Eduards Mēklers piedzima lauksaimnieku Jāņa un Jūlijas (dzimusi Kazukeviča) Mēkleru ģimenē.

No 1894. gada līdz 1897. gadam E. Mēklers mācījās Rīgas pilsētas savienotajā elementārskolā (mūsdienās Rīgas Valda Zālīša sākumskola). No 1897. gada E. Mēklers mācījās Kārļa Millera reālskolā. 1907. gadā E. Mēklers absolvēja Nikolaja ģimnāziju Rīgā. Tajā pašā gadā E. Mēklers iestājās Tērbatas Universitātes (mūsdienās Tartu Ülikool) Juridiskajā fakultātē. 1908. gadā E. Mēklers pārgāja uz Vēstures un filoloģijas fakultāti, kur klausījās filozofijas profesora Jēkaba Oša lekcijas filozofijas vēsturē, epistemoloģijā un psiholoģijā. Tērbatā E. Mēklers apmeklēja arī filoloģijas profesora Mihaila Krašeņiņņikova (Михаил Никитич Крашенинников) un latviešu valodas lektora Jēkaba Lautenbaha lekcijas. 1909. gadā E. Mēklers iestājās Maskavas Universitātes (mūsdienās Московский государственный университет имени М. В. Ломоносова) Filoloģijas fakultātē. 1914. gadā E. Mēklers aizstāvēja darbu “Puškina personības atspoguļojums viņa daiļradē” (Oтражение личности Пушкина в его творчестве).

No 1914. gada līdz 1915. gadam E. Mēklers strādāja Šmithena un Bērziņa ģimnāzijā Dubultos par krievu literatūras virsskolotāju. 1915. gadā E. Mēklers bija Ņižņijnovgorodas guberņas, Bogorodskas ciema reālskolas skolotājs. 1916. gadā E. Mēklers uzsāka darbu Rīgas pilsētas vidusskolā kā latīņu valodas, latviešu literatūras skolotājs un bibliotekārs. 1923. gadā specializēto skolotāju kursos Rīgā E. Mēklers vadīja lekcijas par reliģiju un mākslu ticības mācības skolotājiem. No 1924. gada līdz 1926. gadam E. Mēklers strādāja LU par krievu literatūras lektoru. No 1945. gada līdz 1951. gadam E. Mēklers bija latīņu valodas skolotājs Cēsu Medicīnas māsu skolā. No 1948. gada līdz 1949. gadam E. Mēklers bija lektors Cēsu Skolotāju institūtā.

E. Mēklers publicēja dzejoļus laikrakstos (“Latvijas Vēstnesis”, “Pirmdiena”, “Nedēļa” u. c.). 1909. gadā izdeva E. Mēklera lugu “Haosa Derība: filozofiski-mitoloģiska drāma piecos cēlienos”. 1910. gadā E. Mēklers publicēja dzejoļu un īso stāstu krājumu “Meteors: pravietojums”. 1912. gadā izdeva viņa darbu “Dzīvība: (tēlojumi)”. 1931. gadā iznāca dzejoļu krājums “Ed. Mēklera pērles: dzejas”.

E. Mēklers publicēja sacerējumus par itāļu dzejnieku Danti Aligjēri (Dante Alighieri), dzejnieku Kārli Krūzu, rakstnieku Viktoru Eglīti. E. Mēklers rakstīja recenzijas par Jāņa Grīna “Sofokla Ķēniņš Edips: traģēdija” tulkojumu, Augusta Ģiezena “Antigones” tulkojumu, Friča Garā Platona (Πλάτων) dialogu tulkojumiem. 1935. gadā iznāca E. Mēklera monogrāfija “A. S. Puškins”, kurā aplūkota krievu rakstnieka Aleksandra Puškina (Александр Сергеевич Пушкин) biogrāfija un darbi.

