LU karogs tika izgatavots 1938. gadā. Karogs simbolizē Latvijas lielākās augstākās izglītības iestādes vērtības un kalpo par ceremoniālu elementu dažādās svarīgās LU norisēs. LU karogam ir divi eksemplāri – oriģināls, kas glabājas Rīgas vēstures un kuģniecības muzejā (RVKM) kā eksponējams priekšmets, un kopija, kas glabājas LU Muzejā.

LU ilglaicīgi sava karoga nebija. LU Studentu koru apvienība 17.06.1933. lūdza tā laika LU rektoram Jūlijam Auškāpam izsniegt karogu braucienam uz Igaunijas dziesmu svētkiem, LU atbalstīja LU Studentu koru apvienības priekšlikumu, bet LU Padome lēmumu par LU karoga iegādi pieņēma tikai 20.10.1937. Darbu sāka LU Padomes nozīmēta Izdaiļošanas komisija, ko finansēja studentu korporāciju Filistru biedrību savienība. Karoga maketu izgatavoja LU Arhitektūras fakultātes tēlotājmākslas darbnīcas vadītāja Vilhelma Purvīša asistents grafiķis Jānis Borkovskis, un karogu šuva Latvju sieviešu nacionālās līgas šuvējas. 22.07.1938. izglītības ministrs Augusts Tentelis apstiprināja LU karoga projektu, ko bija iesniedzis LU rektors Mārtiņš Prīmanis. 16.11.1938. uzšūto karogu LU finansēja un dāvināja Filistru biedrību savienība, kad tika organizēta karoga pieņemšanas un iesvētīšanas ceremonija LU Lielajā aulā. Karogu iesvētīja Latvijas Evaņģēliski luteriskās baznīcas garīdznieks Teodors Grīnbergs, un M. Prīmanis iesvētīto karogu savukārt nodeva LU Studentu padomei. LU karogs pastāvīgi atradās LU Mazajā aulā. Padomju otrreizējās okupācijas laikā 15.06.1948. Latvijas Valsts Universitāte (LVU), nodeva karogu RVKM pastāvīgā glabāšanā, kur tas glabājas arī mūsdienās.

09.1991. karogu māksliniece Ausma Apša uzšuva jaunu LU karogu, kas ir RVKM glabātā oriģināla kopija. 30.09.1991. karoga kopiju Rīgas Doma baznīcā iesvētīja prāvests Jānis Liepiņš, kam sekoja karoga ceremoniāla aiznešana cauri Vecrīgai uz LU Lielo aulu Raiņa bulvārī 19. Kopš tā laika kopija glabājās LU Muzeja krājumā un nepieciešamības gadījumā tiek izmantota LU ceremoniālos.

Gan karoga oriģināls, gan kopija ir izšūta kobaltzilas krāsas zīda audumā ar zelta bārkstīm trīs apmalēs, izņemot apmales daļu, kas savienota ar karoga kātu; kopijai audums ir izbalējis violetā krāsā. Izmērs abiem eksemplāriem ir 108 cm x 138 cm ar izšūtiem zelta krāsas uzrakstiem un simboliem labajā un kreisajā pusē: labās puses centrā ir Latvijas Republikas lielais ģerbonis ar uzrakstu LATVIJAS UNIVERSITĀTE apakšā, kreisajā pusē – LU emblēma (ozols ar 12 zariem, kas simbolizē katru LU fakultāti no 1919. līdz 1940. gadam alfabētiskā secībā – Arhitektūras, Filoloģijas un filozofijas, Inženierzinātņu, Ķīmijas, Lauksaimniecības, Matemātikas un dabaszinātņu, Medicīnas, Mehānikas, Veterinārmedicīnas, Tautsaimniecības un tiesību zinātņu, Teoloģijas un Romas katoļu teoloģijas fakultātes). Apakšā LU devīze latīņu valodā SCIENTIAE ET PATRIAE (’Zinātnei un tēvzemei’). Karoga kāts ir izgatavots no kļavas, kas lakots un beicēts, kopijai kāts ir nodilis un sašvīkāts. Kāts ir izjaucams un saliekams ar zeltīta misiņa vītni. Karoga kāta augšējo daļu ieskauj astoņi zeltīti misiņa gredzeni – oriģinālam iegravēti visu LU studentu akadēmisko mūža organizāciju pārstāvošo jumtorganizāciju nosaukumi – studentu korporāciju Prezidiju konvents, studenšu korporāciju Studenšu prezidiju konvents, Vienību savienība, Konkordiju seniorāts, Studentu koru apvienība, studentu biedrība “Fraternitas Rusticana”, studentu biedrība “Dziesmuvara” un LU Studentu padome kā visu LU studentu apvienojošā organizācija; kopijai ir astoņi gredzeni bez jumtorganizāciju nosaukumiem. Oriģināla gredzeniem ir datējums – 28.09.1939. Šajā datumā LU atzīmēja 20 gadu jubileju, kam par godu notika svinīgs akts LU Lielajā aulā, piespraužot astoņus jumtorganizāciju gredzenus.

