Augstskolas darbība tika organizēta, izmantojot RPI struktūru. Augstskolā tika izveidotas piecas nodaļas (fakultātes) – Ķīmijas, Lauksaimniecības, Mehānikas, Inženierzinātņu un Arhitektūras, kas atbilda RPI nodaļām. Uz likvidētās RPI Tirdzniecības nodaļas bāzes tika noorganizēti Sociālekonomiskie kursi, kurus bija plānots reorganizēt par Ekonomikas nodaļu atbilstoši padomju ideoloģiskajiem uzstādījumiem. Laika gaitā augstskolu bija iecerēts veidot kā paplašināta tipa augstskolu, kas apvienotu gan politehniskā institūta zinātņu nodaļas, gan universitāšu humanitārās fakultātes. 07.03.1919. tika nolemts veidot Medicīnas, Veterinārijas un Pedagoģijas nodaļas. Realitātē šo nodaļu organizācija netika uzsākta laika trūkuma dēļ, kā arī mācībspēku un mācību bāzes neesamības dēļ, lai gan topošajā Medicīnas nodaļā 05.1919. tika noturētas atsevišķas lekcijas cilvēka anatomijā profesora Alfrēda Zommera vadībā.
Augstskolas galvenais iekšējās pārvaldes orgāns bija 07.03.1919. apstiprinātā Augstskolas padome, kura atbildēja par augstskolas zinātniskās darbības, mācību organizācijas, administratīvajiem un saimniecības jautājumiem. Padomes sastāvā ietilpa padomes priekšsēdētājs (rektors), Izglītības komisariāta pārstāvis, nodaļu padomju priekšsēdētāji (dekāni), viens studentu pārstāvis, Rīgas Strādnieku deputātu padomes pārstāvis, Latvijas Komunistiskās partijas Strādnieku jaunatnes centra pārstāvis un Latvijas Augstskolas sekretārs. Par nodaļu darbu un mācību programmu izstrādi bija atbildīgas nodaļu padomes ar nodaļu priekšsēdētājiem. 04.1919. un 05.1919. tika ievēlēti un apstiprināti nodaļu priekšsēdētāji: Ķīmijas nodaļā – Valdemārs Fišers (Waldemar Fischer), Lauksamniecības nodaļā – Arnolds Bušmanis, Mehānikas nodaļā – Pauls Denfers (Paul Denffer), Inženierzinātņu nodaļas – Benedikts Vodziņskis (Benedykt Wodziński), Arhitektūras nodaļas – Oto Hofmans (Otto Hoffmann). Augstskolas trīsarpus mēnešu pastāvēšanas laikā neviena nodaļa oficiāli nebija apstiprinājusi jaunu proletārisku mācību programmu. Lekciju un praktisko darbu saturu noteica paši pasniedzēji. Tomēr mācību plāns bija jāsaskaņo ar nodaļu padomēm, tādējādi studijas bija ideoloģizētas. Augstskolas oficiālā darba valoda bija latviešu un krievu. Ar Izglītības komisāra atļauju lekcijas varēja lasīt arī vācu valodā, kas bija ierasta prakse, jo vairums augstskolas pasniedzēju neprata latviešu valodu.
04.1919. tika nodibināta arī Latvijas Komunistiskās partijas (LKP) Latvijas Augstskolas organizācija, kuras sastāvā bija 47 biedri – studenti.