Morfēmikas pamati likti Amerikas strukturālisma valodnieku Zeliga Herisa (Zellig Sabbettai Herris), Čārlza Hoketa (Charles Francis Hockett) un arī Jūdžina Naidas (Eugene Albert Nida) pētījumos 20. gs. 40.–50.gados kā tiešs Leonarda Blūmfīlda (Leonard Bloomfield) teorētisko uzskatu turpinājums. Tie atspoguļoti, piemēram, viņa darbā “Valoda” (Language, 1933). Viens no svarīgākajiem analīzes objektiem šajā valodniecības virzienā bija morfēmu izkārtojuma, resp., morfotaktikas, izpēte, morfēmu apkaime un saistīšanās procesi. Tādējādi Amerikas strukturālisti bija vieni no pirmajiem, kas sistēmiski analizēja morfēmas un to funkcijas. Sākotnēji morfēmika pēc fonētikas parauga tika izvirzīta kā patstāvīga valodniecības nozare, kas pētī vārda vai vārdformas iekšējo struktūru un tās sastāvdaļas – morfēmas.
Tādējādi atšķirībā no iepriekšējām valodniecības tradīcijām, kur par valodas sistēmas analīzes sākumpunktu tika uzskatīts vārds, Amerikas 20. gs. vidus strukturālismā tika pamatots, ka mazākā valodas sistēmas vienība, kas spēj izteikt nozīmi, ir morfēma. Tātad valodas sistēmas analīze sākama ar morfēmu. Tomēr šis viedoklis raisīja daudz diskusiju, jo saziņas procesā galvenais tomēr ir vārds, ne atsevišķas morfēmas. Problēmu radīja arī tas, ka valodu morfoloģiskā tipoloģija var būt atšķirīga un pat vienā valodā leksiskas vai gramatiskas nozīmes ne vienmēr tiek izteiktas tikai ar morfēmu palīdzību. Piemēram, indoeiropiešu valodas ir t. s. morfēmu valodas, kur vārdi visbiežāk ir vairāku morfēmu (saknes un afiksu) kombinācijas, sal. latviešu valodas vārdus lapa (lap- sakne, -a galotne) un iemācīt (ie- priedēklis, māc- sakne, -ī- piedēklis, -t galotne). Taču ir arī valodas (piemēram, ķīniešu), kur vārdu pamatā ir tikai viena morfēma – sakne, kas nav dalāma mazākās vienībās, kurām būtu sava nozīme. Tātad šādās valodās par vārdu morfēmisko struktūru nav iespējams runāt un valodas sistēmas svarīgākā vienība ir vārds. Savukārt, piemēram, angļu valodā, lai gan tā ir t. s. morfēmu valoda, ir lietvārdi, kam daudzskaitlis tiek veidots atšķirīgi no parastās sistēmas, kas paredz galotnes -s pievienojumu (sal. cat – cat-s ‘kaķis – kaķi’, dog – dog-s ‘suns – suņi’, day ‒ day-s ‘diena – dienas’). Vārdam sheep ‘aita’ vienskaitļa un daudzskaitļa forma neatšķiras, atkarībā no konteksta sheep var būt gan ‘aita’, gan ‘aitas’. Tādiem vārdiem kā mouse ‘pele’, foot ‘pēda’, tooth ‘zobs’ daudzskaitļa formas izteikšanā tiek izmantota patskaņu mija (mice ‘peles’, feet ‘pēdas’, teeth ‘zobi’), kas nav nodalāma kā īpaša morfēma.
Tāpēc blakus uzskatam, ka morfēmika ir īpaša valodniecības nozare, vienmēr bijis arī otrs – morfēmu analīze ir morfoloģijas jautājums un morfēmika ir tās apakšnozare. Arī mūsdienu valodniecībā morfēmika par patstāvīgu valodniecības nozari netiek uzskatīta, tā ietilpst morfoloģijā kā īpaša tās daļa, kas pētī morfēmas un to funkcijas valodas sistēmā. Vienlaikus morfēmika ir cieši saistīta arī ar fonētiku, fonoloģiju un morfonoloģiju, jo, morfēmām saistoties vārddarināšanas vai formveidošanas procesos, tās savstarpēji pielāgojas, kā sekas var būt gan pozicionālas, gan vēsturiskas skaņu mijas. Savukārt morfēmu izkārtojuma likumību izpēte saista morfēmiku un sintaksi.