Profesionālā, radošā, politiskā un sabiedriskā darbība Tūlīt pēc Tērbatas Universitātes beigšanas kopā ar pirmajiem baptistu draudzes pārceļotājiem kā jauns mācītājs K. Balodis ieradās Brazīlijā, Santakatarinas pavalstī, Orleansas pilsētas apkārtnē, kur neveiksmīgi mēģināja īstenot utopisku ieceri par nākotnes sabiedrību Riunovu latviešu kolonijā (1889–1891). K. Baloža ieceres neguva panākumus, un viņš atgriezās Vācijā.
Pēc zinātniskā grāda iegūšanas viņš vēlējās strādāt Rīgas Politehniskajā institūtā, bet, saņēmis noraidījumu, atgriezās Vācijā.
1893. gadā K. Balodis devās uz Krieviju, kur līdz 1895. gadam bija luterāņu draudzes mācītājs Zlatoustā (Ufas guberņā). Tomēr vairāk nekā reliģija viņu saistīja tautsaimniecība, matemātika un statistika, un tām viņš veltīja savus nozīmīgākos pētījumus.
Skarbā klimata dēļ K. Balodis pameta Zlatoustu un pārcēlās sākumā uz Pēterburgu, bet pēc tam uz Minheni. Minhenē kopā ar Ludvigu Beseru (Ludwig Besser) sagatavoja pētījumu par demogrāfiju: “Mirstība, vecuma sastāvs un dzīves ilgums reģistrētajiem abu dzimumu iedzīvotājiem Krievijā 1851.‒1890. gadā” (Смертность, возрастной состав и долговечность православного народонаселения обоего пола в России за 1851‒1890 годы). Pēc 1899. gada viņš bija tautsaimniecības privātdocents Berlīnes Frīdriha Vilhelma universitātē (Friedrich-Wilhelms-Universität, no 1949. gada Humbolta Universitāte, Humboldt-Universität zu Berlin). Savus nozīmīgākos pētījumus šajā laikā viņš veica matemātikā un statistikā.
1901.–1903. gadā K. Balodis dzīvoja Latvijā, bet 1904. gada atgriezās Vācijā. 1905. gadā viņš kļuva par Prūsijas Statistikas pārvaldes (Königlich Preußisches Statistisches Bureau), bet 1908. gadā par Vācu Impērijas Finanšu ministrijas ierēdni. Pirmā Pasaules kara laikā viņš bija piekomandēts ierēdnis Vācu Impērijas Kara ministrijā. Šajā laikā K. Balodis pirmo reizi pasaulē izstrādāja pārtikas kartīšu sistēmu. Strādādams Kara ministrijā, K. Balodis bija pētījis pārtikas produktu ražošanu un sadali starp iedzīvotājiem Vācijā un Antantes valstīs. 1915. gads Vācijā bija neražas gads, un draudēja bads. Pārtikas kartītes paredzēja normētu ierobežoto pārtikas resursu sadali iedzīvotājiem. Pārtikas preču pieejamība kļuva taisnīgāka, taču tas nemazināja kara un neražas radīto postu.
1914. gadā K. Balodi ievēlēja par Berlīnes Frīdriha Vilhelma universitātes goda profesoru. 1918. gada pavasarī viņš bija viens no Vācu Palestīnas atbalsta komitejas ebreju apmešanās veicināšanai Palestīnā (Deutsches Pro Palästina Komitee zur Förderung der jüdischen Palästina-Siedlung) locekļiem, tās pirmais priekšsēdētājs un Pirmā Palestīnas valsts saimnieciskās uzbūves plāna autors. Vācijas valdības uzdevumā strādāja Socializācijas komisijā (Socialisierungskommission) apgādes organizēšanā (1919).
1919. gada rudenī K. Balodis atgriezās Latvijā un no 1920. gada janvāra bija Latvijas Augstskolas profesors. Ticis izvirzīts vicerektora amatam, taču nav apstiprināts.
Jau no 1894. gada K. Balodis sāka interesēties par žurnālistiku, iesaistījās politiskajā darbībā – pievienojās Latviešu Sociāldemokrātiskajai strādnieku partijai. Viņš bija personīgi pazīstams ar Jāni Pliekšānu (Raini) un Pēteri Stučku. Rainis atzinīgi vērtēja K. Balodi, tomēr vēlāk, neatkarīgajā Latvijā, 1. un 2. Saeimas vēlēšanās viņa kandidatūru neatbalstīja, un viņš no Latvijas Sociāldemokrātiskās strādnieku partijas izstājās. Lai piedalītos 3. Saeimas vēlēšanās, K. Balodis kopā ar māsas vīru Pēteri Zālīti nodibināja Latvijas Darba savienību, bija tās priekšsēdētājs un no tās tika ievēlēts Latvijas 3. Saeimā (1928–1931).
1920. gada vasarā K. Balodis bija Latvijas delegācijas eksperts saimnieciskajos jautājumos miera sarunās ar Padomju Krieviju. Kontakti ar Krievijas lieliniekiem bija iemesls tam, ka K. Balodim kā Latvijas delegācijas ekspertam Latvijā tika izteikta neuzticība. Presē parādījās ziņas, ka K. Balodis 1921. gadā izvirzīts Prūsijas landtāga vēlēšanās no neatkarīgajiem sociālistiem.
Dzīvodams Vācijā, K. Balodis kļuva par Vācijas pilsoni, tikai 1925. gada janvārī ieguva Latvijas pilsonību. K. Balodis bija nelielās Latvijas Universitātes studentu konkordijas Concordia Latviensis goda filistrs, Latvijas tehnisko darbinieku biedrības goda biedrs.