Dzimis un audzis kā vecākais bērns mācītāja Frīdriha Naumana (Friedrich Hugo Naumann) un viņa sievas, arī no mācītāja ģimenes nākušās Agates Marijas, dzimušas Ālfeldes (Agathe Marie Ahlfeld) ģimenē. Pamatizglītību ieguva Leipcigā, pēc tam turpināja izglītoties Meisenē. Skolas laikā izrādīja lielu interesi par matemātiku. Pēc skolas beigšanas tomēr attiecās no tālākas dabaszinātņu apguves un ģimenes tradīciju ietekmē pievērsās luteriskajai teoloģijai. Kopš 1879. gada studēja teoloģiju Leipcigas Universitātē (Universität Leipzig) un Erlangenas-Nirnbergas Universitātē (Friedrich-Alexander-Universität Erlangen-Nürnberg).

Savu privāto dzīvi F. Naumans pakārtoja sabiedriskajai. Piemēram, jau studiju laikā pieslējās laikmetīgai studentu korporāciju kustībai, kas, pretstatā senākajām korporācijām, neatzina divkaujas kā goda lietu risināšanas līdzekli; veicinājis šādu korporāciju apvienības izveidi.

1889. gadā F. Naumans salaulājās ar Mariju Cimmermani (Maria Magdalena Zimmermann), kura arī bija cēlusies no mācītāja ģimenes; abu laulībā piedzima meita Elizabete.

Pēc studiju pabeigšanas iesaistījās dažādās evaņģēliski luteriskās aktivitātēs, kuru mērķis bija veicināt kristīgo morāli un ētiku. 1883.–1896. gadā strādāja bērnu bāreņu iestādē Hamburgā un vēlāk pildīja luteriskās baznīcas labdarības un kristīgās izglītošanas misijas darbu Frankfurtē pie Mainas. Šajā laikā sāka interesēties par politiku, pievērsās publicistikai, sāka izdot žurnālu Die Hilfe. Sākotnēji simpatizēja klerikāli konservatīviem uzskatiem, bet drīz pieslējās liberālajai nometnei. Būtisks pavērsiens F. Naumana karjerā notika 1896. gadā, – kopā ar citiem līdzīgi noskaņotiem teologiem F. Naumans nodibināja Nacionālsociālo savienību (Der Nationalsoziale Verein) un pārtrauca darbu baznīcā. Jaundibināto politisko partiju F. Naumans bija iecerējis kā alternatīvu sociāldemokrātiem. Tā orientējās uz visnacionālām vērtībām (piemēram, vācu ietekmes izvēršanu pasaulē, kuru atbalstīja daudzas nacionālās organizācijas, tostarp arī Panģermāņu savienība) un pauda kristīgi sociālus, liberālus uzskatus. Šīs partijas mērķis bija padarīt strādniecību par valsts spēcīgu atbalstītāju – samierināt strādniecību ar uzņēmējiem. Partija izjuka, bet F. Naumans turpināja darboties citās politiskās partijās, atsakoties no klerikālās politikas.

Kopš 1907. gada F. Naumans bija ievēlēts vācu Reihstāgā no Vācu brīvdomātāju apvienības (Deutscher Freidenkerbund). Pirmā pasaules kara laikā F. Naumans atbalstīja mieru bez aneksijām un kļuva par izteiktu lieliniecisma pretinieku. Vācijā un tās ieņemtajās teritorijās austrumos uzstājās ar lekcijām, savu liberālo uzskatu dēļ ieguva plašu atpazīstamību un simpātijas. Runās un publicistikā F. Naumans spēja veiksmīgi identificēt vācu sabiedrībā populāros Eiropas pārveides plānus, tostarp federālu valstisku veidojumu izveidi Eiropas austrumdaļā.

Pēc 1918. gada Novembra revolūcijas un monarhijas likvidēšanas Vācu Impērijā, F. Naumans līdzdarbojās jauna politiskā spēka – Vācu demokrātiskās partijas (Deutsche Demokratische Partei) izveidē. Aktīvi protestēja pret Versaļas miera līguma parakstīšanu, jo tas nepieļāva Vācu Impērijas un Austrijas vāciešu apvienošanos. Bija ievēlēts vācu Nacionālajā sapulcē (Nationalversammlung) un līdzdarbojās Veimāras konstitūcijas izstrādē. Šajā laikā pasliktinājās F. Naumana veselība, viņš devās uz Travemindes kūrortu, kur mira no insulta.

