Universitātei trīs gadu pastāvēšanas laikā 11 reizes tika mainīts nosaukums (Baltic Camp University, United Nations Relief and Rehabilitation Administrations (UNRRA) Baltic University, D.P. (displaced persons ‘pārvietotās personas’) University, Hamburg DP Study Centre, Hamburg DP University, DP Study Centre; DP University Study Centre; DP University; DP University Study Centre Pinneberg; Pinneberg Study Centre; University College), daļa no nosaukumiem oficiāli netika izmantoti. Mācībspēki un studenti priekšroku deva nosaukumam “Baltijas Universitāte,” tas tika izmantots visus trīsarpus universitātes pastāvēšanas gadus.

Baltijas Universitātes mērķi tika definēti tās statūtos, kas tika pieņemti Baltijas Universitātes dibināšanas konferencē Hamburgā Vācijā 09.01.1946. Universitātes mērķis bija piedāvāt iespēju iegūt akadēmisku izglītību Baltijas valstu jauniešiem, bet Baltijas valstis pārstāvošiem pasniedzējiem – iespēju nodarboties ar zinātni. 17.07.1946. notiekošajā konferencē par universitātes darbības mērķiem izvirzīja studentu sagatavošanu studijām Vācijas augstākās izglītības iestādēs un intensīvas angļu valodas apmācības izceļošanas gadījumā. Profesors Fricis Gulbis uzskatīja, ka universitātes galvenais mērķis ir baltiešu jauniešu izraušana no DP nometnēs valdošas bezdarbības un prāta degradācijas. Baltijas Universitātes uzdevums bija turpināt Baltijas valstu augstāko mācību iestāžu, galvenokārt Latvijas Universitātes, tradīcijas (mācību programmas, sabiedriskās aktivitātes, studentu organizācijas).

Baltijas Universitātes dibināšanas konference notika 08.01.‒09.01.1946. Hamburgā, debesskrāpja Deutscher Ring telpās. Drīz pēc dibināšanas konferences universitātei atvēlētās telpas tika piešķirtas britu militārās pārvaldes vajadzībām, bet universitātes vajadzībām tika meklētas citas telpas. Baltijas Universitāte darbību sāka 07.03.1946. Otrajā pasaules karā ievērojami cietušajās Hamburgas Vēstures muzeja (Museum für Hamburgische Geschichte) telpās. Oficiālā universitātes atklāšana jeb Maija festivāls tika atzīmēts 24.‒25.05.1946. 1947. gada janvārī universitāte tika pārcelta uz bijušajām lidotāju kazarmām Pinnebergā, kur tā darbojās līdz pat slēgšanai 30.09.1949.

Sākotnēji tika iecerēts veidot Akadēmiskos kursus Baltijas valstu jauniešiem pie Hamburgas Universitātes (Universität Hamburg), tomēr, kad universitātes vadība šādai sadarbības formai nepiekrita, tika izveidota Organizācijas komiteja. Organizācijas komiteja atļaujas universitātes veidošanai saņēma gan no britu militārās pārvaldes (10.1945.), gan Lielbritānijas Ārlietu ministrijas (18.11.1945.). Dibinot universitāti, militārā valdība paturēja tiesības uzraudzīt universitātes mācību programmu un pārbaudīt mācībspēku politisko uzticamību, bet UNRRA (līdz 1946. gadam) un pēc tam Starptautiskā Bēgļu organizācija (International Refugee Organization, IRO) uzraudzīja sagādi un citas saimnieciskās lietas.

Finansiāls atbalsts universitātes veidošanai tika lūgts un dažādā apmērā saņemts no vairākām bēgļu izveidotām organizācijām, piemēram, Latviešu karavīru palīdzības organizācija sniedza aizdevumu 5000 reihsmarku (RM) apmērā. Tāpat 23.01.1946. notikušajā rektoru sanāksmē tika nolemts no studentiem iekasēt brīvprātīgu iestāšanās maksu līdz 20 RM. To beidza iekasēt 21.07.1947. līdz ar finansiālo apstākļu pasliktināšanos. Arī pārējie bēgļi atbalstīja Baltijas Universitātes pastāvēšanu, piemēram, latviešu teātris Lībekā universitātes vajadzībām ziedoja 1422 RM, kuras ieguva, 05.1946. izrādot izrādi “Minhauzena precības”. Universitāte saņēma arī dažādus materiālus ziedojumus, piemēram, grāmatas. Finansējums Baltijas Universitātei mācībspēku atalgojumam nāca no UNRRA, bet vēlāk no IRO.

