Dzimis saimnieka Aleksandra Franča ģimenē. Beidzis Valmieras pilsētas skolu, no 09. 1896. mācījies un 08.1898. ar II šķiru beidzis Viļņas kājnieku junkurskolu (Виленское военное училище).

1917. gadā apprecējies ar Annu Švēdi.

12.1894. kā savvaļnieks iestājās karadienestā, 113. kājnieku pulkā Rīgā. No 01.1896. jaunākais, no 07.1896. vecākais unteroficieris. Mācību laikā junkurskolā no 09.1897. bija junkuru nodaļas komandieris. Pēc junkurskolas beigšanas no 08.1898. ‒ podpraporščiks 177. kājnieku pulkā Rīgā, no 09.1898. ‒ 180. kājnieku pulkā Jelgavā, jaunākais virsnieks. Vēlāk kļuva par podporučiku (02.1899.), poručiku (04.1903.), štābkapteini (10.1907.), kapteini (01.1914.), apakšpulkvedi (02.1915., par kaujas nopelniem), pulkvedi (07.1916.). Krievijas–Japānas kara laikā 11.1904. pārcelts uz 160. kājnieku pulku, piedalījies kaujās (no 05.1905. jātnieku izlūku komandas priekšnieks). 04.1906 pārcelts atpakaļ uz 180. kājnieku pulku, devies turp no Tālajiem Austrumiem kā ešelona priekšnieka palīgs. Daudzkārt rotas komandiera, komandas priekšnieka vietas izpildītājs, no 12.1912. ‒ rotas komandieris. Beidzis virsnieku strēlniecības kursus. Sākoties Pirmajam pasaules karam, no 08.1914. piedalījās kaujās ar Vācijas armiju Polijā, pēc tam ar Austroungārijas armiju Galīcijā. 28.08.1914. kontuzēts ar lādiņa šrapneli jostas vietā, palika ierindā, 17.09.1914. kontuzēts ar lādiņa sprādzienu atslēgas kaula rajonā, palika ierindā. No 10.1914. ‒ bataljona komandiera vietas izpildītājs. 02.‒05.1915. bija 45. kājnieku divīzijas mācību komandu pārzinis, 05.1915. pārcelts uz 177. kājnieku pulku, 27.08.1915. komandēts uz Daugavgrīvas cietoksni, 11.09.1915. iecelts par 2. Rīgas latviešu strēlnieku bataljona komandiera vietas izpildītāju (23.02.1916. apstiprināts amatā). 28.06.1916. kaujā pie Ikšķiles kontuzēts galvā un ievainots pēdā (sadragāts kauls, kā dēļ visu atlikušo mūžu kliboja), evakuēts ārstēšanai uz aizmuguri. 29.09.1916 iedalīts Petrogradas kara apgabala štāba virsnieku rezervē, 16.12.1916. iecelts par Latviešu strēlnieku rezerves pulka komandieri (uzņēmās amata pienākumus Valmierā 16.02.1917.). 24.02.1918. pēc vācu karaspēka ienākšanas Vidzemē pulks pilnībā izformēts. J. Francis devās uz Padomju Krieviju, dzīvoja Maskavā. 13.09.1918. mobilizēts Sarkanajā armijā, rotas komandieris Instruktoru bataljonā. 02.09.1920. atvaļināts kā Latvijas pilsonis, atgriezās Latvijā.

No 03.02.1921. dienējis Latvijas armijā (pulkvedis). 01.04.1921. iecelts par Galvenā štāba priekšnieka otro palīgu. No 07.1921. ‒ arī Latviešu strēlnieku vēsturisko kauju vietu apzīmēšanas komisijas vadītājs. 01.01.1922.–11.03.1924 arī Rīgas garnizona priekšnieka vietas izpildītājs. 22.06.1925. kļuvis par ģenerāli. Daudzkārt īslaicīgi bijis karaspēka inspektora un Galvenā štāba priekšnieka vietas izpildītājs. No 25.04.1928. ‒ Galvenā štāba priekšnieka vietas izpildītājs (23.11.1928. apstiprināts amatā), no 10.09.1929. ‒ jaunizveidotā Armijas štāba priekšnieka otrais palīgs. No 31.05. ‒ arī Armijas virsnieku kluba pārraugs, no 20.12.1934. ‒ arī kara ministra pārstāvis Kara invalīdu palīdzības fonda domē. 11.07.1935. atvaļināts, jo bija sasniedzis maksimālo vecumu. Dzīvoja Rīgā un Saulkrastos.

Vācu okupācijas laikā 17.03.1944. parakstīja Latvijas Centrālās padomes memorandu Latviešu leģiona ģenerālinspektoram par prasību par Latvijas neatkarības atjaunošanu.

J. Francis Pirmā pasaules kara laikā kļuva pazīstams kā viens no ilgstošāk amatā bijušajiem latviešu strēlnieku pulku komandieriem. Latvijas armijā līdz savai atvaļināšanai ieņēma vadošus amatus Galvenajā štāba, pēc tam Armijas štāba struktūrās, tieši piedaloties arī militārās likumdošanas izstrādē sadarbībā ar Saeimas Kara lietu komisiju. Viens no nozīmīgākajiem vecās paaudzes Latvijas armijas ģenerāļiem – bijušajiem latviešu strēlnieku pulku komandieriem. Nebija augstākās militārās izglītības, tomēr vairākos karos gūtā kaujas pieredze ļāva pienākumus veikt samērā labā līmenī un piešķirtā finansējuma robežās. J. Francis prasmīgi pārstāvēja Latvijas armijas vadību arī sadarbībā ar ārvalstīm.

J. Francis par kaujas nopelniem Krievijas armijā karā ar Japānu un Pirmā pasaules kara laikā apbalvots ar Krievijas Svētā Vladimira ordeni (III šķira, IV šķira, abi ar šķēpiem), Svētā Staņislava ordeni (II šķira, III šķira, abi ar šķēpiem), Svētās Annas ordeni (III šķira, ar šķēpiem, IV šķira), Sarkanā Krusta goda zīmi. Par latviešu strēlnieku kaujās demonstrēto varonību apbalvots ar Lāčplēša Kara ordeni (III šķira), par dienesta sasniegumiem Latvijas armijā – ar Triju zvaigžņu ordeni (II šķira, III šķira), Aizsargu Nopelnu krustu, Beļģijas Leopolda II ordeni (II šķira), Igaunijas Ērgļa ordeni (II šķira), Zviedrijas Šķēpa ordeni (II šķira).