Ar morfonoloģiju saprot arī valodas morfonoloģisko parādību kopumu, kā arī morfonoloģisko parādību sistēmisku aprakstu, piemēram, latviešu valodas morfonoloģiju, angļu valodas morfonoloģiju, somu valodas morfonoloģiju. Morfonoloģija ir cieši saistīta ar vairākām valodniecības nozarēm – fonētiku, fonoloģiju, morfoloģiju, morfēmiku un sintaksi.

Valodniecībā lieto arī terminus “morfofonoloģija” un “morfofonēmika”. Pirmais variants plašāk tiek lietots Eiropas valodniecībā, savukārt otrais – lingvistiskajos pētījumos Amerikā. Mūsdienu valodniecībā termini “morfonoloģija”, “morfofonoloģija” un “morfofonēmika” ir sinonīmi.

Morfonoloģiskās parādības valodā izpaužas kā dinamiska fonoloģijas un morfoloģijas mijiedarbība, proti, starplīmeņu parādība. Vārdu darināšanas vai gramatisko formu veidošanas gaitā morfēmas var fonētiski variēties, jo kombinējoties tās savstarpēji pielāgojas. Pielāgošanās sekas ir dažādas skaņu mijas, kā arī morfēmu varianti jeb alomorfi, piemēram, latīņu valodā sakņu claud- un ūt- alomorfi divdabjos claus-us <*claud-t-us ‘aizvērts’, ūs-us <*ūd-t-us ‘lietots’. Valodas vienības var mainīties arī uzsvara vai intonācijas ziņā, piemēram, angļu valodā vārda uzsvara maiņa var būt saistīta ar vārdšķiru šķīrumu – pre˙sent ‘dāvināt’ – ˙present ‘dāvana’. Savukārt, piemēram, lietuviešu valodā vārda uzsvara maiņa var būt saistīta ar gramatisko formu veidošanu – aukštà – àukštai ‘augsta (sieviešu dzimtes vienskaitļa nominatīvs) – augstai (sieviešu dzimtes vienskaitļa datīvs)’. Ikvienas valodas vienības, t. sk. morfēmas, variēšanās vienmēr ir saistīta ar leksisku un gramatisku nozīmju izteikšanu. Par morfonoloģijas vienībām tradicionāli tiek uzskatītas morfonēmas – fonēmas, kas mijas alomorfos (sk. d un s miju latīņu valodas piemēros). Morfonoloģijas vienības ir arī supramorfēmas – elementāras nozīmīgas vienības (uzsvars vai intonācija), kuru izpausme ir saistīta ar zilbi, vārdu vai teikumu (sk. lietuviešu valodas piemēru).

Morfonoloģiskas parādības valodā aprakstītas jau antīkajās gramatikās – Pānini (पाणिनि) sanskrita gramatikā (aptuveni 6.–2. gs. p. m. ē.), kā arī grieķu, romiešu, ķīniešu un arābu gramatikās. Tās analizētas arī jaungramatiķu pētījumos 19. gs. Kā patstāvīgs lingvistiskās izpētes objekts valodas morfonoloģiskās parādības ir kopš 19. gs. otrās puses.

Morfonoloģijas teorija saistībā ar fonoloģijas jautājumu izpēti veidojusies Prāgas lingvistiskajā skolā. Terminu “morfonoloģija” valodniecībā ieviesis šīs skolas pārstāvis Nikolajs Trubeckojs (Николaй Сергeевич Трубецкoй, arī Nikolai Trubetzkoy); viņš ir arī termina autors. N. Trubeckojam pieder ideja par morfēmu fonoloģisko struktūru, kā arī par fonoloģijas un morfoloģijas mijiedarbību kā īpašu izpētes objektu valodā. Tāpēc arī kā sākotnējais variants starplīmeņu parādības apzīmēšanai tiek ieteikts termins “morfofonoloģija” (vācu valodā Morpho-phonologie), taču N. Trubeckojs savos pētījumos lieto paša ieteikto īsāko variantu “morfonoloģija” (vācu valodā Morphonologie), sk., piemēram, rakstus “Par “morfonoloģiju”” (Sur la “Morphonologie”, 1929) un “Pārdomas par morfonoloģiju” (Gedanken über Morphonologie, 1931). N. Trubeckoja monogrāfijā “Krievu valodas morfonoloģiskā sistēma” (Das morphonologische System der russischen Sprache, 1934) pirmo reizi plaši un sistēmiski analizēta fonoloģijas un morfoloģijas saikne, resp., parādīta jauna pieeja valodas struktūras izpētē un aprakstā. Jau savos pirmajos pētījumos fonoloģijā un morfonoloģijā N. Trubeckojs izmantojis arī terminu “morfonēma” (vācu val. Morphonema).