F. Naumans bija spējīgs orators un viena no redzamākajām personībām, kas uzrunās un publikācijās pamatoja vācu nozīmi Eiropas politiskajos procesos. Šos apsvērumus viņš balstīja senajā vācu politiskās, ekonomiskās un kulturālās ietekmes tradīcijā Eiropas centrālajā un austrumdaļā. Idejai akadēmisko pamatojumu viņš smēlās no t. s. “Austrumu pētniecības” (Ostforschung), kas reģiona attīstību skatīja caur vācu vēsturisko nopelnu prizmu.

Savu plānu apvienotajai Eiropai viņš apcerīgā un bieži tēlainā formā izklāstīja kopš 1915. gada vairākkārt pārpublicētajā darbā “Viduseiropa” (Mitteleuropa), kura saturu turpmākajos laidienos koriģēja un izdeva arī svešvalodās. Tās nosaukumā F. Naumans pārņēma un tālāk attīstīja vācu kultūrtelpā populāro jēdzienu (toponīmu) “Viduseiropa”, kas radās 19. gs. vidū (reģiona vienotības izpratnē šo jēdzienu sāka lietot Austrijas Impērijā).

F. Naumana grāmatā bija izklāstīta pēckara Eiropas savienības vīzija, kurā katra dalībvalsts atsakās no daļas savas suverenitātes par labu kopīgiem mērķiem. Eiropas centrālās un austrumdaļas jeb Viduseiropas valstu savienības pamatā bija likts vācu vēsturiskās ietekmes tīkls. Viduseiropas apvienošanas ideju F. Naumans pamatoja ar saimniecisku nepieciešamību (piemēram, mazākās ekonomikas vienības dabiski iekļaujas lielākās, nākotne pieder lieliem ražošanas uzņēmumiem un valstu ekonomiskiem blokiem). Lai īstenotu šo ideju, F. Naumans izveidoja darba grupu, kurā iesaistīja virkni citu pazīstamu politiķu, ekonomikas un sociālo zinātņu pārstāvju, kā arī uzņēmējus. Pazīstamākais no tiem bija ilggadējais F. Naumana draugs un līdzgaitnieks, politiķis un pasaulē pazīstamais sociologs Makss Vēbers (Maximilian Carl Emil Weber). F. Naumana Viduseiropas ideja guva plašu pozitīvu rezonansi vācu sabiedrībā, īpaši kara pēdējos mēnešos. Ārzemēs šo ideju dažādās tās izpausmēs un interpretācijās uzlūkoja kā draudu. Piemēram, Lielbritānija uzskatīja, ka šādas valstu apvienības radīšana nav pieļaujama, jo sagraus tās tirdzniecību ar kontinentālo Eiropu un tās ietekmi pasaulē.

No F. Naumana Viduseiropas koncepcijas izrietēja, ka Krievija ir vācu suverenitātes draudu faktors, tādēļ sadarbība ar to tika izslēgta. F. Naumans uzskatīja, ka valstīm jābūt etniski monolītām, tādēļ Krievijā jādzīvo tikai krieviem un rietumu teritorijas, kurām bija cieša saikne ar Viduseiropas kodolu (Vācu Impēriju un Austroungāriju), no tās jāatdala. F. Naumans pieslējās vācu aprindās plaši pārstāvētam redzējumam, ka Vācijai jākontrolē Baltijas jūras telpa (latīņu dominium maris Baltici). Šo koncepciju atbalstīja arī Baltijas vācvalodīgās elites un provācisko latviešu un igauņu daļas iniciatīva – 1918. gadā veidotā Baltenlande jeb Apvienotā Baltijas hercogiste. Vācu Impērijas zaudējums karā padarīja neiespējamu Viduseiropas idejas tālāku īstenošanu, un tā transformējās vēlākajās Eiropas apvienošanas iniciatīvās.

F. Naumans bija daudzu publikāciju autors un redaktors. Lielākoties rakstīja par politiku, valsts un sabiedrības attiecībām, ģeopolitiskas jautājumiem, tās īstenošanas iespējām un praktiskiem paņēmieniem. F. Naumana politiskie uzskati bijuši daudzšķautnaini un mainīgi, tomēr tajos dominēja liberālas iezīmes, kas pārmantotas mūsdienu Vācijas politikā.

F. Naumana vārdā nosaukts Frīdriha Naumana fonds brīvībai (Die Friedrich-Naumann-Stiftung für die Freiheit), kas pastāv Vācijas Brīvo demokrātu partijas (Die Freie Demokratische Partei) paspārnē.