Jānis Miķelsons bija viens no ievērojamākajiem latviešu internistiem (terapeitiem), LU Hospitālās terapijas klīnikas dibinātājs.

J. Miķelsons piedzima ķestera Jēkaba Miķelsona un viņa sievas Kristīnes (dzimusi Prauliņa) ģimenē.

Precējies ar ārsti Alīnu Kristīni Reiznieci.

Mācījās Umurgas pagastskolā, Sārmes ministrijas skolā un Limbažu pilsētas skolā, kuru beidza 1906. gadā. Divus gadus vēlāk (1908) pēc apriņķa skolotāja eksāmenu nokārtošanas Pleskavas zēnu ģimnāzijā (Псковская мужская гимназия) sāka strādāt Umurgas draudzes skolā, vēlāk Ļidas zēnu proģimnāzijā (Лидская мужская частная 4-классная прогимназия), tagad Baltkrievijā, Verhņedņeprovskas pilsētas zēnu skolā (Верхнеднепровская городская мужская школа), tagad Ukrainā.

1913. gadā J. Miķelsons kā eksterns nokārtoja ģimnāzijas abitūrijas eksāmenus Rīgas mācību apgabala kuratorijā un uzsāka medicīnas studijas Tērbatas Universitātē (tagad Tartu Universitāte, Tartu Ülikool), kur studēja līdz 1917. gadam.

Pirmā pasaules kara laikā 1917. gadā J. Miķelsonu iesauca karadienestā, līdz ar to valsts eksāmenus viņš nokārtoja un ārsta diplomu ieguva 1918. gadā Tomskas Universitātē (Императорский Томский университет).

Bija studentu biedrības (vēlākās vienības) “Atauga” biedrs.

Studiju noslēgumā 1916. un 1917. gadā J. Miķelsons bija Mihaila Rostovceva privātās augstskolas (Частные университетские курсы М. Ростовцева) subasistents Tērbatā.

Strādāja Tomskas guberņas un apriņķa zemstē, organizēja un vadīja kara bēgļu slimnīcu Gorodokā, pēc tam bija profesora Nikolaja Ļeporska (Николай Иванович Лепорский) asistents Tomskas Universitātes Medicīnas fakultātes Hospitālās terapijas klīnikā (1919–1921).

1921. gadā J. Miķelsons atgriezās Latvijā un strādāja par Latvijas Augstskolas (no 1922. gada – LU) Medicīnas fakultātes profesora Vasilija Kļimenko asistentu (1921–1925).

J. Miķelsons 22.05.1925. LU aizstāvēja medicīnas doktora disertāciju “Par dažām tuberkulozes serodiagnostikas metodēm”. Pēc medicīnas doktora grāda iegūšanas J. Miķelsonu ievēlēja par LU privātdocentu (1925–1930), vēlāk – vecāko docentu (1930–1932) un profesoru (1932–1950).

No 1928. līdz 1939. gadam J. Miķelsons bija LU Iekšķīgo slimību Hospitālās klīnikas vadītājs (Rīgas pilsētas 2. slimnīcā, tagad Paula Stradiņa Klīniskā universitātes slimnīca). No 1939. līdz 1944. gadam J. Miķelsons bija LU otrās iekšķīgo slimību (Fakultātes terapijas) klīnikas vadītājs.

J. Miķelsons bija Kārļa Ulmaņa personiskais ārsts.

Pēc padomju okupācijas J. Miķelsonu iecēla par Latvijas Valsts universitātes (LVU, tagad LU) Medicīnas fakultātes prodekānu (1940–1941).

Pēc Otrā pasaules kara vadīja LVU Iekšķīgo slimību diagnostikas un propedeitikas katedru (1944–1950; Rīgas pilsētas 1. slimnīcā), bija Latvijas Padomju Sociālistiskās Republikas (LPSR) Zinātņu akadēmijas Bioloģijas un eksperimentālās medicīnas institūta vecākais zinātniskais līdzstrādnieks, sektora vadītājs (1946–1951).

No 1946. gada J. Miķelsons bija LPSR Zinātņu akadēmijas korespondētājloceklis (tās pirmajā sastāvā) un vadīja zinātnisko darbu kurortoloģijā. 1947. gadā J. Miķelsons izveidoja LPSR Terapeitu zinātnisko biedrību un bija tās priekšsēdētājs līdz mūža beigām.

Pēc Rīgas Medicīnas institūta (RMI, tagad Rīgas Stradiņa universitāte) izveidošanas J. Miķelsons bija RMI profesors (1950–1952).

Pētījis tuberkulozi, rentgenoloģiju, gastroenteroloģiju, reimatismu. Noteica Baldones, Ķemeru, Valmieras un Siguldas minerālūdeņu dziednieciskās īpašības. Publicējis darbus “Tuberkuloze Latvijas Universitātē studējošo starpā 1933./1934. mācības gadā” (1935), “Vispārējā terapija” (1937).

Triju Zvaigžņu ordenis (1935, III šķira). Latvijas PSR Nopelniem bagātais ārsts (1946).

Trešā Pasaules latviešu ārstu kongresa laikā 26.06.1997. pie Rīgas 1. slimnīcas galvenā korpusa atklāja piemiņas plāksni ar J. Miķelsona bareljefu (tēlnieks Viktors Šuškēvičs).