Nozares teorijas un galvenās pētniecības metodes Vienmēr aktuāls bijis jautājums par to, kurā valodniecības nozarē morfonoloģija būtu ietilpināma. Daļa valodnieku morfonoloģiju ietilpina fonoloģijā, t. i., analizē kā fonoloģijas daļu – pilnībā Edvards Sepīrs (Edward Sapir), Bendžamins Lī Vorfs (Benjamin Lee Whorf), daļēji N. Trubeckojs. Līdzīga pieeja rodama arī citos pētījumos, piemēram, Stīvena Roberta Andersona (Stephen Robert Anderson) darbā “Fonoloģijas sistēma” (The Organization of Phonology, 1974), Rodžera Lesa (Roger Lass) “Fonoloģija” (Phonology, 1984) u. c. Tas skaidrojams ar iepriekš minēto morfoloģijas parādību analīzes principu ģeneratīvajā gramatikā Amerikas strukturālisma skolās vispār. Atšķirībā no šiem uzskatiem, piemēram, Volfgangs Ulrihs Dreslers (Wolfgang Ulrich Dressler) grāmatā “Morfonoloģija: derivācijas dinamika” (Morphonology: The Dynamics of Derivation, 1984) morfonoloģiju traktē kā īpašu valodas sistēmas daļu, kas neietilpst ne fonoloģijā, ne morfoloģijā. Savukārt Ježijs Kurilovičs (Jerzy Kuryłowicz) daļu morfonoloģisko parādību analizē fonoloģijā, daļu – morfoloģijā, cenšoties sadalīt tās pa līmeņiem un neuzskatot morfonoloģiju par atsevišķu valodas struktūras daļu, piemēram, darbos “Indoeiropiešu valodu apofonija” (L'apophonie en indo-européen, 1956) un “Indoeiropiešu valodu akcentoloģija” (L'accentuation des langues indo-européennes, 1958). Līdzīgi uzskati ir arī Markam Aronofam (Mark Aronoff) un Kirstenai Fjudemanei (Kirsten Fudeman) darbā “Kas ir morfoloģija?” (What is Morphology?, 2011). Kopumā valodniecībā ir nostiprinājies uzskats, ka morfonoloģiju iespējams klasificēt kā valodas sistēmas robežzonu, kurā dinamiski mijiedarbojas valodas fonoloģiskie un morfoloģiskie elementi. Svarīgākais izpētes objekts ir morfonoloģisko parādību funkcionālā nozīme valodā, to izpausme valodas gramatiskajā un leksiskajā sistēmā.
Sākotnēji, kopš 19. gs. otras puses, kad valodniecībā galvenā pētniecības metode bija salīdzināmi vēsturiskā pieeja, morfonoloģijas izpēte bija orientēta uz indoeiropiešu valodu vēstures faktiem, analizējot tikai tās fonēmu pārmaiņas, kam ar pozīciju nav sakara – t. s. fonēmu vēsturiskās pārmaiņas, jo tās galvenokārt ir saistītas gan ar vārda gramatiskās vai leksiskās nozīmes maiņu, gan ar vārda morfēmiskā sastāva pārveidošanos un morfēmu variantu jeb alomorfu veidošanos. Viena no pirmajām valodniecībā aprakstītajām morfonoloģiskajām parādībām ir indoeiropiešu valodu mantotā patskaņu mija jeb apofonija (vācu valodā Ablaut). Vispirms tā tika konstatēta ģermāņu valodu materiālā, piemēram, vācu valodā singen ‘dziedāt’, sang ‘dziedāja’, gesungen ‘dziedājis’, Gesang ‘dziesma’, angļu valodā sing ‘dziedāt’, sang ‘dziedāja’, sung ‘dziedājis’, song ‘dziesma’. Mantotā patskaņu mija vēlāk aprakstīta un morfonoloģiski analizēta arī citās indoeiropiešu valodās, t. sk. arī latviešu valodā, piemēram, Martas Rudzītes “Latviešu valodas vēsturiskajā fonētikā” (1993).
