Padomju okupācijas laiks (1945–1990) Galvenās valodniecības institūcijas ‒ Lietuviešu valodas institūts (1952. gadā apvienots ar Lietuviešu literatūras institūtu) un Viļņas Universitāte. Saistībā ar vardarbīgi uzspiestajām pseidozinātniskajām teorijām un speciālistu trūkumu nebija apstākļu lingvistikas pētījumiem, tādēļ tika veikts daudz praktiska darba, uzkrāts bagātīgs materiāls “Lietuviešu valodas vārdnīcai” un dialektu atlantam.
50. gadu otrajā pusē valodniecībā ienāca topošā baltistikas elite – Zigms Zinkevičs (Zigmas Zinkevičius), Vītauts Mažulis (Vytautas Mažiulis), Vincs Urbutis (Vincas Urbutis), Vītauts Ambrazs (Vytautas Ambrazas), Aļģirds Sabaļausks (Algirdas Sabaliauskas), Jons Kazlausks (Jonas Kazlauskas) un citi. Sāka iznākt monogrāfijas, kā arī darbi, kas publicēti žurnālos Kalbotyra (no 1958. gada) un Lietuvių kalbotyros klausimai (no 1957. gada), kā arī periodiskajā izdevumā Literatūra ir kalba (no 1956. gada).
Visvairāk uzmanības tika pievērsts valodas vēstures problēmām, izmantojot filoloģisko un salīdzināmi vēsturisko metodi. Izrāvienu dialektoloģijā iezīmēja Z. Zinkeviča darbs “Lietuviešu dialektoloģija” (Lietuvių dialektologija, 1966). Tika izstrādāta jauna dialektu klasifikācija. Izdoti četri “Lietuviešu valodas vārdnīcas” sējumi, sākts triju sējumu “Lietuviešu valodas gramatikas” (Lietuvių kalbos gramatika, 1965‒1976) projekts.
Žurnālā Baltistica (kopš 1965. gada) rakstus publicēja arī Rietumu valodnieki. 20. gs. 60. gados Viļņa kļuva par pasaules baltistikas centru (pirms tam šo lomu pildīja Rīga). Starp nozīmīgākajiem tradicionālajās metodēs balstītajiem pētījumiem minams Jona Paļoņa (Jonas Palionis) “Lietuviešu literārā valoda 16.–17. gs.” (Lietuvių literatūrinė kalba XVI–XVII a., 1967) un Z. Zinkeviča “Lietuviešu valodas vēsturiskā gramatika” (Lietuvių kalbos istorinė gramatika, 1980–1981), “Lietuviešu valodas vēsture” (Lietuvių kalbos istorija, 1984‒1987). Šī darba pēdējais, sestais, sējums pabeigts pēc neatkarības atjaunošanas ‒ 1994. gadā. Z. Zinkevičs sagatavojis arī darbu “Lietuviešu antroponīmika” (Lietuvių antroponimika, 1977), kurā likti pamati personvārdu diahroniskai analīzei. No citiem onomastikas pētījumiem izceļams Vitalijas Maciejauskienes (Vitalija Maciejauskienė) darbs “Lietuviešu uzvārdu veidošanās” (Lietuvių pavardžių susidarymas, 1991).
Iznāca arī citi nozīmīgi darbi: triju sējumu “Lietuviešu valodas atlants” (Lietuvių kalbos atlasas), V. Urbuša “Baltu etimoloģijas etīdes” (Baltų etimologijos etiudai, 1981), V. Mažuļa četru sējumu “Prūšu valodas etimoloģijas vārdnīca” (Prūsų kalbos etimologijos žodynas, 1988–1997) un Aleksandra Vanaga (Aleksandras Vanagas) “Lietuviešu hidronīmu etimoloģijas vārdnīca” (Lietuvių hidronimų etimologinis žodynas, 1981). Tapa nozīmīgi darbi, kuros pielietota iekšējās rekonstrukcijas metode, ļaujot objektīvāk atklāt baltu valodu parādību cilmi: J. Kazlauska “Lietuviešu valodas vēsturiskā gramatika” (Lietuvių kalbos istorinė gramatika, 1968), V. Mažuļa “Baltu un citu indoeiropiešu valodu attieksmes” (Baltų ir kitų indoeuropiečių kalbų santykiai, 1970), V. Ambraza “Lietuviešu valodas divdabju vēsturiskā sintakse” (Lietuvių kalbos dalyvių istorinė sintaksė, 1979), Sima Karaļūna (Simas Karaliūnas) “Baltu valodu struktūras kopīgās iezīmes un to izcelsme” (Baltų kalbų struktūrų bendrybės ir jų kilmė, 1987) un Alberta Rosina (Albertas Rosinas) “Baltu valodu vietniekvārdi” (Baltų kalbų įvardžiai, 1988) u. c. Darbības vārdu vēsturi pētījusi Audrone Jakuliene-Kaukiene (Audronė Jakulienė-Kaukienė), vispārīgo un ģermāņu diahronisko fonoloģiju ‒ Alberts Steponavičs (Albertas Steponavičius).
