Jēdziena lietojums un izpēte Morfēmas pēc to funkcijām valodā tradicionāli dala divās daļās: leksiskajās morfēmās, resp., saknēs, un gramatiskajās morfēmās, resp., afiksos. Sakne ir vissvarīgākā morfēma, jo tā ietver vārda leksisko nozīmi, tāpēc vārds nevar būt bez saknes. Savukārt afiksi (priedēkļi, piedēkļi, galotnes u. c.), lai gan izsaka dažādas gramatiskas nozīmes, nav obligātas morfēmas vārdā. Atkarībā no valodas morfoloģiskā tipa, tajā vai nu dominē sakņu vārdi (piemēram, jorubu valodā Rietumāfrikā, arī ķīniešu un vjetnamiešu valodā), vai arī vārdi, kuri parasti ir saknes un afiksu kombinācijas, bet iespējami arī sakņu vārdi (piemēram, lietuviešu, vācu, spāņu, igauņu, somu, turku, arābu valodā). Arī latviešu valodā vārdos (vai vārdu formās) parasti ir vairākas morfēmas – sakne un viens vai vairāki afiksi, piemēram, saule (sakne saul-, galotne -e), zaļgans (sakne zaļ-, piedēklis -gan-, galotne -s), uzzināt (priedēklis uz-, sakne zin-, piedēklis -ā-, galotne -t). Taču ir arī vienas morfēmas, resp., sakņu vārdi, piemēram, apstākļa vārdi rīt, te, daudz, prievārdi ap, uz, pa, arī lietvārda vokatīva forma tēv!, darbības vārdu augt un dziedāt tagadnes 3. personas formas aug, dzied.
Vārdi un vārdu formas var būt monomorfēmiski (ir tikai viena morfēma – sakne, piemēram, vārdi es, tu, te, tik) un polimorfēmiski – blakus saknei ir arī viens vai vairāki afiksi (galotne, piedēklis, priedēklis), piemēram, vārdā augt ir divas morfēmas: sakne aug- un galotne -t, vārdā priedājs ir trīs morfēmas: sakne pried-, piedēklis -āj- un galotne -s, vārdā iezaļgans ir četras morfēmas: priedēklis ie-, sakne zaļ-, piedēklis -gan-, galotne -s. Savukārt vārdā saldskābmaize ir četras morfēmas, no kurām trīs ir saknes: sald-, skāb-, maiz-, un galotne -e. Tātad morfēmu skaits un kombinācijas vārdā (vai vārda formā) var būt dažāds, taču jābūt vismaz vienai saknei.
Morfēmas, parasti afiksi – piedēkļi, priedēkļi, galotnes –, pēc to funkcijām tiek dalītas arī vārddarināšanas un formveidošanas morfēmās. Ar vārddarināšanas morfēmu palīdzību tiek darināti jauni vārdi, piemēram, latviešu valodā no darbības vārda iet ar piedēkli -šan- un galotni -a ir darināts lietvārds iešana, no īpašības vārda sarkans ar priedēkli ie- darināts īpašības vārds iesarkans, no darbības vārda tērpt ar galotni -s darināts lietvārds tērps. Savukārt formveidošanas morfēmas tiek izmantotas vārda gramatisko formu veidošanā, piemēram, lietvārdam saule dzimti, skaitli un locījumu norāda galotne – saul-e, saul-es, saul-ei, saul-ē utt., darbības vārdam nirt tagadnes un nākotnes nozīmi izsaka piedēklis – nir-st-u (tagadne), nir-š-u (nākotne), bet vajadzības izteiksmes nozīmi piešķir priedēklis – jā-nirst.
Morfēmu izkārtojums jeb morfotaktika vārdā balstās uz vispārīgiem un daudzām valodām kopīgiem principiem. Jebkurā valodā centrālā morfēma vienmēr ir sakne. Pirms saknes un aiz tās var būt vai nu vārddarināšanas morfēmas (aug-t – iz-aug-t, audz-ē-t), vai arī formveidošanas morfēmas (aug-t – jā-aug, sie-t – sie-n-u). Taču, ja vārdā vai vārdformā ir abu veidu morfēmas, tad vienmēr tuvāk saknei ir vārddarināšanas morfēmas (ap-zin-īg-s – vis-ap-zin-īg-āk-ais, aiz-nes-t – jā-aiz-nes, nēs-ā-t – nēs-ā-j-us-i).
Ne vienmēr valodā morfēma un tās nozīme ir vienots veselums. Te iespējami vairāki asimetrijas gadījumi:
1) viena morfēma var ietvert divējādu vai pat trejādu nozīmi, piemēram, lietvārdu locījumu galotnes lietuviešu, latviešu, kā arī dažādās slāvu valodās vienlaikus izsaka dzimti, skaitli un locījumu (lietuviešu valodā sieviešu dzimtes lietvārds ašara ‘asara’ vienskaitļa nominatīvā ašar-a, ģenitīvā ašar-os, datīvā ašar-ai, akuzatīvā ašar-ą, čehu valodā nekatras dzimtes lietvārds město ‘vieta’ vienskaitļa nominatīvā měst-o, ģenitīvā měst-a, datīvā měst-u, akuzatīvā měst-o);
2) divas morfēmas reizē var funkcionēt kā viena vienība, izsakot noteiktu nozīmi, piemēram, vācu valodas pagātnes divdabja formās, kas veidotas ar ge- ... -(e)t un ge- ... -en: frag-en ‘jautāt’ – ge-frag-t ‘jautājis’, zeichn-en ‘zīmēt’ – ge-zeichn-(e)t ‘zīmējis’, fang-en ‘ķert’ – ge-fang-en ‘ķēris’;
3) gramatiskā nozīme var būt izteikta ar morfēmas neesamību, resp., nulles morfēmu, piemēram, čehu valodā lietvārdam den ‘diena’ ir nulles morfēma vienskaitļa nominatīvā den-ø un akuzatīvā den-ø, sal. arī latviešu valodas vokatīva formas tēv-ø!, mās-ø!, māt-ø!;
4) sastopamas arī morfēmas bez savas semantikas, piemēram, interfiksi -(d)- un -(ņ)- latviešu valodā darbības vārdu darināšanā: mī-t – mī-(d)-ī-t, mī-(ņ)-ā-t.
