Baltijas Universitātē fakultātes tika veidotas, ņemot vērā pasniedzēju pieejamību, tāpēc fakultātēs pastāvēja tādas nodaļas, kas klasiskajās universitātēs veidotu atsevišķas fakultātes. Baltijas Universitātē sākotnēji tika izveidota Arhitektūras un inženierzinātņu fakultāte ar arhitektūras un inženierzinātņu nodaļām, Filoloģijas fakultāte ar filoloģijas, filozofijas, pedagoģijas, vēstures un teoloģijas nodaļām, Ķīmijas fakultāte ar ķīmijas, ķīmiskās tehnoloģijas un farmācijas nodaļām, Lauksaimniecības fakultāte ar lauksaimniecības, mežkopības, kultūrinženierzinātņu, ģeodēzijas un veterinārmedicīnas nodaļām, Matemātikas un dabaszinātņu fakultāte ar matemātikas un dabaszinātņu nodaļām, Medicīnas fakultāte ar medicīnas un zobārstniecības nodaļām, Mehānikas fakultāte ar mehānikas, elektrotehnikas un tehnoloģijas nodaļām, Tautsaimniecības un tieslietu fakultāte ar tautsaimniecības un tieslietu nodaļām. Līdz ar studentu un mācībspēku skaita samazināšanos līdz 30.09.1949. samazinājās arī fakultāšu un nodaļu skaits. Universitātes oficiālā darba valoda bija vācu valoda, tās lietošana dominēja administrācijā. Universitāti vadīja ievēlēts prezidents un viceprezidents. Tiem bija pakļauti katras nācijas atsevišķi ievēlēti rektori. Katrs universitātes rektors pildīja divas funkcijas: vispirms vadīja savas nacionalitātes mācībspēkus un studentus un papildus – kādu noteiktu universitātes sektoru (studentu lietas, saimniecība un administrācija). Saistībā ar britu militāro pārvaldi Baltijas Universitātē tika izmantota arī angļu valoda. Lekcijas, ja tās notika tikai latviešiem, igauņiem vai lietuviešiem, varēja notikt to dzimtajā valodā.