1922. gadā E. Mēklers piedalījās Latvijas Vidusskolu skolotāju biedrības rīkotajā ekskursijā uz Itāliju. “Latvijas Vēstnesī” E. Mēklers publicēja rakstu sēriju, kurā aprakstīja ceļojuma iespaidus. 1924. gadā laikrakstā “Nedēļa” E. Mēklers publicēja rakstus par Sicīliju. Tajā pašā gadā laikrakstā “Brīvā Zeme” E. Mēklers publicēja rakstus, kuros raksturoja ceļojumus pa Latviju. 1929. gadā laikraksts “Brīvā Zeme” publicēja E. Mēklera Vīnes apmeklējuma atmiņas. 1934. gadā E. Mēklers izdeva grāmatu “Itālija. Ceļojumu piezīmes un atmiņas”.

E. Mēklers akcentēja, ka intelektuālās aprindas ir novērsušās no baznīcas un ka cēlonis šai tendencei ir meklējams pašā baznīcā. E. Mēklera redzējumā – patiesais, radošais reliģijas gars ir izpaudies ne tikai kristietībā, bet arī jūdaismā, budismā un citās reliģijas formās. Sacerējumā “Mūžības gaisma” E. Mēklers secināja, ka ikviena konfesija ir Dieva reliģijas daļa. Tāpēc katrai reliģijas formai vajag ietvert progresa ideju, lai tā būtu dinamiska vienība.

E. Mēklers rakstīja, ka Eiropā savulaik valdīja laiks, kad reliģija sašķēlās naidīgās konfesijās, taču ir pienācis jauns periods, kad konfesijas atkal apvienosies. E. Mēklers pauda pārliecību, ka ir nepieciešams novērst duālistisko pasaules redzējumu, kas paredz iedalīt esošo labajā un ļaunajā. Reliģijai raksturīgais duālisms ir veicinājis 19. gs. nihilisma, sociālisma un komunisma tendences. Kristietības atdzimšanas iespējamību E. Mēklers redzēja pārejā no dogmatiskā duālisma ētikas uz bioloģisko ētiku. Viņš skaidroja bioloģisko ētiku kā mācību, kas par pozitīviem atzīst dzīvības spēku, gribu un skaistumu veicinošos faktorus, savukārt postu un iznīcību nesošos elementus nopeļ. 

E. Mēklers uzskatīja, ka ir nepieciešams veidot reliģiju, kas atbilstu latviešu nacionālajam garam un kuras pamatā būtu taisnīguma, vienības un mīlestības vērtības. Būtu jāatbrīvojas no reliģiskā fanātisma un patmīlības. Tāpat kā katrai nācijai ir tiesības uz valsti, tām ir tiesības arī uz savu nacionālo, lokālo reliģiju. Nacionālās reliģijas elementus E. Mēklers aicināja meklēt folklorā, kurā atklājas dzīvā tautas dvēsele. Darbā “Reliģija un māksla” viņš skaidroja, ka nacionālā reliģija varētu kļūt par pamatu arī nacionālās literatūras un mākslas uzplaukumam. E. Mēklers aicināja attīstīt Marijas kultu un uzcelt Vislatvijas svētnīcu, kura būtu pārkonfesionāla un kļūtu par visas tautas svētceļojumu garīgo centru, kā arī kalpotu par neatkarības simbolu. Vislatvijas svētnīcas centrālajai celtnei būtu jāatrodas vai nu Gaiziņkalnā, vai arī Zilaiskalnā.

E. Mēklers bija viens no studentu biedrības “Atauga” dibinātājiem, Krišjāņa Barona biedrības un Jāņa Poruka piemiņas komitejas loceklis. Latviešu izglītības biedrībā E. Mēklers bija valdes loceklis, kā arī Augstskolas sekcijas un Tautas augstskolas komisijas loceklis. E. Mēklers bija Tautu Savienības veicināšanas biedrības loceklis.

E. Mēklers apbalvots ar Triju Zvaigžņu ordeni (V šķira).