20. gs., attīstoties sinhroniskajai valodniecībai, kā morfonoloģijas izpētes objekts ienāk arī pozicionālās skaņu mijas. Lai gan sākotnēji pozicionālās skaņu pārmaiņas netiek saistītas ar gramatisku vai leksisku nozīmi un morfēmu saistīšanās likumībām, tomēr daudzu valodu fakti liecina, ka dažādām patskaņu un līdzskaņu pozicionālajām pārmaiņām vārdformu paradigmās vai vārddarināšanas procesā var būt morfonoloģiska izpausme. Piemēram, angļu valodā daudzskaitļa galotnes -s pozicionālie varianti [s], [z], [ǝz] tiek uzskatīti par alomorfiem vārdos [kats] cats ‘kaķi’, [dogz] dogs ‘suņi’, [ho:sǝz] horses ‘zirgi’, [kawz] cows ‘govis’. Līdzīgi krievu valodā par alomorfiem tiek uzskatīti arī priedēkļa над- varianti [nad], [nat], [nado], [nada], sal. надрисую ‘uzzīmēšu’, надстрою ‘uzbūvēšu (virsū)’, надорван ‘ieplēsts’, надорву ‘ieplēsīšu’.
Katras valodas attīstības gaitā morfonoloģiskas var kļūt arī relatīvi jaunas, tikai kādai konkrētai valodai raksturīgas pozicionālas fonēmu pārmaiņas. Piemēram, vācu un citu ģermāņu valodu priekšējās rindas patskaņu noteikta lietvārdu saknes patskaņu pārskaņa jeb metafonija (vācu val. Umlaut) vienskaitļa un daudzskaitļa pretstatījumā – der Bruder – die Brüder ‘brālis – brāļi’, der Gast – die Gäste ‘viesis – viesi’, der Wolf – die Wölfe ‘vilks –vilki’, der Baum – die Bäume ‘koks – koki’. Tāds pats pārskaņas princips darbojas arī angļu valodā – foot – feet ‘pēda – pēdas’, tooth – teeth ‘zobs – zobi’, mouse – mice ‘pele – peles’. Tātad katras valodas pozicionālās un vēsturiskās fonēmu pārmaiņas ir morfonoloģiskas, daļa no tām var būt kopīga visai valodu saimei, daļa valodu grupai, daļa – individuāli attīstījusies kādā valodā.
Morfonoloģijā nav iespējams norobežoties arī no suprasegmentālām parādībām. Gan vārda uzsvara, gan zilbes intonācijas maiņa daudzās valodās ir cieši saistīta ar dažādiem vārddarināšanas un formveidošanas tipiem, piemēram, lietuviešu valodā uzsvara maiņa darbības vārda formās nešù – nẽša ‘es nesu – viņš / viņi nes’. Tāpat teikuma semantiskās nianses var būt atkarīgas no runātas intonācijas, piemēram, latviešu, lietuviešu u. c. valodās jautājuma teikumiem raksturīga kāpjoša intonācija. Tāpēc suprasegmentālas (prosodiskas) parādības ietilpst morfonoloģijā analizējamos jautājumos.
Mūsdienu valodniecībā tiek uzskatīts, ka valodas sistēmā tieši dažādas morfoloģiskas kategorijas un to paradigmas, kā arī vārddarināšanas modeļi ir tie, kas nosaka fonoloģiskas un morfonoloģiskas pārmaiņas, nevis otrādi. Morfonoloģijas objekts mūsdienu valodniecībā ir plašāks nekā sākotnēji, jo morfēmu analīze nav ierobežota tikai ar vēsturiskām fonēmu pārmaiņām, iztirzātas tiek arī dažādas pozicionālās pārmaiņas, kā arī suprasegmentālu (prosodisku) valodas vienību izpausme. Par morfonoloģijas objektu mūsdienu valodniecībā tiek uzskatīts:
1) morfēmu skaniskais sastāvs;
2) morfēmu pārveide vārddarināšanas un formveidošanas procesā;
3) morfēmu saduras likumības;
4) suprasegmentālas parādības.