Partijas “Līdztiesība” organizatoriskā struktūra atbilda 20. gs. 90. gadu Latvijas politisko partiju modelim un balstījās uz centralizētu vadību un reģionālo nodaļu tīklu. Augstākā lēmējinstitūcija bija Republikāniskā konference, kas notika ne retāk kā reizi gadā. Tā noteica politiskās pamatnostādnes, apstiprināja partijas programmu un ievēlēja, piemēram, Republikānisko centru, kas sastāvēja no 30 ievēlētiem delegātiem. Ikdienas politisko un organizatorisko darbu koordinēja partijas līderis, priekšsēdētājs un viņa vietnieki, kā arī kasieris, savukārt politiskās pozīcijas parlamentā formulēja Saeimas frakcija “Līdztiesība”. Partijas valde sastāvēja no līdera, priekšsēdētāja un viņa vietniekiem, kā arī pieciem citiem locekļiem, kurus ievēlēja Republikāniskais centrs. No 2001. gada līdz partijas darbības izbeigšanai, kļūstot par apvienību 2007. gadā, “Līdztiesības” vadībā kā līdere atradās Tatjana Ždanoka (1993. gadā kļuva par vienu no kustības “Līdztiesība” vadītājām un, tai 1996. gadā pārveidojoties par partiju, kļuva par tās priekšsēdētāju), kura vienlaikus bija arī PCTVL līdzpriekšsēdētāja, kā arī Vladimirs Buzajevs, kurš ieņēma partijas priekšsēdētāja amatu.
Par partijas biedriem varēja kļūt Latvijas Republikas pilsoņi, kā arī Latvijas pastāvīgie iedzīvotāji, kuri bija sasnieguši 18 gadu vecumu un atzina un ievēroja partijas programmu un statūtus. Atbilstoši statūtiem, pagastos, rajonos, pilsētās varēja izveidot partijas teritoriālās organizācijas, ja tajās piedalījās ne mazāk kā trīs partijas biedri. Partija savu darbību koncentrēja pamatā Rīgā un lielākajās pilsētās, piemēram, partijas nodaļas atradās Rīgā, Daugavpilī un Rēzeknē, kur bija ievērojams mazākumtautību īpatsvaru, kas nodrošināja biedru piesaisti, priekšvēlēšanu kampaņu īstenošanu un saikni ar savu elektorātu. Partija īstenoja sadarbību ar idejiski radniecīgām partijām un sabiedriskajām organizācijām, kas vēlāk veicināja tās integrāciju plašākās politiskajās apvienībās. Partijas birojs atradās Rīgā, Rūpniecības ielā 9.