Profesionālā, radošā un sabiedriskā darbība Pirmos studiju gados Ā. Alksnis akadēmijā bija vienīgais latvietis, un kopā ar vācbaltieti Bernhardu Borhertu viņš īrēja jumtistabu Vasilija salā. Papildinoties studentu rindām no Baltijas, Ā. Alkšņa un B. Borherta miteklis pārvērtās par jauno gleznotāju pulcēšanās vietu, turklāt Janis Rozentāls, Johans Valters un Vilhelms Purvītis kļuva par ļoti tuviem Ā. Alkšņa draugiem.
1886. gada sākumā Ā. Alksnis nokļuva dabas klasē, kur specializējās batālajā glezniecībā pie ievērojamā krievu klasicisma un vēlā romantisma pārstāvja, profesora Bogdana Gotfrīda Villevaldes (Богдан (Готфрид) Павлович Виллевальде). Iespēja daudz strādāt “no dabas” un radīt sadzīves skatus, tai skaitā kara ainas, ir visticamākais iemesls, kādēļ viņš izlēma specializēties batālajā glezniecībā. Zināmākie darbi šajā tematikā ir viņa dinamiskie, horizontāli izvērstie cīņas skati, kā “Kauja” (1884), “Kauja ar bruņiniekiem” (1886–1896) un emocionālā gaisotnē akcentētā aina no karalauka “Turku gūstekņi” (1886).
Studiju gadu darbi rāda mākslinieka izcilās spējas reāli attēlot dzīvos modeļus dažādās sarežģītās pozās, kas liecina par pamatīgi apgūto akadēmisko izglītību. To novērtē arī Akadēmijas padome, kura 1888. un 1890. gadā pasniedz Ā. Alksnim divas mazās sudraba jeb t. s. veicinātāja medaļas – pirmo par zirga studiju un otro par zīmējumu “Divi modeļi (1890)”.
28.02.1891. gleznotājs no Mākslas akadēmijas saņēma pirmo lielo sudraba medaļu par zirga studiju un viņam tiek piešķirta otrā lielā sudraba medaļa par modeļa zīmējumu. Abi darbi tiek prēmēti ar naudas balvu un saglabāti akadēmijā oriģinālparaugu klasē nosūtīšanai provinces skolām.
Ā. Alksnis kļuva par Pēterburgā studējošo mākslinieku un mūziķu nodibinātā latviešu mākslas draugu pulciņa “Rūķis” garīgo līderi un pirmo vadītāju (1891–1892). Liela nozīme bija viņa plašajām teorētiskajām mākslas zināšanām, ar kurām mākslinieks bija ieguvis autoritāti laikabiedru vidū, un ne mazāk nozīmīgs apstāklis bija arī viņa patīkamais raksturs.
19.05.1892. Ā. Alksnis personisku iemeslu dēļ pārtrauca studijas Pēterburgas Mākslas akadēmijā un 26. maijā, saņemot no mācību iestādes 3. kategorijas mākslinieka grādu, atgriezās Rūjienā. Dzimtajā pilsētā mākslinieks ap 1895. gadu blakus tēva mājām uz saimniecības ēkas pamatiem ierīkoja darbnīcu Parka ielā (mūsdienās Ādama Alkšņa iela). Līdztekus darbam tēva veikalā gleznotājs ar riteni apbraukāja tuvējo un attālāko apkārtni, skicējot dažādus tipus un dabasskatus, taču nezaudēja saikni ar “rūķiem”, gan viņus apciemojot Pēterburgā, gan piedaloties pulciņa aktivitātēs.
1893. gadā Ā. Alksnis ar vēsturisku kompozīciju – senie kareivji atpūtā (Zīmējums, 1893) – kopā ar Pēterburgas Mākslas akadēmijas un Štiglica Centrālās tehniskās zīmēšanas skolas (Центральное училище технического рисования барона Штиглица) studentiem piedalījās Rīgas Latviešu biedrības 25 gadu jubilejai veltītā albuma izstrādē.
Mākslinieks ar padziļinātu nopietnību pievērsās savas tautas vēstures lappusēm, par ko liecina lielais skaits zīmējumu un akvareļu šajā tematikā un darbos izmantotie arheologu iegūtie materiāli (“Senlaiku kareivis un meitene”, 1884; “Likteņa zirgs”, “Senkareivji laivā”, “Virsaitis vēro”, visi 19. gs. 80.–90. gadi). Veicot nopietnu izpēti darba iesākumā, Ā. Alksnis spēja radīt konceptuāli vienkāršus un reizē pārliecinošus notikumu atainojumus, kā akvarelī “Pārtraukts darbs” (“Nogalināts arājs, Nemierīgi laiki”, 1896–1897). 19. gs. 90. gadu vidū viņa senvēstures attēlojumi ieguva teiksmaināku ievirzi (“Kūru kuģis”, “Pils priekšā”, abi 19. gs. 80.–90. gadi).
Ā. Alkšņa pārliecība, ka māksliniekam jāataino savs laiks un sava tauta, visspilgtāk realizējās 1896. gada vasarā, kad viņš kopā ar pulciņa “Rūķis” dalībniekiem piedalījās 10. Viskrievijas arheoloģiskā kongresa laikā rīkotajā Latviešu etnogrāfiskajā izstādē. Mākslinieks kopā ar pārējiem “rūķiem” Antropoloģijas un statistikas nodaļai veidoja fona dekorācijas, kā arī zīmēja un akvarelī izstrādāja latvju tipus. Ā. Alkšņa mantojuma klāstā ir ievērojams skaits zīmējumu un akvareļu ar individualizētiem laucinieku portretiem (“Vīrieša portrets”, “Vīrietis ar pīpi”, “Vīrietis tautas tērpā”, “Meitenes portrets”, visi 1896) un sadzīves ainām (“Zirgu dzirdināšana”, “Lopu dzirdināšana”, “Kartupeļu novākšana”, “Braucējs”, visi 19. gs. 80.–90. gadi, un citi). 1896. gada decembrī Ā. Alksnis ar septiņiem akvareļiem – ar diviem vietējo ļaužu portretiem ar vienādu nosaukumu (“Latvietis”), četriem lauku sadzīves attēlojumiem (“Arājs”, “Sējējs”, “Uz pārceltuves”, “Uz darbu”) un vienu senatnes ainu (“Briežu medības”) – piedalījās Krievijas imperatoram Nikolajam II (Николай II Александрович Романов) veltītā latviešu mākslinieku albuma izstrādē.
1897. gadā, iekrājot līdzekļus un saņemot tēva atbalstu, Ā. Alksnis pirms iecerētās mākslas izglītības papildināšanas ārzemēs – Minhenē vai Parīzē – ieradās Rīgā, lai 8. augustā veiktu nelielu deguna operāciju. Dienu pēc operācijas mākslinieks no Suvorova viesnīcas Rīgā tika pārvests uz pilsētas slimnīcu, kur negaidīti mira no asins saindēšanās. 13. augustā Rūjienā Ternejas kapos notika Ā. Alkšņa bēres, uz kurām ieradās četri viņa draugi: J. Rozentāls, V. Purvītis, J. Valters un B. Borherts.