Jēdziena lietojums un izpēte Valodniecībā ir dažādi viedokļi par alomorfu būtību, kas saistīti ar atšķirīgu morfēmu variēšanās cēloņu izpratni.
1. Visas morfēmas, kam ir līdzīga nozīme vai funkcija, uzskatāmas par alomorfiem. Tādējādi alomorfi ir, piemēram, visu sešu deklināciju nominatīva galotnes latviešu valodā (-s, -š, -is, -us, -a, -e) vai arī dažādi deminutīvu piedēkļi (-iņ-, -el-, -uk-, -ēn-) un tamlīdzīgi. Tātad alomorfu cēlonis šādā izpratnē ir morfēmu gramatisko vai leksisko funkciju līdzība.
Ar šo alomorfa izpratni saistāma arī nulles morfēmas ideja. Nulles morfēma ir paradigmas trūkstošais elements, kas funkcionē kā noteiktu gramatisko formu pazīme. Šādu morfēmu iespējams aprakstīt tāpēc, ka valodā ir t. s. pilnās paradigmas. Balstoties uz pilno paradigmu formu morfēmisko struktūru, nulles morfēma uzskatāma par trūkstošās morfēmas alomorfu. Latviešu valodā nulles morfēmas sastopamas formveidošanā, piemēram, darbības vārdu vienkāršās tagadnes vienskaitļa 2. un vienskaitļa / daudzskaitļa 3. personā kā personas galotnes alomorfs (tu sit-ø, viņš / viņi sit-ø; sal. pagātnes formas tu sit-i, viņš / viņi sit-a), kā arī lietvārda vokatīva formā kā locījumu galotnes alomorfs (sal. tēv-ø!, māt-ø!, mās-ø! un brāl-i!, Mik-u!).
2. Alomorfisms ir saistāms ar vārda vai vārdformas fonētisko un morfoloģisko struktūru, jo alomorfi parasti ir saknes un afiksu savienošanās blakusparādība. Lai izvairītos no neērtiem patskaņu vai līdzskaņu sablīvējumiem morfēmu savienojumos, notiek katrai valodai raksturīgi fonētiski asimilācijas, disimilācijas u. c. procesi, kuru rezultāts ir alomorfi. Tātad šajā gadījumā svarīgākā ir formālā līdzība. Turklāt katrs šāds alomorfs ir saistīts ar noteiktu gramatisko vai leksisko funkciju, t. i., tas fiksējams vārddarināšanas vai formveidošanas procesā. Piemēram, latviešu valodā saknes mod- alomorfi mos- un moz- sastopami formveidošanā nenoteiksmes (mos-ties) un daļēji lokāmā divdabja (moz-dam-ies) formā. Savukārt alomorfs mo- fiksējams gan vārddarināšanā (darinot lietvārdu ar piedēkli -šan- – mo-šan-ās), gan formveidošanā (tagadnes formas veidošanā mo-st-os). Arī pamatvariants sakne mod- var būt gan vārddarināšanā (mod-inā-t), gan formveidošanā (pagātnes formā mod-os).
3. Alomorfi var būt arī tādi morfēmu varianti, kas nav attiecināmi uz morfēmu saduru, jo veidojušies noteiktu fonētisku pārmaiņu dēļ morfēmas vai zilbes robežās. Piemēram, latviešu valodā vārda sākumā skaņu kopa sk kļūst par šķ, ja aiz tās seko priekšējās rindas patskaņi un divskaņi (i, ī, e, ē, ie, ei), sal. skar-a un šķir-t. Par alomorfiem latviešu valodā uzskatāmas arī vārdu saknes, kurās vērojama mantotā patskaņu mija, piemēram, sver-u, svēr-u, svar-s, svir-a. Savukārt lietuviešu valodā sieviešu dzimtes īpašības vārda vienskaitļa nominatīva un datīva formas atšķiras uzsvara ziņā, sal. aukštà ‘augsta’ (uzsvērta vārda pēdējā zilbe) – àukštai ‘augstai’ (uzsvērta vārda pirmā zilbe).
Valodās vienlaikus gan saknes, gan afiksu (piedēkļu, priedēkļu, galotnes) morfēmās var būt sastopami visu triju tipu alomorfi, tāpēc nevienu no alomorfu rašanās cēloņiem nevar uzskatīt par galveno.
Alomorfs no pamatmorfēmas var atšķirties divējādi:
1) fonētiski, nemainoties morfēmas struktūrai, piemēram, latviešu valodā klieg-t – klaig-ā-t, ˙vienādi ‘līdzīgi’ un vie˙nādi ‘vienmēr’;
a) alomorfs ir mazāks nekā morfēma, piemēram, latviešu valodā saknes alomorfi, kas veidojušies kā līdzskaņu s, z, t, d vēsturiskā zuduma rezultāts, ir mazāki nekā pamatmorfēma: sal. lūz- / lū- – lūz-t – lū-st <*lūz-st; lūz-t – lū-šan-a <*lūz-šan-a;
b) alomorfs ir lielāks nekā morfēma, piemēram, deminutīvpiedēkļu alomorfi latviešu valodā -iņ- / -tiņ- (liep-a – liep-iņ-a, aus-s – aus-tiņ-a), -ēn- / -lēn- (pel-e – pel-ēn-s, zos-s – zos-lēn-s), -ēn- / -tēn- (putn-s – putn-ēn-s, ābol-s – ābol-tēn-s), -el- / -tel- (nam-s – nam-el-is, degun-s – degun-tel-is).
Valodniecībā vienmēr bijušas arī diskusijas, kuras skaņu pārmaiņas būtu attiecināmas uz alomorfu rašanos – vēsturiskās vai pozicionālās. Prāgas lingvistiskās skolas iespaidā sākotnēji tika uzskatīts, ka pozicionālās skaņu pārmaiņas uz valodas gramatisko sistēmu un tātad arī alomorfu aprakstu nav attiecināmas. Tomēr daudzu valodu fakti pamazām likuši šo uzskatu mainīt, un mūsdienu valodniecībā tiek uzskatīts, ka arī pozicionālās skaņu pārmaiņas ir saistāmas ar morfēmu kombinēšanos runas plūsmā un alomorfu rašanos. Piemēram, latviešu valodā patskaņu e, ē izrunas maiņa jeb pārskaņa (tu [nes] nes – viņš [næs] nes, tu [eːd] ēd – viņš [æːd] ēd), afrikātas c rašanās un nebalsīgu līdzskaņu pagarinājums starp īsiem patskaņiem ([mac] mats – [matti] mati), līdzskaņu asimilācija balsīguma ziņā u. c. ([uzlikt] uzlikt – [uscept] uzcept). Šādi alomorfi un to cēloņi parasti ir valodniecības (starp)nozares morfonoloģijas izpētes objekts. Taču daļā valodu pozicionālās pārmaiņas tiek aprakstītas arī morfoloģisko formu vai vārdu darināšanas sakarā, piemēram, angļu valodas gramatikās.