Dabā sastopami divi rubīdija izotopi: rubīdijs-85 (72 %) un rubīdijs-87 (28 %). Rubīdijs-87 ir radioaktīvs izotops ar tik garu pussabrukšanas periodu 4,9×1010, ka tiek pieskaitīts pie stabiliem izotopiem. Ir zināmi aptuveni 20 mākslīgie rubīdija radioaktīvie izotopi. Izņemot rubīdiju-87, visilgāk pastāvošie radioizotopi ir rubīdijs-83 ar pussabrukšanas periodu 86,2 dienas, rubīdijs-84 ar pussabrukšanas periodu 33,1 diena un rubīdijs-86 ar pussabrukšanas periodu 18,6 dienas. Visu pārējo radioizotopu pussabrukšanas periodi ir īsāki par vienu dienu. Rubīdiju-87 izmanto, lai novērtētu iežu vecumu. Daudzu veidu ieži satur divus rubīdija izotopus: rubīdiju-85 un rubīdiju-87. Kad rubīdijs-87 sadalās klintī, tas pārvēršas par jaunu izotopu – stronciju-87. Jebkurš iezis, kas satur rubīdiju-87, nedaudz satur arī stronciju-87. Stroncija-87 daudzums klintī ir atkarīgs no tā, cik ilgi tas tur atradies. Lai noteiktu iežu vecumu, zinātnieki mēra stroncija-87 daudzumu. Šī iežu vecuma mērīšanas metode tiek izmantota, lai noteiktu Zemes un meteorītu vecumu.