Būdama organizācija ar nelielu dalībnieku skaitu, Ziemeļlatgales “Neatkarības vienība” iespēju robežās izvairījās no tiešām sadursmēm pat ar nelielām okupācijas režīma spēku grupām, tāpēc tās iznīcināšana norisinājās pakāpeniski ar MGB aģentu līdzdalību. 07.04.1949. aģents kaujinieks Ēvalds Dzenītis (“Akmens”) nogalināja organizācijas štāba priekšnieku A. Kudreņicki. 21.11.1949. par aģentu savervētā organizācijas atbalstītāja Jāzepa Krišāna sniegtā informācija palīdzēja MGB karaspēka vienībai no slēpņa nogalināt tā brīža štāba priekšnieku A. Gabrānu, štāba grupas partizānu Alfonu Gutānu (“Žanis”) un sagūstīt vēl vienu štāba grupas partizānu Jāni Gleizdu (“Stūrmanis”). Organizācijas atbalstītājs Aleksandrs Bartkēvičs pēc savervēšanas par MGB aģentu sazāļoja tobrīd grupas vecākos un faktiski vadošos partizānus V. Marecki un K. Braslu, kuri tika sagūstīti 14.10.1951., bet pēc viņu liecībām MGB atrada partizānus J. Romānu, A. Gailumu un A. Ludboržu, kuri 15.10.1951. bunkurā izdarīja pašnāvību, lai netiktu sagūstīti. Līdz ar šo partizānu bojāeju organizācija faktiski pārstāja eksistēt. Pēdējais Ziemeļlatgales “Neatkarības vienības” formālais līderis Aleksandrs Jerumāns (“Ičmalis”) tika sagūstīts pēc organizācijas iznīcināšanas 31.01.1954., kad viņu sazāļoja par MGB aģenti savervētā atbalstītāja ar uzvārdu Mickēviča.