Daļiņu terapijas attīstība vēsturiski ir cieši saistīta arī ar konvencionālās – rentgenstarojuma – radiācijas terapijas attīstību. Konvencionālās radiācijas terapijas attīstība aizsākās ar Vilhelma Konrāda Rentgena (Wilhelm Conrad Röntgen) atklāto rentgenstarojumu 1895. gadā. Tuvojoties mūsdienu konvencionālajai terapijai, 1951. gadā tika aizsākta kobalta-60 terapija, savukārt 1953. gadā tika veiktas pirmās klīniskās procedūras ar lineārajiem elektronu paātrinātājiem, kas ir mūsdienu konvencionālās radiācijas terapijas pamats.
Daļiņu terapijas sākotnējā attīstība ir cieši saistīta ar vairākiem atklājumiem fizikā. 1917. gadā Ernesta Raterforda (Ernest Rutherford) eksperimenti atklāja protonus kā vienas no atomu kodolu veidojošām daļiņām. Viens no visbūtiskākajiem atklājumiem, kas ir daļiņu terapijas pamatā, ir saistīts ar 1898. gadā Pjēra Kirī (Pierre Curie) un Marijas Kirī (Marie Curie) atklāto rādiju. Radioaktīvais rādijs sabrūk α-sabrukšanas ceļā, emitējot α daļiņas – hēlija-4 kodolus. 1904. gadā Viljams Henrijs Bregs (William Henry Bragg) publicēja zinātnisku atklājumu par telpisko jonizācijas (dozas) sadalījumu gaisā, ko rada rādija emitētās α daļiņas. Eksperimentāli tika parādīts, ka α daļiņām piemīt galīgs telpiskais noskrējiens, kā arī augstāka jonizācijas spēja raksturīga, tuvojoties noskrējiena beigām. Šis fizikālais fenomens tiek dēvēts par Brega pīķi (Bragg peak) – elektromagnētiskās mijiedarbības dēļ lādētas daļiņas lielāko daļu savas enerģijas atdod noteiktā materiāla dziļumā, un šis dziļums ir atkarīgs no daļiņu sākotnējās enerģijas. Brega pīķa fenomens ir galvenais iemesls daļiņu terapijas izstrādei.
Daļiņu terapijas pirmsākumus būtiski ietekmēja arī vairāki tehnoloģiski atklājumi saistībā ar daļiņu paātrinātājiem. Daļiņu paātrinātāji ir neatņemama terapijas nodrošināšanas sastāvdaļa, lai nodrošinātu pietiekamu daļiņu kinētisko enerģiju klīniskam pielietojumam. 1947. gadā Luiss Valters Alvaress (Luis Walter Alvarez) izveidoja protonu lineārā paātrinātāja prototipu, sasniedzot tā laika enerģijas rekordu – 31,5 megaelektronvoltus (MeV). 1929. gadā Ernests Orlando Lorenss (Ernest Orlando Lawrence) izgudroja ciklotronu – cirkulāru daļiņu paātrinātāju, kas spēj paātrināt pozitīvi lādētas daļiņas līdz augstām enerģijām. Balstoties šajā principā, 20. gs. 30. gados Lorensa Bērkli Nacionālajā laboratorijā (Lawrence Berkeley National Laboratory) tika uzbūvēts ciklotrons 60 collu diametrā, kas vēlāk, 20. gs. 40. gados, tika pārbūvēts kā 184 collu diametra sinhrociklotrons. Sinhrotronu – otra veida cirkulāro paātrinātāju, kas tiek izmantots smago jonu terapijā, – konceptuāli izstrādāja Vladimirs Vekslers (krievu Владимир Иосифович Векслер) 1944. gadā.
Brega pīķa fenomena potenciālo klīnisko pielietojumu pirmo reizi konceptuāli izstrādāja fiziķis Roberts Ratbans Vilsons (Robert Rathbun Wilson) 1946. gadā. Balstoties uz fundamentālā Brega pīķa fenomenu – protoniem –, R. R. Vilsons uzsvēra, ka šāda veida terapijā maksimālā doza būtu lokalizēta noteiktā dziļumā, šo dziļumu mainot ar enerģijas modulāciju. 1948. gadā protonu terapijas koncepts tika bioloģiski validēts pirmsklīniskos eksperimentos ar 184 collu sinhrociklotronu, un 1954. gadā protonu terapija tika pirmo reizi klīniski izmantota terapeitiskā nolūkā. Laikā no 1954. līdz 1957. gadam Lorensa Bērkli Nacionālajā laboratorijā kopumā 30 pacienti tika ārstēti ar protonu terapiju.