Amerikas lingvistiskajās skolās tiek izmantots paralēls termins “morfofonēmika” (morphophonemics). Morfonoloģijas teorija Amerikas Savienotajās Valstīs veidojusies Prāgas strukturālisma skolas ietekmē, tās aizsācējs ir Leonards Blūmfīlds (Leonard Bloomfield) darbos “Valoda” (Language, 1933) un “Menomini morfofonēmika” (Menomini morphophonemics, 1939). Taču atšķirībā no Eiropas lingvistiskajām tradīcijām sākotnēji Amerikas strukturālisms, īpaši agrīnā ģeneratīvā gramatika 20. gs. 50. gados, neatzina morfoloģiju par valodas sistēmas daļu. Tāpēc dažādi morfoloģijas un morfonoloģijas izpētes jautājumi tika sadalīti starp sintaksi un fonoloģiju, daļēji arī leksiku. Morfēmu saistīšanās un tās funkcijas, resp., morfotaktika, tika analizētas sintaksē, morfēmu variēšanās, resp., alomorfisms – iztirzāts fonoloģijā. Tikai 20. gs. 70. gados, kad morfoloģija ģeneratīvajā gramatikā sāka atgūt savu statusu valodas struktūras līmeņu sistēmā, pārskatīti tika arī fonoloģijā, sintaksē un leksikā analizējamie objekti, piedāvājot arī morfonoloģisku parādību aprakstu.

Vienmēr aktuāls bijis jautājums par to, kurā valodniecības nozarē morfonoloģija būtu ietilpināma. Daļa valodnieku morfonoloģiju ietilpina fonoloģijā, t. i., analizē kā fonoloģijas daļu – pilnībā Edvards Sepīrs (Edward Sapir), Bendžamins Lī Vorfs (Benjamin Lee Whorf), daļēji N. Trubeckojs. Līdzīga pieeja rodama arī citos pētījumos, piemēram, Stīvena Roberta Andersona (Stephen Robert Anderson) darbā “Fonoloģijas sistēma” (The Organization of Phonology, 1974), Rodžera Lesa (Roger Lass) “Fonoloģija” (Phonology, 1984) u. c. Tas skaidrojams ar iepriekš minēto morfoloģijas parādību analīzes principu ģeneratīvajā gramatikā Amerikas strukturālisma skolās vispār. Atšķirībā no šiem uzskatiem, piemēram, Volfgangs Ulrihs Dreslers (Wolfgang Ulrich Dressler) grāmatā “Morfonoloģija: derivācijas dinamika” (Morphonology: The Dynamics of Derivation, 1984) morfonoloģiju traktē kā īpašu valodas sistēmas daļu, kas neietilpst ne fonoloģijā, ne morfoloģijā. Savukārt Ježijs Kurilovičs (Jerzy Kuryłowicz) daļu morfonoloģisko parādību analizē fonoloģijā, daļu – morfoloģijā, cenšoties sadalīt tās pa līmeņiem un neuzskatot morfonoloģiju par atsevišķu valodas struktūras daļu, piemēram, darbos “Indoeiropiešu valodu apofonija” (L'apophonie en indo-européen, 1956) un “Indoeiropiešu valodu akcentoloģija” (L'accentuation des langues indo-européennes, 1958). Līdzīgi uzskati ir arī Markam Aronofam (Mark Aronoff) un Kirstenai Fjudemanei (Kirsten Fudeman) darbā “Kas ir morfoloģija?” (What is Morphology?, 2011). Kopumā valodniecībā ir nostiprinājies uzskats, ka morfonoloģiju iespējams klasificēt kā valodas sistēmas robežzonu, kurā dinamiski mijiedarbojas valodas fonoloģiskie un morfoloģiskie elementi. Svarīgākais izpētes objekts ir morfonoloģisko parādību funkcionālā nozīme valodā, to izpausme valodas gramatiskajā un leksiskajā sistēmā.

Sākotnēji, kopš 19. gs. otras puses, kad valodniecībā galvenā pētniecības metode bija salīdzināmi vēsturiskā pieeja, morfonoloģijas izpēte bija orientēta uz indoeiropiešu valodu vēstures faktiem, analizējot tikai tās fonēmu pārmaiņas, kam ar pozīciju nav sakara – t. s. fonēmu vēsturiskās pārmaiņas, jo tās galvenokārt ir saistītas gan ar vārda gramatiskās vai leksiskās nozīmes maiņu, gan ar vārda morfēmiskā sastāva pārveidošanos un morfēmu variantu jeb alomorfu veidošanos. Viena no pirmajām valodniecībā aprakstītajām morfonoloģiskajām parādībām ir indoeiropiešu valodu mantotā patskaņu mija jeb apofonija (vācu valodā Ablaut). Vispirms tā tika konstatēta ģermāņu valodu materiālā, piemēram, vācu valodā singen ‘dziedāt’, sang ‘dziedāja’, gesungen ‘dziedājis’, Gesang ‘dziesma’, angļu valodā sing ‘dziedāt’, sang ‘dziedāja’, sung ‘dziedājis’, song ‘dziesma’. Mantotā patskaņu mija vēlāk aprakstīta un morfonoloģiski analizēta arī citās indoeiropiešu valodās, t. sk. arī latviešu valodā, piemēram, Martas Rudzītes “Latviešu valodas vēsturiskajā fonētikā” (1993).

