A. Vilks apbalvots ar IV šķiras Triju Zvaigžņu ordeni (1997), II šķiras Atzinības krustu (2014), IV šķiras Lietuvas dižkunigaiša Ģedimina ordeni (Lietuvos didžiojo kunigaikščio Gedimino ordinas, 2001), IV šķiras Igaunijas Baltās zvaigznes ordeni (Valgetähe teenetemärk, 2005), IV šķiras (2005) un III šķiras (2018) Polijas Nopelnu ordeni (Order Zasługi Rzeczypospolitej Polskiej), Nīderlandes V šķiras (2006) un IV šķiras (2018) Orānijas‒Nasavas ordeni (Orde van Oranje-Nassau), I šķiras Zviedrijas Ziemeļzvaigznes ordeni (Nordstjärneorden, 2014), IV šķiras Itālijas Nopelnu ordeni (Ordine al Merito della Repubblica Italiana, 2018), III šķiras Francijas Ordeni mākslā un literatūrā (Ordre des Arts et des Lettres, 2019), V šķiras Luksemburgas Lielhercoga Ozola kroņa ordeni (Ordre de la Couronne de Chêne, 2023).
A. Vilks saņēmis Latvijas PSR Ministru padomes un Latvijas Republikāniskās arodbiedrību padomes goda rakstu par ieguldījumu bibliotēku zinātnes un bibliotēku darbā (1989), Latvijas Republikas Ministru kabineta balvu (2007, 2024) un atzinības rakstu (2007), 1991. gada barikāžu dalībnieka piemiņas zīmi (2009), Latvijas Ārlietu ministrijas atzinības rakstu (2002, 2008), Ministru prezidenta pateicības rakstu (2015), Cicerona goda nosaukumu (2013), Imanta Ziedoņa fonda “Viegli” balvu “Laiks Ziedonim” nominācijā par dzīvi literatūrā “Bize” (2014), grāmatu mākslas konkursa “Zelta ābele” balvu par mūža ieguldījumu grāmatniecībā (2016).
A. Vilkam īpaši nozīmīga bija 2018. gadā Londonas Grāmatu tirgū (London Book Fair) saņemtā Starptautiskā Izcilības balva (International Excellent Award) nominācijā “Gada bibliotēka 2018”.
No 2016. gada Latvijas Kultūras akadēmijas goda profesors, no 2013. gada Latvijas Zinātņu akadēmijas goda loceklis.
LNB ikgadējā darbinieku balsojumā no 2014. gada tiek izvēlēti vilciņa balvas ieguvēji kolēģu novērtētākajiem LNB darbiniekiem. Šīs balvas nosaukuma asprātīgā saikne ar A. Vilka uzvārdu apliecināja LNB darbinieku cieņu pret savas iestādes vadītāju.