Pirmā zināmā musulmaņu draudze Latvijā – Rīgas un apkārtnes musulmaņu draudze (dibināta 1902. gadā); par tās imāmu kļuva Ibragims Davidovs (Ибрагим Давыдов). Rīgas musulmaņu draudze atradās Orenburgas muftija garīgajā pakļautībā. Draudze atjaunoja darbību pēc neatkarīgas valsts izveidošanas. Imāma pienākumus veica Šakirs Husnetdinovs (Eriss). Ne pirms 1917. gada, ne arī vēlāk publiska lūgšanu vieta (mošeja) atklāta netika. Jau no 20. gs. sākuma draudzes lietošanā bija nodota ar karaīmu kopienu kopīga kapu teritorija Rīgā.
Padomju okupācijas laikā, sākot ar 20. gs. 50. gadiem, Latvijā ieceļoja liels skaits dažādu Padomju Sociālistisko Republiku Savienības (PSRS) tautību iedzīvotāji, kuru vidū bija arī vairāki tūkstoši tradicionālo musulmaņu etnisko grupu piederīgo. Ņemot vērā šajā laikā pastāvošos reliģiskās darbības ierobežojumus, skaitliski relatīvi lielā un pilsētās koncentrētā musulmaņu piederīgo grupa organizētu un pilnībā atklātu darbību uzsākt nevarēja, lai gan atsevišķos gadījumos iespēju robežās tika mēģināts praktizēt islāma tradīcijas.
Pēc neatkarības atjaunošanas daļa Latvijā dzīvojošo musulmaņu izceļoja. 20. gs. 90. gados Latvijā izveidojās trīs islāmticīgo draudzes, vēlāk, pieaugot praktizējošo islāmticīgo skaitam un izveidojoties dažādiem novirzieniem kopienā, draudžu skaits pieauga. Mūsdienās Latvijā (2016) darbojas 16 musulmaņu draudzes. Latvijas musulmaņu grupas nav vienveidīgas, ir pārstāvēti sunnīti, šiīti un sūfiji. Sunnītu grupas vairumā gadījumu ietver Latvijā dzīvojošos etniskos tatārus, uzbekus, kazahus, baškīrus un čečenus. Azerbaidžāņi iekļaujas gan sunnītu, gan šiītu draudzēs. Studējošo imigrācijas dēļ jau kopš 20. gs. 70. gadiem notiek izmaiņas musulmaņu kopienas struktūrā, kas sekmē nošķiršanos starp nosacīti autohtonajiem musulmaņiem un musulmaņiem imigrantiem, jo viņu reliģiskie priekšstati ir atšķirīgi. Pateicoties neseno ieceļotāju skaita pieaugumam, musulmaņu draudzēm pievienojušies arī sīrieši, libānieši, saūdieši un irāņi. Lai gan pastāv teoloģiskas atšķirības starp sunnītiem un šiītiem, Latvijā abas grupas veic kopīgas lūgšanas. Sūfisms Latvijā pārstāvēts Mavlānas Dervīšu skolā.
Pēc LR Tieslietu ministrijas datiem mūsdienās reālais musulmaņu skaits varētu būt mazāks par 1000, praktizējošo musulmaņu skaits – ap 10–20 %.
Kopš 1994. gada audzis musulmaņu konvertītu skaits. Statistikā netiek nošķirti etniskie musulmaņi no konvertītiem, kā arī nominālmusulmaņi no praktizējošiem ticīgajiem, līdz ar to konvertītu skaitu noskaidrot ir sarežģīti. Islāmā konvertējas gan latvieši, gan krievu valodā runājoši Latvijas iedzīvotāji. Kopumā Latvijas musulmaņu draudzes ir gan liberālas draudzes, gan tādas, kuras cenšas būt konservatīvas. Tatāru un citas draudzes ir liberālas, konvertīti un jaunieceļotāji ir konservatīvāki.