20. gs., attīstoties sinhroniskajai valodniecībai, kā morfonoloģijas izpētes objekts ienāk arī pozicionālās skaņu mijas. Lai gan sākotnēji pozicionālās skaņu pārmaiņas netiek saistītas ar gramatisku vai leksisku nozīmi un morfēmu saistīšanās likumībām, tomēr daudzu valodu fakti liecina, ka dažādām patskaņu un līdzskaņu pozicionālajām pārmaiņām vārdformu paradigmās vai vārddarināšanas procesā var būt morfonoloģiska izpausme. Piemēram, angļu valodā daudzskaitļa galotnes -s pozicionālie varianti [s], [z], [ǝz] tiek uzskatīti par alomorfiem vārdos [kats] cats ‘kaķi’, [dogz] dogs ‘suņi’, [ho:sǝz] horses ‘zirgi’, [kawz] cows ‘govis’. Līdzīgi krievu valodā par alomorfiem tiek uzskatīti arī priedēkļa над- varianti [nad], [nat], [nado], [nada], sal. надрисую ‘uzzīmēšu’, надстрою ‘uzbūvēšu (virsū)’, надорван ‘ieplēsts’, надорву ‘ieplēsīšu’.

Katras valodas attīstības gaitā morfonoloģiskas var kļūt arī relatīvi jaunas, tikai kādai konkrētai valodai raksturīgas pozicionālas fonēmu pārmaiņas. Piemēram, vācu un citu ģermāņu valodu priekšējās rindas patskaņu noteikta lietvārdu saknes patskaņu pārskaņa jeb metafonija (vācu val. Umlaut) vienskaitļa un daudzskaitļa pretstatījumā – der Bruder – die Brüder ‘brālis – brāļi’, der Gast – die Gäste ‘viesis – viesi’, der Wolf – die Wölfe ‘vilks –vilki’, der Baum – die Bäume ‘koks – koki’. Tāds pats pārskaņas princips darbojas arī angļu valodā – foot – feet ‘pēda – pēdas’, tooth – teeth ‘zobs – zobi’, mouse – mice ‘pele – peles’. Tātad katras valodas pozicionālās un vēsturiskās fonēmu pārmaiņas ir morfonoloģiskas, daļa no tām var būt kopīga visai valodu saimei, daļa valodu grupai, daļa – individuāli attīstījusies kādā valodā.

Morfonoloģijā nav iespējams norobežoties arī no suprasegmentālām parādībām. Gan vārda uzsvara, gan zilbes intonācijas maiņa daudzās valodās ir cieši saistīta ar dažādiem vārddarināšanas un formveidošanas tipiem, piemēram, lietuviešu valodā uzsvara maiņa darbības vārda formās nešù – nẽša ‘es nesu – viņš / viņi nes’. Tāpat teikuma semantiskās nianses var būt atkarīgas no runātas intonācijas, piemēram, latviešu, lietuviešu u. c. valodās jautājuma teikumiem raksturīga kāpjoša intonācija. Tāpēc suprasegmentālas (prosodiskas) parādības ietilpst morfonoloģijā analizējamos jautājumos.

Mūsdienu valodniecībā tiek uzskatīts, ka valodas sistēmā tieši dažādas morfoloģiskas kategorijas un to paradigmas, kā arī vārddarināšanas modeļi ir tie, kas nosaka fonoloģiskas un morfonoloģiskas pārmaiņas, nevis otrādi. Morfonoloģijas objekts mūsdienu valodniecībā ir plašāks nekā sākotnēji, jo morfēmu analīze nav ierobežota tikai ar vēsturiskām fonēmu pārmaiņām, iztirzātas tiek arī dažādas pozicionālās pārmaiņas, kā arī suprasegmentālu (prosodisku) valodas vienību izpausme. Par morfonoloģijas objektu mūsdienu valodniecībā tiek uzskatīts:

1)      morfēmu skaniskais sastāvs;

2)      morfēmu pārveide vārddarināšanas un formveidošanas procesā;

3)      morfēmu saduras likumības;

4)      suprasegmentālas parādības.