Mūsdienās karoga oriģināls ir muzeja priekšmets un neatrodas lietošanā, tam ir tikai kultūrvēsturiska objekta jeb pieminekļa loma, tas ir eksponējams un deponējams muzeja priekšmets. Kopijai piemīt divējāds pielietojums – eksponējams muzeja priekšmets un ceremoniāls priekšmets. Kopiju kopš 30.09.1991. izkarina katru gadu 28.09. LU Senāta svinīgajā sēdē LU Lielajā aulā par godu LU dibināšanai. Karoga kopiju nenes ne LU vadība Aristoteļa svētkos, ne LU tautas deju ansambļi, ne kori Vispārējos latviešu dziesmu un deju svētkos, jo LU vadībai ir savs LU parādes karogs. Starpkaru periodā karogu neaizsargāja LU Satversme, bet mūsdienās LU Satversmē ierakstīts kā viens no LU simboliem.

Korporāciju Filistru biedrību savienības finansētā augstskolas karoga oriģināla izgatavošana, iesvētīšana un pasniegšana LU vadībai bija liels notikums visai augstskolas saimei, šajā ceremonijā piedalījās liels skaits LU tā brīža un bijušo studentu. Tajā pašā laikā to ignorēja studentu vienības un konkordijas, kuras uzskatīja, ka korporācijas ir monopolizējušas visai studentu saimei svarīgu simbolisku priekšmetu un demonstratīvi nepiedalījās karoga iesvētīšanā. Prezidiju konvents un Studenšu prezidiju konvents vēlējās karogu izmantot studentu 18. novembra gājienā. Tomēr citas studentu organizācijas 17.11.1938. LU rektoram M. Prīmanim iesniedza protestu, kurā lūdza neiet ar jauno LU karogu 18. novembra gājienā. Divas dienas pēc atklāšanas un iesvētīšanas karogs 18. novembra gājienā netika nests. Tomēr M. Prīmanis aizstāvēja ideju par karoga nešanu 18. novembra gājienā un pieņēma kompromisu – pēc gada, 18.11.1939., korporācijas nesa LU karogu, bet pārējās studentu organizācijas – Latvijas valsts karogu. 1994. un 1995. gadā pēc Latvijas neatkarības atjaunošanas akadēmiķis Jānis Stradiņš mēģināja panākt LU Karoga fonda dibināšanu, lai atjaunotu LU karoga un studentu un studenšu korporāciju vēsturiskās saiknes ar šo LU simbolu. Tika paredzēts, ka LU karogs tiktu nodots no vienas korporācijas uz otru korporāciju vecākuma secībā reizi gadā. Tomēr ne Prezidiju konvents, ne Studenšu prezidiju konvents nebija ieinteresēts fonda izveidē, jo mūsdienās tikai daļu korporāciju biedru veido LU studenti vai absolventi, un ne visiem šķita saistoši uzņemties rūpes par LU karoga kopšanu. Savukārt vēsturiskās pretrunas saistībā ar karoga simbolismu studentu organizāciju vidē mūsdienās ir zaudējušas savu nozīmi, un karogs kļuvis par visas studentu sabiedrības akceptētu simbolu.