17. gs. un 18. gs. sākumā ģimnāzijas, kuru programmas paplašināja ar filozofijas, retorikas un loģikas kursiem, latīņu valodā sauca par gymnasium illustre ‘izcilo ģimnāziju’ vai gymnasium academicum ‘akadēmisko ģimnāziju’, no kā arī radies Rīgas Akadēmiskās ģimnāzijas nosaukums latviešu valodā. Latīņu valoda tajās bija ne tikai mācību, bet dažkārt arī visas skolas sadzīves un sarunu valoda.

Rīgas Akadēmiskā ģimnāzija tika izveidota ar mērķi sagatavot Rīgas Domskolas absolventus studijām Rietumeiropas luteriskajās universitātēs. 

16. gs. beigās un 17. gs. sākumā izteiktie ierosinājumi atvērt Rīgā universitāti neguva pilsētas rātes atbalstu. 1621. gadā, Rīgai nonākot Zviedrijas pakļautībā, Domskolas inspektors bija pazīstamais teologs Hermans Samsons (Hermann Samson). Pateicoties viņa iniciatīvai un aktīvajai darbībai, Rīgā uz Domskolas bāzes tika izveidota akadēmiskā ģimnāzija, ko dokumentos latīņu valodā sauc par gymnasium Rigense.

Vācbaltiešu pētnieki, kuri 19. un 20. gs. savos rakstos pieminējuši Rīgas Akadēmisko ģimnāziju, – vēsturnieks un izdevējs Karls Eduards fon Napjerskis (Karl Eduard von Napiersky), skolu vēsturnieks Gothards Švēders (Gotthard Schweder), pedagogs, skolu direktors, vēsturnieks un bibliogrāfs Bernhards Holanders (Bernhard Hollander) – norāda uz to, ka Rīgas Akadēmiskās ģimnāzijas un Rīgas Domskolas attiecību raksturs nav noskaidrots.

Vēsturiskie apstākļi noteica to, ka Rīgas Akadēmiskās ģimnāzijas darbība ir iedalāma divos posmos: no dibināšanas 1631. gadā līdz 1657. gadam un no 1677. līdz 1710. gadam. Pirmo reizi ģimnāzijas darbība aprāvās 1657. gadā, kad Rīgā izcēlās mēra epidēmija, kas prasīja ļoti daudz upuru. G. Švēders raksta, ka mēra epidēmijas laikā bija mirusi puse rātes locekļu un daļa mācītāju, trīs skolotāji, vismaz 53 Domskolas un 16 ģimnāzijas audzēkņu (citi avoti min 153 Domskolas un 12 ģimnāzijas audzēkņus). Mirušo mācītāju pienākumus pildījuši ģimnāzijas profesori. Rezultātā ģimnāzija bija spiesta pārtraukt darbību, un turpmāko nelabvēlīgo ekonomisko apstākļu dēļ mācību iestādi atkal izdevās atvērt tikai pēc 20 gadiem. Tikai ap 1680. gadu sāka pieaugt studentu skaits, kuri devās studēt uz Eiropas universitātēm. Ap 1690. gadu tas jau bija atjaunojies tādā līmenī, kāds tas bija pirms Otrā Ziemeļu kara (1655–1661) un tā izraisītā mēra.

Rīgas Akadēmiskā ģimnāzija darbojās līdz 1710. gadam, kad krievu karaspēka aplenkuma dēļ Lielā Ziemeļu kara laikā tās darbība tika pārtraukta un Rīga tika iekļauta Krievijas Impērijā. Domskola pēc Lielā Ziemeļu kara tika pārveidota par klasisku ģimnāziju un turpināja savu darbību, arī turpmākajā gadsimtā palikdama par Rīgas garīgās dzīves centru.

No Rīgas Akadēmiskās ģimnāzijas darbības laika nav saglabājušās matrikulas vai citi administratīvi dokumenti. Izņēmums ir Domskolas rektora Mihaela Pinsderfera (Michael Pinsdörffer) 1682. gadā iesāktā piezīmju grāmata, kurā dokumentēti ar skolas dzīvi saistīti notikumi, kā arī senāku protokolu noraksti.

Latvijas Nacionālajā vēstures arhīvā glabātajā Rīgas rātes fondā ir atrodami Rīgas Akadēmiskās ģimnāzijas likumi rokrakstā, kas bija paredzēti gan audzēkņiem, gan profesoriem, ar nosaukumu “Leges gymnasii Rigensis”. Vienībā ir pieejami gan pirmie likumi no ģimnāzijas dibināšanas gada (1631), gan 1680. gadā publicētie likumi, gan 1694. gada likumi rokrakstā.

