu atšķiršana caurspīdīgos paraugos, kuros krītošās gaismas izkliedes un absorbcijas efekti ir nelieli. Optiskā kontrasta palielināšanai mikroskopos var izmantot to, ka gaismas vilni raksturo ne tikai amplitūda, bet arī polarizācija vai fāze. Polarizētās gaismas mikroskopi tiek papildus modificēti ar filtriem, kas laiž cauri lineāri polarizētu gaismu (polarizatoriem un analizatoriem), kamēr fāžu kontrasta mikroskopos paraugā radītās nelielās fāžu nobīdes ar dažādiem elementiem tiek pārveidotas gaismas intensitāšu variācijās. Mūsdienās pētniecībā plaši izmanto fluorescences mikroskopus, kuru darbības pamatā ir parauga fotoluminiscence ultravioletā starojuma iedarbībā. Šādos mikroskopos papildus nepieciešami monohromatiski un augstas intensitātes ierosinošā starojuma avoti (ksenona vai dzīvsudraba tvaiku lampas, lāzeri), kā arī dihroiski spoguļi un filtri dažādu viļņa garumu starojumu atdalīšanai. Fluorescenci var mērīt no visa parauga vienlaicīgi vai arī ar speciālu diafragmu palīdzību veikt pakāpenisku parauga skenēšanu. Otrā pieeja ir konfokālo gaismas mikroskopu darbības pamatā, kas ļauj veikt parauga mikroskopēšanu trijās dimensijās.

Optiskā mikroskopa realizācijas variantu shematiski attēlojumi: a) R. Huka izmantotais saliktā tipa mikroskops; b) A. Lēvenhuka vienkāršais mikroskops; c) fluorescences mikroskops; d) konfokālais mikroskops.