Baltijas Universitātē fakultātes tika veidotas, ņemot vērā pasniedzēju pieejamību, tāpēc fakultātēs pastāvēja tādas nodaļas, kas klasiskajās universitātēs veidotu atsevišķas fakultātes. Baltijas Universitātē sākotnēji tika izveidota Arhitektūras un inženierzinātņu fakultāte ar arhitektūras un inženierzinātņu nodaļām, Filoloģijas fakultāte ar filoloģijas, filozofijas, pedagoģijas, vēstures un teoloģijas nodaļām, Ķīmijas fakultāte ar ķīmijas, ķīmiskās tehnoloģijas un farmācijas nodaļām, Lauksaimniecības fakultāte ar lauksaimniecības, mežkopības, kultūrinženierzinātņu, ģeodēzijas un veterinārmedicīnas nodaļām, Matemātikas un dabaszinātņu fakultāte ar matemātikas un dabaszinātņu nodaļām, Medicīnas fakultāte ar medicīnas un zobārstniecības nodaļām, Mehānikas fakultāte ar mehānikas, elektrotehnikas un tehnoloģijas nodaļām, Tautsaimniecības un tieslietu fakultāte ar tautsaimniecības un tieslietu nodaļām. Līdz ar studentu un mācībspēku skaita samazināšanos līdz 30.09.1949. samazinājās arī fakultāšu un nodaļu skaits. Universitātes oficiālā darba valoda bija vācu valoda, tās lietošana dominēja administrācijā. Universitāti vadīja ievēlēts prezidents un viceprezidents. Tiem bija pakļauti katras nācijas atsevišķi ievēlēti rektori. Katrs universitātes rektors pildīja divas funkcijas: vispirms vadīja savas nacionalitātes mācībspēkus un studentus un papildus – kādu noteiktu universitātes sektoru (studentu lietas, saimniecība un administrācija). Saistībā ar britu militāro pārvaldi Baltijas Universitātē tika izmantota arī angļu valoda. Lekcijas, ja tās notika tikai latviešiem, igauņiem vai lietuviešiem, varēja notikt to dzimtajā valodā.

Pasniedzēju un studentu skaits universitātes pastāvēšanas laikā mainījās. Visā pastāvēšanas laikā visvairāk mācībspēku un studentu bija no Latvijas. 07.1946. universitātē bija 140 mācībspēku (28 igauņi, 75 latvieši, 37 lietuvieši), bet oktobrī bija 162 pasniedzēji. 1947. gadā kopā bija 197 pasniedzēji, no kuriem 104 bija latvieši, 45 igauņi, 48 lietuvieši. 25.03.1948. universitātē bija 147 atalgoti mācībspēki (28 igauņi, 90 latvieši, 29 lietuvieši). 1949. gada vidū universitātē bija 110 mācībspēki, bet augustā universitātē bija 51 mācībspēks.

14.03.1946. universitātē bija 300 studentu. Baltijas Universitātē 11.1946. studēja 58,4 % latviešu, 28,2 % lietuviešu un 13,4 % igauņu studentu. Laika gaitā latviešu studentu īpatsvars pieauga – 12.1947. procentuālais studentu sadalījums pa tautībām bija 67 % latviešu, 20,8 % lietuviešu un 12,2 % igauņu, bet 07.1949. latviešu studenti kopā veidoja 72,7 %, lietuvieši – 14,6 % un igauņi – 11,5 %. Kopā universitātē trīsarpus gadu laikā studēja nedaudz vairāk nekā 2000 baltiešu jauniešu.

Baltijas Universitātē tika dibinātas un darbojās vairākas studentu organizācijas: latviešu studentu korporācijas “Fraternitas Imantica” (18.02.1947.), “Gersicania” (14.03.1947.), “Fraternitas Cursica” (07.05.1947.), igauņu studentu korporācija “Fraternitas Ucuensis” (03.10.1948.), latviešu studenšu korporācijas “Spīdola” (11.03.1947.) un “Zinta” (21.04.1947.), akadēmiskā vienība “Auseklis” (06.12.1947.). Latvijas Katoļu studentu un akadēmiķu organizācija tika nodibināta Getingenē 02.02.1947., bet tās centrs atradās Baltijas Universitātē Pinnebergā.

Baltijas Universitāti vadīja trīs prezidenti: Fricis Gulbis (09.01.1946.–30.09.1948.), Vlads Stanka (Vladas Stanka, 01.10.1948.–15.06.1949.) un Eduards Šturms (16.06.1949.–30.09.1949.).

Baltijas Universitātes darbība latviešu valodā atspoguļota divos romānos, kuru autori daļu sava studiju laika bija pavadījuši Baltijas Universitātē. Modris un Dzidra Zeberiņi kopīgi sarakstījuši romānu “Ūpji” (1952). Romānā aprakstītas filozofijas studentu savstarpējās attiecības Baltijas Universitātē Pinnbergas darbības posmā. 1956. gadā iznācis Dzintara Freimaņa romāns “Viļņi” (1956). Baltijas Universitātes darbība atspoguļota arī Helgas Meritsas (Helga Merits) dokumentālajā filmā “Baltijas Universitātes stāsts” (The Story of the Baltic University, 2015). Baltijas Universitāte pieminēta arī rakstnieces un filoloģes Lūcijas Bērziņas atmiņu grāmatā “Pa svešiem lielceļiem“ (1994).