Popularitāti guva strukturālā valodniecība, parādījās arī teorētiski darbi. Īpaši izceļami ir pētījumi par literārās lietuviešu valodas un dialektu fonētiku un prosodiju, kas veikti ar eksperimentālām metodēm: Alekša Girdeņa (Aleksas Girdenis) un viņa audzēkņu darbi, kā arī Antana Pakera (Antanas Pakerys) grāmata “Lietuviešu literārās valodas prosodija” (Lietuvių bendrinės kalbos prozodija, 1982) un A. Girdeņa darbs “Fonoloģija” (Fonologija, 1981) un uz tā pamata tapusī monogrāfija “Teorētiskie fonoloģijas pamati” (Teoriniai fonologijos pagrindai, 1995). A. Girdenis uzskatāms par lietuviešu fonoloģijas skolas dibinātāju.
Lietuviešu vārddarināšanas skolu izveidoja V. Urbutis. Viņa darbs “Vārddarināšanas teorija” (Žodžių darybos teorija, 1978) ir pirmā teorētiskā lietuviešu valodnieka grāmata. V. Urbuša koncepcijā balstījās Evalda Jakaitiene (Evalda Jakaitienė), kas pētīja darbības vārdu darināšanu, A. Vanags to piemēroja hidronīmu analīzei, bet Sauļus Ambrazs (Saulius Ambrazas) ‒ diahroniskajai vārddarināšanai.
Līdzās skaņu sistēmas un prosodijas izpētei pētīta arī lietuviešu valodas gramatiskā sistēma. “Lietuviešu valodas gramatika” (Грамматика литовского языка, 1985) bija jauns literārās valodas fonoloģijas un gramatikas apraksts. Darbus par lietuviešu valodas gramatiskajām kategorijām izdeva Aldona Paulauskiene (Aldona Paulauskienė). Baltu valodu gramatiskās parādības kontrastīvos un tipoloģiskos pētījumos analizēja rusisti (piemēram, Kazimiers Musteikis, Kazimieras Musteikis) un ģermānisti. Šī pētniecības virziena nozīmīgākais darbs ir Emmas Geņušienes (Emma Geniušienė) darbs “Refleksīvu tipoloģija” (The Typology of Reflexives, 1987). Tā ir pirmā Lietuvas valodnieka monogrāfija, kas izdota Rietumu izdevniecībā.
Sinhroniskajiem pētījumiem raksturīgs vienpusīgums – lielākoties pētīta rakstu valoda un kodificētā runātā literārā valoda, kā arī tradicionālie dialekti. Šādu pieeju noteica uzskats, ka “ielu valoda” un jaunas izlokšņu iezīmes nav pelnījušas valodnieku uzmanību. Lietuviešu valodas un literatūras institūtā pēc PSRS Zinātņu akadēmijas norādījuma tika izveidota Sociolingvistikas grupa, kuras vadītājs S. Karaļūns vēlāk uzrakstīja un izdeva darbu “Valoda un sabiedrība” (Kalba ir visuomenė, 1997). Sociolingviste Laima Grumadiene-Kalēdiene (Laima Grumadienė-Kalėdienė) pirmā sāka pētīt pilsētas izloksni. Valodu kontaktus Viļņas apgabalā un citur izgaismoja Valērija Čekmona (Valerijus Čekmonas) pētījumi.
Daudz tika darīts leksikoloģijas un leksikogrāfijas jomā. Iznāca E. Jakaitienes darbs “Leksiskā semantika” (Leksinė semantika, 1988), izdoti astoņi “Lietuviešu valodas vārdnīcas” sējumi, Vītauts Vitkausks (Vytautas Vitkauskas) sāka dialektu vārdnīcu izstrādi. Leksikogrāfijas pētījumus veica un atjaunotās neatkarības laikā turpināja V. Urbutis, Kazis Pakalka (Kazys Pakalka), Vincents Drotvins (Vincentas Drotvinas) u. c., bet leksikoloģijas un/vai terminoloģijas jomā strādāja Kazimiers Gaivenis (Kazimieras Gaivenis), Stasis Ķeinis (Stasys Keinys), Jons Klimavičs (Jonas Klimavičius) u. c. A. Sabaļauska triju sējumu darbs par valodniecības historiogrāfiju “Lietuviešu valodas izpētes vēsture” (Lietuvių kalbos tyrinėjimo istorija, 1979–2012) pabeigts vēlāk.