Latvijas pirmās neatkarības gados inovāciju politika (mūsdienu izpratnē) galvenokārt bija saistīta ar zinātnes un pētniecības attīstību, kur nozīmīga loma bija augstskolām. Nozīmīgi sasniegumi ar paliekošu vērtību bija ķīmijā, bioloģijā, medicīnā, farmācijā, tehniskajās zinātņu nozarēs. Lauksaimniecības speciālistu zinātniska un praktiska darbība sekmēja zemkopības, lopkopības un pārtikas tehnoloģiju attīstību.
Padomju okupācijas gados turpinājās zinātniskās pētniecības iestāžu sistēmas attīstība. Tās pamatu veidoja Latvijas Padomju Sociālistiskās Republikas (LPSR) Zinātņu akadēmija, vissavienības pakļautības nozaru zinātniski pētnieciskās organizācijas un iestādes un republikas augstskolas. Viens no svarīgākajiem inovāciju politikas virzieniem bija zinātnes saistība ar praksi zinātniski tehniskā progresa veicināšanai tautsaimniecības nozarēs.
Pēc neatkarības atgūšanas inovāciju politika Latvijā veidota saskaņā ar Eiropas Savienības (European Union) kopējo inovāciju politiku. Inovāciju politikas īstenošanā ir trīs periodi.
2001.‒2007. gadā Latvijas inovāciju politiku raksturo inovāciju koncepcijas un normatīvi tiesisku dokumentu bāzes izstrāde, kas reglamentē inovatīvo darbību, kā arī inovāciju sistēmas pamatelementu izveidošanu.
Otrs nozīmīgs posms inovāciju politikā ir saistīts ar 2007.‒2014. gada Eiropas Savienības struktūrfondu plānošanas periodu. Inovāciju politikas ietvaru šajā periodā lielā mērā noteica Eiropas Savienības Lisabonas stratēģija (Lisabon Strategy).
Trešais posms (2014‒2020) saistīts ar viedās specializācijas stratēģijas izstrādi un īstenošanu.
27.02.2001. tika akceptēta Nacionālā inovāciju koncepcija. 01.04.2003. Ministru kabinetā tika akceptēta Nacionālā inovāciju programma 2003.‒2006. gadam. Vienlaikus Ekonomikas ministrijā tika izveidota Nacionālās inovāciju programmas vadības padome. Padomes uzdevums ‒ sekmēt inovatīvos procesus Latvijā, veicināt nacionālās inovāciju sistēmas attīstību.
Nacionālā inovāciju programmas padome apstiprināja Nacionālās inovāciju programmas Rīcības plānu 2004. gadam. Rīcības plānā nozīmīgākās aktivitātes bija saistītas ar valsts atbalsta programmu ieviešanu, lai nodrošinātu uzņēmējiem iespēju saņemt Eiropas struktūrfondu finansējumu konkurētspējas paaugstināšanai un inovāciju veicināšanai. Nacionālās inovāciju programmas ietvaros tika sākta inovācijas atbalstošās infrastruktūras izveide.
Lai īstenotu Eiropas Savienības Lisabonas stratēģijas pamatnostādnes Latvijā, Ministru kabinets pieņēma Latvijas Nacionālo Lisabonas programmu 2005.–2008. gadam (2005), kurā par vienu no galvenajām prioritātēm Latvijas konkurētspējas veicināšanai tika noteikta inovāciju un pētniecības veicināšana.
2006. gadā ar Ministru kabineta noteikumiem tika pieņemta Komercdarbības konkurētspējas un inovācijas veicināšanas programma 2007.‒2013. gadam. Viens no programmas mērķiem bija veicināt nacionālās inovāciju sistēmas kapacitātes un efektivitātes palielināšanos, izveidojot inovatīvajai darbībai labvēlīgu regulējošo, finanšu un informatīvo vidi.