Latvijas Nacionālajā bibliotēkā ir pieejams arī Rīgas Akadēmiskās ģimnāzijas lekciju katalogs, kas publicēts 1698. gadā. Tajā laikā ģimnāzijā strādāja teoloģijas profesors Dāvids Kaspari (David Caspari), jurisprudences un matemātikas profesors Johans Pauls Mellers (Johann Paul Möller), retorikas profesors Kristofs Ceigeners (Christoph Zeigener) un filozofijas profesors un Domskolas rektors M. Pinsderfers.

Līdz mūsdienām saglabājies arī liels skaits publikāciju, kas tapuši ģimnāzijā lietotajā latīņu, vai precīzāk – jaunlatīņu, valodā – runas, disertācijas, ielūgumi uz akadēmiskām norisēm, okazionālā dzeja, kas ir bijusi svarīga ģimnāzijas akadēmiskās un sabiedriskās dzīves daļa.

Līdz mūsdienām saglabājušies vismaz 130 Rīgas Akadēmiskās ģimnāzijas disertāciju izdevumi, kas jaunlatīņu literatūras pētniekiem sniedz tiešas liecības par zināšanu līmeni, apriti un pielietošanu Rīgā. Struktūras ziņā šīs disertācijas salīdzināmas ar 17. gs. Eiropā tapušajām ģimnāziju un universitāšu disertācijām, un tas apstiprina uzskatu, ka Rīgas Akadēmiskā ģimnāzija ir veidota pēc vācu ģimnāziju parauga.

Visa Rīgas skolu sistēma atradās pilsētas rātes pārziņā, bet katrai skolai bija savs vadītājs – rektors.

Rīgas Akadēmiskās ģimnāzijas darbība bija attiecīgo Domskolas rektoru pārziņā. Ģimnāzijas atvēršanas laikā rektors bija Agejs Frideriki (Aggaeus Friderici), pēc viņa amatā bija Kristians Rēehūzens (Christian Rehehusen), Georgs Lauterbahs (Georg Lauterbach), D. Kaspari un M. Pinsderfers. Pavisam neilgi laikā starp 1680. un 1681. gadu rektors bija Liborijs Depkins (Liborius Depkin), vācbaltiešu izcelsmes latviešu garīgās dzejas autors un tulkotājs, valodnieks.

Ģimnāzijas darbības pirmajā posmā no 1631. līdz 1657. gadam tajā kopskaitā darbojušies trīs filozofijas, divi teoloģijas, divi retorikas, divi jurisprudences, divi sengrieķu valodas profesori, viens vēstures, viens fizikas un ētikas profesors. Otrajā darbības posmā no 1678. līdz 1710. gadam akadēmisko mācībspēku bijis par vienu mazāk – trīs teoloģijas, trīs filozofijas, četri retorikas, vēstures un grieķu valodas, divi jurisprudences un matemātikas profesori.

H. Samsons bija viens no ievērojamākajiem ģimnāzijas profesoriem. 13 gadu laikā, ko H. Samsons paralēli Vidzemes superintendenta un mācītāja pienākumiem pavadīja teoloģijas profesora amatā, viņš vadīja arī audzēkņu disputus, saglabājušās vismaz 30 iespiestas disertācijas, kas tapušas viņa vadībā.

Ievērojams un ilggadējs Rīgas Akadēmiskās ģimnāzijas mācībspēks bija arī Johans Brēvers (Johann Brever), teoloģijas, vēstures un retorikas profesors. Saskaņā ar baltvāciešu pētnieku Kurtu Tīršu (Kurt Tiersch) J. Brēvera laikā gan Domskola, gan Rīgas Akadēmiskā ģimnāzija sasniedza savu uzplaukumu. J. Brēvera vadītie disputi, kas galvenokārt bija veltīti teoloģijas tēmām, bija publiski notikumi un piesaistīja lielu sabiedrības uzmanību.