Pētījumi Lorensa Bērkli Nacionālajā laboratorijā sniedza būtisku pienesumu arī smago jonu terapijas attīstībā. 1957. gadā laboratorijas sinhrociklotrons tika pielāgots, lai nodrošinātu hēlija jonu paātrināšanu. 20. gs. 70. un 80. gados tehnoloģiskā attīstība daļiņu terapijas pētījumos Lorensa Bērkli Nacionālajā laboratorijā bija vērsta uz sinhrotrona “Bevatron” izveidi, kas spētu paātrināt ķīmisko elementu jonus līdz pat urānam. 1975. gadā tika uzsākti klīniskie pētījumi terapijai ar oglekļa-12 un neona-20 joniem, 1979. un 1982. gadā pētot arī potenciālo pielietojumu attiecīgi argona-40 un silīcija-28 joniem. Šajos sākotnējos pētījumos oglekļa-12 joni tika noteikti kā optimālākie un terapeitiski efektīvākie smago jonu terapijā, izmantojot pieejamās kūļa piegādes tehnoloģijas.
Lorensa Bērkli Nacionālajā laboratorijas pētījumi noslēdzās 1992. gadā ar vairāk nekā 2500 ārstētiem pacientiem. Šie pētījumi aizsāka plašāku protonu un oglekļa-12 jonu terapijas metožu pārnešanu klīniskajā praksē. 1990. gadā tika uzbūvēta pirmā protonu terapijas iekārta, kas atrodas klīniskajā slimnīcā – Lomas Lindas Universitātes Medicīnas centrā (Loma Linda University Medical Center) Kalifornijā, Amerikas Savienotajās Valstīs (ASV). Savukārt 1994. gadā oglekļa-12 jonu terapija tika ieviesta Japānā, Nacionālajā kvantu un radioloģijas zinātņu un tehnoloģiju institūtā (japāņu 量子科学技術研究開発機構, Ryōshi Kagaku Gijutsu Kenkyū Kaihatsu Kikō, angļu National Institutes for Quantum and Radiological Science and Technology). Protonu terapijas iekārtas komerciāli ir pieejamas no 2001. gada. Komerciālas smago – oglekļa-12 – jonu iekārtas ir pieejamas tikai no 21. gs. otrās desmitgades. Eiropas smago jonu terapijas centri nav komerciāli, nodrošinot oglekļa-12 jonu terapiju Helmholcas Smago jonu izpētes centrā (Helmholtzzentrum für Schwerionenforschung, dibināts kā Smago jonu pētniecības biedrība, Gesellschaft für Schwerionenforschung, GSI, Vācija, kopš 1997. gada), Heidelbergas Jonu terapijas centrā (Heidelberger Ionenstrahl-Therapiezentrum, HIT, Vācija, kopš 2009. gada), Nacionālajā onkoloģiskās hadronu terapijas centrā (Centro Nazionale di Adroterapia Oncologica, CNAO, Itālija, kopš 2012. gada), Marburgas Jonu staru terapijas centrā (Marburger Ionenstrahl-Therapiezentrum, MIT, Vācija, kopš 2015. gada) un MedAustron (Austrija, kopš 2019. gada).
Svarīgs aspekts daļiņu terapijas vēsturē ir arī kūļa piegādes tehnoloģiju attīstība. Kopš pirmajiem pētījumiem sākotnēji daļiņu terapijā tika pielietotas pasīvās kūļa izkliedes metodes. 1996. gadā Paula Šerrera institūtā (Paul Scherrer Institute, PSI) tika ieviesta aktīvā zīmuļkūļa skenēšanas metode, kas mūsdienās nodrošina konformālāko starojuma piegādes metodi daļiņu terapijā – intensitātes modulētu terapiju.