Morfonoloģijas pētījumi tiek veikti gan no fonoloģijas skatupunkta (piemēram, Džoanas Baibijas (Joan Bybee) “Fonoloģija un valodas lietojums” (Phonology and Language Use, 2001)), gan iekļaujot morfonoloģisku jautājumu apskatu morfoloģijā, piemēram, Endrjū Spensera (Andrew Spencer) “Morfoloģijas teorija” (Morphological Theory, 2000), Martina Haspelmata (Martin Haspelmath) un Andreas Simsas (Andrea Sims) “Morfoloģijas izpratne” (Understanding Morphology, 2010). Vienlaikus tiek veidoti arī īpaši dažādu valodu, dialektu, sociolektu u. c. valodas paveidu morfonoloģiski apraksti, piemēram, Martas Harasovskas (Marta Harasowska) “Variēšanās, produktivitāte un pārmaiņas morfofonēmikā. Rusīnu valodas apraksts” (Morphophonemic Variability, Productivity, and Change. The Case of Rusyn, 1999). Pieaug arī tādu gramatiku skaits, kurās valodas gramatiskās sistēmas aprakstā blakus tradicionālajām morfoloģijas un sintakses daļām tiek iekļauta arī atsevišķa morfonoloģijas daļa, kas ļauj vienuviet un sistēmiski aplūkot konkrētas valodas vārdu darināšanas un gramatisko formu veidošanas rezultātā radušās skaņu mijas, morfēmu variantus, uzsvara paradigmu tipus (ja valodā ir brīvais vārda uzsvars) u. c. jautājumus, piemēram, “Lietuviešu valodas gramatika” (Lithuanian Grammar, 1997) Vītauta Ambraza (Vytautas Ambrazas) redakcijā, “Latviešu valodas gramatika” (2013, atk. izd. 2015) Dainas Nītiņas un Jura Grigojeva redakcijā, Ulda Baloža “Juku valodas gramatika” (Yuki Grammar, 2016).

Morfonoloģijā tiek izmantotas lielākā daļa mūsdienu valodniecībā pazīstamo metožu un pieeju – ģeneratīvisms, kognitīvisms, deskriptīvisms, valodas vienību tipoloģiska analīze, joprojām arī salīdzināmi vēsturiskā metode un citas.

Morfonoloģijas jautājumu izpēte parasti notiek tais universitātēs vai pētniecības centros, kur tiek īstenoti gan sinhroniski, gan diahroniski fonētikas, fonoloģijas, morfoloģijas vai gramatikas, arī tipoloģijas projekti un strādā attiecīgās jomas valodnieki, piemēram, Helsinku Universitātē (Helsingin yliopisto) Somijā, Lēvenes Katoļu universitātē (Katholieke Universiteit Leuven) Beļģijā, Masačūsetsas Tehnoloģiju institūtā (Massachusetts Institute of Technology) Amerikas Savienotajās Valstīs, Leipcigas Universitātē (Universität Leipzig) un Maksa Planka Cilvēces vēstures zinātnes institūta (Max-Planck-Institut für Menschheitsgeschichte) Valodas un kultūras evolūcijas departamentā (Abteilung Sprach- und Kulturevolution) Vācijā, Kalifornijas Universitātē (University of California) Santa Barbarā Amerikas Savienotajās Valstīs, Kembridžas Universitātē (University of Cambridge), Oksfordas Universitātē (University of Oxford) un Sarijas Universitātē (University of Surrey) Apvienotajā Karalistē.

Par morfonoloģijas jautājumiem tiek rakstīts gan fonētikas un fonoloģijas jautājumu periodikā (piemēram, Phonology, kas iznāk kopš 1984. gada un ko izdod Cambridge University Press), gan morfoloģijas, morfēmikas, vārddarināšanas un sintakses kontekstā sinhroniskā un diahroniskā vai tipoloģiskā skatījumā. Parasti šādiem periodiskiem izdevumiem raksturīga vispārīga ievirze un tematiska daudzveidība, iekļaujot arī morfonoloģijas problemātiku, piemēram, Folia Linguistica. Acta Societatis Linguisticae Europaeae (izdod De Gruyter Mouton, kopš 1967. gada), Folia Linguistica Historica. Acta Societatis Linguisticae Europaeae (izdod De Gruyter Mouton, kopš 1980. gada), Journal of Linguistics (izdod Cambridge University Press, kopš 1965. gada), Linguistics (izdod De Gruyter Mouton, kopš 1963. gada), Theoretical Linguistics (izdod De Gruyter Mouton, kopš 1975. gada), Language (izdod Amerikas Lingvistu biedrība (Linguistic Society of America), kopš 1925. gada), Linguistic Inquiry (izdod The Massachusetts Institute of Technology Press, kopš 1970. gada).