Lielākā daļa Rīgas Akadēmiskās ģimnāzijas profesoru un audzēkņu vārdu kļuva zināmi, tikai pateicoties viņu dalībai akadēmiskās dzīves notikumos, ko atklāj disertācijas, runas, okazionālā dzeja, kā arī ielūgumi, kas aicināja apmeklēt akadēmiskus sarīkojumus vai sabiedriskās dzīves pasākumus. Piemēram, disertācijā ar nosaukumu “Par dienu garumu” (De quantitate dierum) audzēknis Dāvids Gotfrīds Hepens (David Gottfried Häppen/Heppen) matemātikas un jurisprudences profesora J. P. Mellera vadībā pirmo reizi Rīgā un, iespējams, visā Baltijas jūras reģionā atklāti pamatoja heliocentrisko pasaules uzskatu astronomijā. Profesora J. P. Mellera rīcībā 17. gs. beigās Rīgā ir bijusi neliela observatorija (divi teleskopi, svārsta pulkstenis). Tomēr trūkst ziņu, vai šī observatorija ir atradusies Rīgas Akadēmiskajā ģimnāzijā, vai arī tie ir bijuši J. P. Mellera personiski iegādātie instrumenti, kas tika izmantoti mācību nolūkos. Par šīs observatorijas astronomisko teleskopu tālāko likteni nekas nav zināms.

Vairāki Rīgas Akadēmiskās ģimnāzijas audzēkņi, atgriezušies no studijām Eiropā un akadēmiskajiem ceļojumiem, kļuva par ievērojamām Rīgas rātes amatpersonām, administratīvajiem darbiniekiem, mācītājiem, literātiem, zinātniekiem. Piemēram, Nikolauss Vite fon Lilienavs (Nicolaus Witte von Lilienau) mācījās Rīgas Domskolā un akadēmiskajā ģimnāzijā, ieguva medicīnas doktora grādu Leidenes Universitātē (Universiteit Leiden), atgriezās Rīgā un no 1652. gada bija pilsētas ārsts, vēlāk – Zviedrijas karaļa personīgais ārsts. N. Vites fon Lilienava Nīderlandes universitātēs aizstāvētās disertācijas ir ļoti vērtīgs avots asinsrites teorijas recepcijā. Zināms, ka Leidenes Universitātē aizstāvēto disertāciju N. Vite fon Lilienavs bija veltījis Renē Dekartam (René Descartes), vienu šīs disertācijas eksemplāru viņš nosūtīja Rīgas rātei, par ko saņēma tās atzinību un 500 dālderu balvu par panākumiem zinātnē.

Vairāki Rīgas Akadēmiskās ģimnāzijas audzēkņi vēlāk ir ieguvuši augstus administratīvus amatus Zviedrijā, ievērojamākais no viņiem – Johans Vite (Johann Witte). Pēc mācībām Rīgā viņš devās studēt tieslietas uz Marburgu un politiku uz Leideni. Atgriezies Livonijā un septiņus gadus bijis Rīgas aģents Zviedrijas galmā. Vēlāk Rīgā strādājis par pilsētas arhivāru, bijis rātskungs, Fogtejas tiesas sekretārs, kā arī Zviedrijas karaliskais Vidzemes historiogrāfs. Pateicoties J. Vites skrupulozi veiktajiem dokumentu norakstiem, ir saglabājies Mārtiņa Lutera (Martin Luther) vēstules teksts, kas 1537. gadā adresēta Rīgas rātei. Tas ir iekļauts J. Vites izgatavotajā Collectanea (manuskripts tiek glabāts LU Akadēmiskās bibliotēkas Rokrakstu un reto grāmatu nodaļā) kopsējumā, kura saturā ir dažādi Rīgas rātē, tiesu instancēs un konsistorijā izskatītu strīdus lietu un to spriedumu noraksti un ekscerpti, kas viņam bija nepieciešami jurista un arhivāra darbā.Otrs nozīmīgs J. Vites veikums ir t. s. Helevega (Helewegh) hronikas, kuras oriģināls ir zudis, tulkojums augšvācu valodā (manuskripts tiek glabāts Latvijas Valsts vēstures arhīvā).

Rīgas Akadēmiskajā ģimnāzijā mācījies arī profesora J. Brēvera dēls Hermans fon Brēverns (Hermann Brever, Hermann von Brevern), kurš vēlāk studēja Vācijas universitātēs, apceļoja Eiropu un veidoja jurista karjeru sākumā zviedru, vēlāk krievu pārvaldītajā Rīgā. 1694. gadā Zviedrijas karalis Kārlis XI (Karl XI) viņu iecēla muižnieku kārtā, vēlāk ieguva arī Krievijas imperatora Pētera I (Пётр I) labvēlību, kļūdams par Pēterburgas Vidzemes, Igaunijas un Somijas lietu Justīcijas kolēģijas viceprezidentu un no 1721. gada – Vidzemes landrātu.