Augstskola dibināta kā Nacionālās aizsardzības akadēmija, bet saskaņā ar Latvijas Republikas (LR) Ministru kabineta lēmumu 30.06.1998. tā pārdēvēta par Latvijas Nacionālo aizsardzības akadēmiju (NAA).

NAA darbības pamatmērķi un uzdevumi definēti akadēmijas satversmē. NAA pirmā satversme stājās spēkā 30.06.1998., otrā – 08.01.2003., bet trešā – 24.09.2015. NAA darbības galvenais mērķis ir sagatavot Nacionālajiem bruņotajiem spēkiem (NBS) profesionālus virsniekus un militāro inteliģenci – līderus ar augstu morāli, goda un pienākuma apziņu, kuri spēj sekmīgi vadīt savus padotos un uzņemties atbildību par uzdevumu izpildi. NAA satversme nosaka, ka akadēmijas pamatvirzieni ir virsnieku sagatavošana dienestam NBS, īstenojot studiju programmas, attīstot zinātnisko pētniecību, kas nepieciešama valsts aizsardzības pilnveidošanai un NAA darbības nodrošināšanai, un mūžizglītības nodrošināšana valsts aizsardzības sistēmas darbinieku kvalifikācijas paaugstināšanai un pārkvalifikācijai.

NAA kā militāras augstskolas mērķu un attīstības programmu definēšanā tiek ņemti vērā NBS attīstības plānošanas dokumenti.

Pēc Latvijas neatkarības atjaunošanas viens no prioritārajiem uzdevumiem bija valsts aizsardzības organizēšana un bruņoto spēku centralizēta veidošana. Atšķirībā no iekšlietu sistēmas, ko reorganizēja atbilstoši neatkarīgas un demokrātiskas Latvijas valsts vajadzībām, aizsardzības sistēma bija jārada no jauna, jo padomju okupācijas periodā Latvijas Padomju Sociālistiskajā Republikā (LPSR) nepastāvēja savi militārie formējumi. Sākot plānveidīgu Latvijas NBS veidošanu, neatņemama sastāvdaļa bija kvalitatīvas militārās izglītības nodrošināšana. LR Ministru padome 13.02.1992. pieņēma lēmumu par LR NAA dibināšanu, bet 18.02.1992. izveidoja virsnieku grupu desmit cilvēku sastāvā, kuras uzdevums bija NAA organizatoriskās struktūras izveidošana un mācību programmas sastādīšana. Virsnieku grupu vadīja pulkvedis Valdis Matīss. NAA svinīgā atklāšana noritēja 06.04.1992. Mālpils lauksaimniecības tehnikumā, kur sākotnēji bija izvietota jaunā akadēmija. 09.1992. NAA ieguva jaunas telpas Rīgā, Ezermalas ielā, kur iepriekš atradās S. Birjuzova Rīgas Augstākā politiskā karaskola (Рижское высшее военно-политическое Краснознамённое училище имени Маршала Советского Союза С. С. Бирюзова).

NAA turpmākajā darbībā tika īstenots darbs pie 1) NAA infrastruktūras sakārtošanas – kadetu kopmītņu, ēdnīcas, mācību korpusa remonta, šautuves un šķēršļu joslas izbūves, taktikas un simulatoru centru izveides, 2) izglītības sistēmas un koncepcijas izveides. Sadarbībā ar Latvijas Universitāti 1992. gadā tika izveidota bakalaura studiju programma, bet 1993. gadā – arī maģistrantūra.

Nozīmīgs NAA sasniegums bija akreditētas augstskolas statusa iegūšana. Statusu apstiprināja LR Augstākās izglītības padome 13.06.2002. Akreditētas augstskolas statuss NAA deva tiesības īstenot akreditētas studiju programmas un izsniegt valstiski atzītus diplomus par augstākās izglītības iegūšanu.

NAA ir 13.09.1919. ar Latvijas armijas virspavēlnieka ģenerāļa Dāvida Sīmansona pavēli dibinātās Latvijas Kara skolas tradīciju pārmantotāja un turpinātāja.

NAA ir valsts dibināta augstskola. Atšķirībā no citām valsts augstskolām, NAA ir ierobežota autonomijas pakāpe, un tai nav atvasinātas publiskas personas statuss (atvasinātas publiskas personas statuss ļauj augstskolai pašai izvēlēties savu stratēģiju, prioritātes un noteikt budžeta sadalījumu).

NAA darbību regulē tādi normatīvie akti kā Izglītības likums, Zinātniskās darbības likums un Augstskolu likums. NAA statuss, tiesības un darbība īpaši atrunāta Augstskolu likumā. NAA un tās pārstāvības un vadības institūciju, un lēmējinstitūciju kompetenci, ciktāl tā atšķiras no Augstskolu likumā noteiktās, kā arī citus ar tās darbību saistītus jautājumus nosaka Latvijas NAA darbības noteikumi, kas stājās spēkā 30.12.2014.

