Protistoloģijas pētījumu objekti ir vienšūnu organismi un organismi, kas veido kolonijas, taču neveido specializētus audus. Protisti ir eikarioti organismi. To izcelšanās ir polifilētiska, kas nozīmē, ka tiem pieskaita gan heterotrofus, gan autotrofus, gan saprotrofus, gan miksotrofus organismus. Pastāv definīcija, ka protisti ir eikarioti organismi, kas nav pieskaitāmi ne dzīvniekiem, ne augiem, ne sēnēm. Protistu sistemātika ir sarežģīta un mainīga. Dažas aļģes (piemēram, kramaļģes) pieskaita protistiem, savukārt citas (piemēram, zaļaļģes) – nepieskaita. Ir vienšūņi (piemēram, zaļā hlorella), kuri pārvietojas ar vicas palīdzību kā dzīvnieki, bet kuriem šūnā ir hloroplasti kā augiem. Pie protistiem pieskaita arī parazītiskos vienšūņus, piemēram, malārijas plazmodijus, dizentērijas amēbu un citus.