NAA atrodas NBS pārraudzībā kā to sastāvdaļa. NAA kā NBS vienībai ar saviem specifiskiem uzdevumiem saistoši ir arī citi specifiski normatīvie akti – Militārā dienesta likums, Nacionālo bruņoto spēku likums, Likums par Saprašanās memorandu starp Latvijas Republikas valdību un Sabiedroto spēku augstāko virspavēlniecību Eiropā un Sabiedroto spēku augstākās virspavēlniecības transformācijas komandiera štābu par uzņemošās valsts atbalsta sniegšanu Ziemeļatlantijas līguma organizācijas operāciju/mācību īstenošanai, u. c.

Jautājumos, kuri neskar NBS komandiera kompetenci, NAA ir aizsardzības ministra pārraudzībā.

Studiju un pētniecības darbs NAA tika īstenots katedrās. Akadēmijā sākotnēji tika izveidotas sešas katedras: Stratēģijas un vispārējās taktikas katedra, Ieroču veidu kaujas pielietošanas katedra, Bruņojuma un materiāltehniskās apgādes katedra, Fiziskās kultūras un sporta katedra, Svešvalodu katedra (01.6.1994. pārdēvēta par Valodu centru) un Humanitāro zinātņu katedra (01.06.1994. pārdēvēta par Humanitāro zinātņu vispārizglītojošo katedru). Humanitāro zinātņu katedra sagatavoja kadetus ar augstāko civilo izglītību pedagoģijā un tiesību zinātnē, bet absolvents kļuva virsnieks pedagogs vai virsnieks jurists. Augstskolai attīstoties un pilnveidojot tās darbību, tika mainīta NAA struktūra, kas atspoguļojās katedru skaita palielināšanā, reorganizēšanā un likvidēšanā. 1995. gadā tika izveidotas trīs jaunas katedras: Pedagoģijas katedra, Tiesību zinātnes katedra, Inženierzinātņu katedra. 1998. gadā NAA bija sešas katedras: Taktikas katedra (reorganizējot Stratēģijas un vispārējās taktikas katedru), Vadības un administrācijas katedra, Kara studiju un politisko zinību katedra, Tehnisko zinātņu katedru (apvienojot bruņojuma un materiāltehniskās apgādes katedru, Ieroču veidu kaujas pielietošanas katedru un Inženierzinātņu katedru), Svešvalodu katedra (reorganizējot Valodu centru), Fiziskās kultūras katedra. 1999. gadā Vadības un administrācijas katedra un Kara studiju un politisko zinību katedra tika apvienotas un izveidota Vadības un politisko zinību katedra.

Šobrīd NAA struktūra organizēta nodaļās un kursos. 2022. gadā NAA bakalaura studiju programmas tika īstenotas Sauszemes spēku nodaļā ar Jaunākā štāba virsnieku kursu un Sauszemes spēku studiju kursu, Gaisa spēku nodaļā ar Gaisa spēku studiju kursu un Jūras spēku nodaļā ar Starptautisko jūras spēku štāba virsnieku kursu un Jūras spēku studiju kursu. Maģistra līmeņa studiju programma tiek īstenota Militārās vadības studiju nodaļā ar Vispārējo priekšmetu studiju grupu un Svešvalodu studiju grupu.

Zinātniskās pētniecības darbības īstenošanai NAA kā struktūrvienība izveidots Drošības un stratēģiskās pētniecības centrs. Centrs īsteno galvenokārt teorētiskus pētījumus militārajā nozarē, kas nepieciešami valsts drošības un aizsardzības jomā: vispārīgus teorētiskus pētījumus par drošības, aizsardzības un tehnoloģiju attīstības tendencēm, padziļinātus pētījumus attiecīgajā laika posmā prioritārajās jomās, priekšizpēti projektu īstenošanai, pētījumus aizsardzības politikas, kara mākslas vēstures, medicīnas, psiholoģijas, vadības un individuālo kaujas spēju attīstībā.

NAA darbības noteikumi nosaka, ka rektora amata kandidātu izvirza NBS un par rektoru var apstiprināt profesionālā dienesta karavīru, kuram ir piešķirat vismaz pulkvežleitnanta dienesta pakāpe. NAA vadījuši 12 rektori: pulkvedis Valdis Matīss (1992–1998), pulkvežleitnants Ilmārs Vīksne (1998–2001), pulkvežleitnants Juris Maklakovs (2001–2004), brigādes ģenerālis Kārlis Krēsliņš (2004–2005), pulkvežleitnants Gunārs Upītis (2005–2007), jūras kapteinis Vladimirs Dreimanis (2007–2010), pulkvedis Andris Kalniņš (2010–2011), pulkvedis Egīls Leščinskis (2011–2015), pulkvežleitnants Georgs Kerlins (2015–2017), pulkvedis Valts Āboliņš (2017–2020), pulkvedis Oskars Kudlis (2020–2022). Kopš 2022. gada NAA rektors ir pulkvežleitnants Māris Utināns.